Metagenetic analysis is a recently

Metagenetic analysis is a recently introduced, taxonomically comprehensive method for characterizing zooplankton communities; however, effects of plankton net characteristics (mesh and opening sizes) on metagenetic data, and biodiversity data in particular, have not been fully evaluated. To this end, we collected zooplankton samples from the subarctic coastal waters off Japan using two plankton nets: 1) Kitahara Quantitative Plankton Net (Kitahara net) with a 0.04-m2 opening and 100-μm mesh and 2) North Pacific Standard Plankton Net (Norpac net) with 0.16-m2 opening and 335-μm mesh. We then conducted 18S rDNA metagenetic and morphological analyses of the resulting catches. Molecular operational taxonomic units (MOTUs) at 97% similarity revealed higher diversity than did the morphological analysis, especially for morphologically unidentified taxa (e.g., Gastropoda and Polychaeta larvae), suggesting the effectiveness of the metagenetic method for characterizing zooplankton communities. Samples obtained with the Kitahara net produced more sequence reads of non-metazoan taxa, mainly derived from phytoplankton, leading to smaller numbers of available sequence reads for metazoan plankton. Numbers of morphological taxa were higher in the Norpac net samples. However, we expected metagenetic analysis to reveal higher diversity for the Kitahara net, due to larger MOTU numbers from smaller-sized taxa. Small-sized taxa also accounted for a larger proportion of sequence reads in the Kitahara net samples. In contrast, the diversity of large-sized taxa was better represented in the Norpac net sample. Although these differences were expected from the morphological analysis, effects of plankton net characteristics were more clearly reflected by metagenetic analysis than the morphological analysis.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Metagenetic วิเคราะห์เป็นวิธีแนะนำล่าสุด จัดหมวดหมู่ครอบคลุมลักษณะชุมชนแพลงตอนสัตว์ อย่างไรก็ตาม ผลของแพลงก์ตอนสุทธิลักษณะ (ตาข่ายและขนาดเปิด) metagenetic และความหลากหลายทางชีวภาพข้อมูลเฉพาะ ได้ไม่ถูกทั้งหมดประเมิน เพื่อการนี้ เรารวบรวมตัวอย่างแพลงตอนสัตว์จากน่านน้ำชาย subarctic ออกญี่ปุ่นใช้มุ้งแพลงก์ตอน 2: 1) สวนเชิงปริมาณแพลงก์ตอนสุทธิ (สวนสุทธิ) เปิด 0.04 m2 และตาข่าย 100 μ m และ 2) เหนือแปซิฟิกมาตรฐานแพลงก์ตอนสุทธิ (Norpac สุทธิ) 0.16-m2 เปิดและตาข่าย 335 μ m แล้วเราดำเนิน 18 ปี rDNA metagenetic และสัณฐานการวิเคราะห์จับได้ โมเลกุลหน่วยปฏิบัติงานอนุกรมวิธาน (MOTUs) ที่คล้าย 97% เผยความหลากหลายสูงกว่าที่วิเคราะห์สัณฐาน โดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับแท็กซ่าไม่ morphologically (เช่น Gastropoda และ Polychaeta อ่อน), แนะนำประสิทธิภาพของวิธี metagenetic สำหรับลักษณะชุมชนแพลงตอนสัตว์ ตัวอย่างที่ได้รับจากสวนสุทธิผลิตอ่านลำดับเพิ่มเติมของแท็กซ่า-metazoan ส่วนใหญ่มาจากแพลงก์ตอนพืช นำไปอ่านมีลำดับสำหรับแพลงก์ตอน metazoan จำนวนน้อย ๆ หมายเลขของแท็กซ่าสัณฐานได้สูงกว่าในตัวอย่างสุทธิ Norpac อย่างไรก็ตาม เราคาดว่า metagenetic วิเคราะห์เพื่อแสดงความหลากหลายสูงสำหรับสวนสุทธิ เนื่องจากหมายเลข MOTU ใหญ่จากแท็กซ่าที่ขนาดเล็กลง แท็กซ่าขนาดเล็กยังคิดเป็นสัดส่วนใหญ่ของการอ่านลำดับในตัวอย่างสวนสุทธิ คมชัด ความหลากหลายของแท็กซ่าที่ขนาดใหญ่ถูกดีแสดงในตัวอย่างสุทธิ Norpac แม้ว่าความแตกต่างเหล่านี้คาดว่าที่วิเคราะห์สัณฐาน ผลของแพลงก์ตอนสุทธิลักษณะได้ชัดเจนขึ้นสะท้อน โดยวิเคราะห์ metagenetic กว่าการวิเคราะห์สัณฐาน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

วิเคราะห์ Metagenetic เป็นที่เพิ่งเปิดตัววิธีการที่ครอบคลุม taxonomically สำหรับพัฒนาการชุมชนแพลงก์ตอนสัตว์; แต่ผลกระทบของลักษณะแพลงก์ตอนสุทธิ (Mesh และเปิดขนาด) กับข้อมูล metagenetic และข้อมูลความหลากหลายทางชีวภาพโดยเฉพาะอย่างยิ่งยังไม่ได้รับการประเมินอย่างเต็มที่ ด้วยเหตุนี้เราเก็บตัวอย่างแพลงก์ตอนสัตว์จากน่านน้ำชายฝั่ง subarctic ออกญี่ปุ่นใช้สองมุ้งแพลงก์ตอน: 1) Kitahara ปริมาณแพลงก์ตอนสุทธิ (Kitahara สุทธิ) ด้วยการเปิด 0.04-M2 และตาข่าย 100 ไมครอนและ 2) North Pacific มาตรฐานแพลงก์ตอนสุทธิ ( สุทธิ Norpac) ด้วยการเปิด 0.16-m2 และตาข่าย 335 ไมครอน จากนั้นเราจะดำเนินการ 18S rDNA วิเคราะห์ metagenetic และก้านจับที่เกิด โมเลกุลในการดำเนินงานหน่วยอนุกรมวิธาน (การเคลื่อนไหว) ที่ 97% คล้ายคลึงกันเผยให้เห็นความหลากหลายสูงกว่าได้วิเคราะห์ลักษณะทางสัณฐานวิทยาโดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับแท็กซ่าไม่ปรากฏชื่อของสัณฐานวิทยา (เช่น Gastropoda และโพลีคีทาตัวอ่อน) ชี้ให้เห็นประสิทธิภาพของวิธีการ metagenetic สำหรับพัฒนาการชุมชนแพลงก์ตอนสัตว์ ตัวอย่างที่ได้รับกับสุทธิ Kitahara ผลิตมากขึ้นตามลำดับอ่านแท็กซ่าไม่ใช่ metazoan มาส่วนใหญ่มาจากแพลงก์ตอนพืชที่นำไปสู่​​จำนวนน้อยลำดับที่พร้อมใช้งานสำหรับคนอ่านแพลงก์ตอน metazoan ตัวเลขของแท็กซ่าก้านสูงขึ้นในตัวอย่างสุทธิ Norpac อย่างไรก็ตามเราคาดว่าการวิเคราะห์ metagenetic ที่จะเปิดเผยความหลากหลายที่สูงขึ้นสำหรับสุทธิ Kitahara เนื่องจากตัวเลข MOTU ขนาดใหญ่จากขนาดเล็กแท็กซ่า แท็กซ่าขนาดเล็กยังคิดเป็นสัดส่วนขนาดใหญ่ของลำดับอ่านในตัวอย่างสุทธิ Kitahara ในทางตรงกันข้ามความหลากหลายของแท็กซ่าขนาดใหญ่ได้รับการแสดงที่ดีขึ้นในตัวอย่างสุทธิ Norpac แม้ว่าความแตกต่างเหล่านี้ถูกคาดหวังจากการวิเคราะห์ลักษณะทางสัณฐานวิทยาผลกระทบของลักษณะแพลงก์ตอนสุทธิสะท้อนให้เห็นอย่างชัดเจนมากขึ้นโดยการวิเคราะห์ metagenetic กว่าการวิเคราะห์ลักษณะทางสัณฐานวิทยา

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การวิเคราะห์ metagenetic เป็นแนะนำล่าสุด taxonomically วิธีการที่ครอบคลุมเพื่อการพัฒนาชุมชนแพลงก์ตอนสัตว์ อย่างไรก็ตาม ผลของแพลงก์ตอนลักษณะสุทธิ ( ตาข่ายและเปิดขนาด ) ข้อมูล metagenetic และข้อมูลความหลากหลายทางชีวภาพ โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ไม่ได้อย่างประเมิน สุดท้าย เราได้เก็บตัวอย่างน้ำจาก subarctic ชายฝั่งจากญี่ปุ่นใช้ 2 แพลงก์ตอนตาข่าย : 1 ) คิตาปริมาณแพลงก์ตอนสุทธิ ( คิตาสุทธิ ) กับ 0.04-m2 เปิด 100 - ตาข่าย M μและ 2 ) แปซิฟิกเหนือมาตรฐานแพลงก์ตอนสุทธิ ( norpac สุทธิ ) ด้วยการเปิด 0.16-m2 335 - μ M และตาข่าย จากนั้นเราก็ทำการ metagenetic 18S rDNA และการวิเคราะห์ผลโดยจับ หน่วยปฏิบัติการอนุกรมวิธานระดับโมเลกุล ( การเคลื่อนไหว ) ที่ 97 % ความเหมือนพบสูงกว่าความหลากหลายกว่าการวิเคราะห์ทางสัณฐานวิทยา โดยเฉพาะจากกลุ่มซ่า ( e.g . , ตัวอ่อนหอยฝาเดียวและโพลีคีตา ) แนะนำประสิทธิภาพของวิธีการ metagenetic เพื่อการพัฒนาชุมชนแพลงก์ตอนสัตว์ . ตัวอย่างที่ได้จากเน็ตคิตาผลิตลำดับอ่านไม่ใช่เมตาซัวซ่า ส่วนใหญ่ได้มาจาก แพลงตอนที่นำไปสู่ตัวเลขขนาดเล็กของลำดับอ่านเมตาซัวแพลงก์ตอน ตัวเลขของลักษณะทางสัณฐานวิทยาและสูงขึ้นใน norpac สุทธิตัวอย่าง อย่างไรก็ตาม เราคาดว่าการวิเคราะห์ metagenetic เปิดเผยสูงกว่าความหลากหลายสำหรับสุทธิคิตาฮาระ เนื่องจากตัวเลขโมตูขนาดใหญ่จากขนาดเล็กและ . ขนาดเล็กและยังคิดเป็นสัดส่วนขนาดใหญ่ของลำดับอ่านในคิตาสุทธิตัวอย่าง ในทางตรงกันข้าม , ความหลากหลายของขนาดใหญ่และดีกว่าแสดงใน norpac สุทธิตัวอย่าง แม้ว่าความแตกต่างเหล่านี้ได้แก่ การวิเคราะห์ลักษณะทางสัณฐานวิทยา ผลของแพลงก์ตอนลักษณะได้ชัดเจนมากขึ้น สะท้อนจากการวิเคราะห์ metagenetic กว่าการวิเคราะห์ทางสัณฐานวิทยา .