To gain further understanding of th

To gain further understanding of the relationship between
phage and host distribution in gut microbial communities, we
next examined the abundance profiles of phages and their inferred
bacterial hosts across the MetaHIT fecal samples from 124 individuals
(Methods) (Fig. 3D). For most phages (66%), the distribution
showed lower levels of phage as compared with its bacterial
host across the majority of samples where the phage existed, with
occasions of relative phage dominance in specific individuals,
defined here as when phage abundance significantly exceeds that
of its bacterial host (Fig. 3D). Such phage dominance over its host
suggests that in those individuals the phage might be bursting at or
near the time of sampling. However, the lack of time-point data in
our study does not allow verification of this hypothesis.
We next examined the correlation between evidence for
CRISPR resistance and phage prevalence among the 110 samples in
which CRISPR spacers could be extracted. For most (84.8%) sample–phage
pairs where the phage was targeted by a spacer, the
sample did not harbor the same phage. This suggests the potential
effectiveness of CRISPR in excluding targeted phages. Nevertheless,
the non-negligible number of sample–phage pairs where the
phage and a targeting spacer coexist could suggest an attack–resistance
interaction at the time of sampling, or association of the
phage with a sensitive host subpopulation while another subpopulation
carries the immunity spacer
pulation carries the immunity spacer.
We also found positive correlation between the existence of
a spacer 100% identical to a phage sequence and the existence of
that phage in the same gut sample. In 21.2% of cases where
a sample had one or more spacers fully matching to a phage contig,
the targeted phage was present in the sample (although usually at
low levels), as compared with only 13% of cases where spacers with
a lower match were found (P < 1010, Chi-square for independence).
Spacers matching the phage precisely suggest a more recent acquisition
since not enough time has elapsed for accumulation of mismatches,
particularly taking into account the typically fast pace of
viral evolution. A possible interpretation of this result is therefore
that these spacers were recently acquired in response to phage predation,
and active phages still coexist with resistant bacteria in the
same sample.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

กับความเข้าใจของความสัมพันธ์ระหว่างphage และโฮสต์กระจายในชุมชน จุลินทรีย์ที่ลำไส้เราตรวจสอบโพรไฟล์ความอุดมสมบูรณ์ของ phages และของเอเชียต่อไปโฮสต์แบคทีเรียในตัวอย่าง fecal MetaHIT จาก 124 คน(วิธีการ) (Fig. 3D) สำหรับ phages ส่วนใหญ่ (66%), การกระจายแสดงให้เห็นว่าระดับล่างของ phage ตกของแบคทีเรียโฮสต์ข้ามส่วนใหญ่อย่างที่ phage ที่อยู่ ด้วยโอกาสของการครอบงำ phage ญาติในเฉพาะบุคคลกำหนดไว้นี้เป็นเมื่อ phage มากมายมากเกินกว่าที่ของแบคทีเรียของโฮสต์ (Fig. 3D) ปกครองเช่น phage มากกว่าซึ่งแนะนำว่า ในผู้ phage ที่อาจมีชีวิตชีวาที่ หรือใกล้เวลาสุ่มตัวอย่าง อย่างไรก็ตาม การขาดเวลาจุดข้อมูลในเราไม่สามารถตรวจสอบสมมติฐานนี้เราตรวจสอบความสัมพันธ์ระหว่างหลักฐานสำหรับถัดไปCRISPR ต้านทานและ phage ชุกระหว่างตัวอย่าง 110 ในspacers CRISPR ที่ถูกสกัด สำหรับส่วนใหญ่ (ร้อยละ 84.8) ตัวอย่าง-phageคู่ที่ phage ที่ถูกกำหนดเป้าหมาย โดย spacer การตัวอย่างได้ harbor phage เดียว นี้แสดงให้เห็นศักยภาพประสิทธิภาพของ CRISPR ใน phages เป้าหมายรวม อย่างไรก็ตามจับคู่จำนวนตัวอย่าง-phage ไม่ใช่ระยะphage และ targeting spacer เริ่มสามารถแนะนำการโจมตี – ต้านทานโต้ตอบในเวลาของการสุ่มตัวอย่าง หรือสมาคมphage subpopulation โฮสต์สำคัญขณะ subpopulation อีกด้วยดำเนินการเป็นตัวเว้นวรรคภูมิคุ้มกันpulation ปฏิบัติการภูมิคุ้มกันเป็นตัวเว้นวรรคนอกจากนี้เรายังพบความสัมพันธ์ในเชิงบวกระหว่างการดำรงอยู่ของเป็นตัวเว้นวรรค 100% เหมือนกับลำดับ phage และการดำรงอยู่ของphage ที่ในลำไส้ตัวอย่างเดียวกัน 21.2% กรณีที่ตัวอย่างได้อย่างเต็มที่ตรงกันจะเป็น phage contig, spacers น้อยphage เป้าหมายถูกแสดงในตัวอย่าง (แม้ว่าโดยปกติที่ต่ำระดับ), เป็นเปรียบเทียบกับเพียง 13% ของกรณี spacers ด้วยพบการแข่งขันต่ำ (P < 1010, Chi-square สำหรับอิสระ)Spacers ตรง phage แม่นยำแนะนำซื้อล่าสุดเนื่องจากเวลาไม่เพียงพอได้ผ่านไปสำหรับสะสมของ mismatchesโดยเฉพาะอย่างยิ่งคำนึงถึงอย่างรวดเร็วโดยทั่วไปก้าวของวิวัฒนาการของไวรัส จึงตีความได้ผลนี้ว่า spacers เหล่านี้เพิ่งได้รับมาใน phage predationและ phages ใช้งานยังคงอยู่ร่วมกับแบคทีเรียทนในการอย่างเดียวกัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เพื่อให้ได้รับความเข้าใจต่อความสัมพันธ์ระหว่าง
ทำลายจุลินทรีย์และการกระจายโฮสต์ในชุมชนของจุลินทรีย์ในลำไส้เรา
ต่อไปตรวจสอบประวัติความอุดมสมบูรณ์ของฟาจของพวกเขาและสรุป
เจ้าภาพแบคทีเรียทั่วอุจจาระ MetaHIT จาก 124 บุคคล
(วิธีการ) (รูป. 3D) สำหรับฟาจมากที่สุด (66%), การกระจายการ
แสดงให้เห็นถึงระดับล่างของฟาจเมื่อเทียบกับแบคทีเรีย
โฮสต์ข้ามกลุ่มตัวอย่างส่วนใหญ่ที่ทำลายจุลินทรีย์ที่มีอยู่กับ
โอกาสของการครอบงำทำลายจุลินทรีย์ญาติในบุคคลที่เฉพาะเจาะจง
ที่กำหนดไว้ที่นี่เมื่อความอุดมสมบูรณ์ทำลายจุลินทรีย์อย่างมีนัยสำคัญเกินกว่าที่
โฮสต์แบคทีเรีย (รูป. 3D) ครอบงำทำลายจุลินทรีย์ดังกล่าวกว่าเจ้าภาพ
ในการแสดงให้เห็นว่าบุคคลเหล่านั้นทำลายจุลินทรีย์ที่อาจจะมีการระเบิดที่หรือ
ใกล้เวลาของการสุ่มตัวอย่าง แต่ขาดข้อมูลเวลาจุดใน
การศึกษาของเราไม่อนุญาตให้มีการตรวจสอบของสมมติฐานนี้.
ต่อไปเราตรวจสอบความสัมพันธ์ระหว่างหลักฐานสำหรับ
ต้านทาน CRISPR และความชุกทำลายจุลินทรีย์ในหมู่ 110 ตัวอย่างใน
อวกาศซึ่ง CRISPR สามารถสกัด สำหรับส่วนมาก (84.8%) ตัวอย่างทำลายจุลินทรีย์
คู่ที่ทำลายจุลินทรีย์ที่เป็นเป้าหมายโดย spacer,
ตัวอย่างไม่ได้ปิดบังทำลายจุลินทรีย์เดียวกัน นี้แสดงให้เห็นถึงศักยภาพที่
มีประสิทธิผลของ CRISPR ในไม่รวมฟาจที่กำหนดเป้าหมาย แต่
จำนวนไม่น้อยของคู่ตัวอย่างทำลายจุลินทรีย์ที่
ทำลายจุลินทรีย์และอยู่ร่วมกันกำหนดเป้าหมาย spacer สามารถแนะนำโจมตีต้านทาน
ปฏิสัมพันธ์ในเวลาของการสุ่มตัวอย่างหรือสมาคม
ทำลายจุลินทรีย์ที่มี subpopulation โฮสต์ที่มีความสำคัญในขณะที่ subpopulation อื่น
ดำเนิน spacer ภูมิคุ้มกัน
pulation ดำเนิน spacer ภูมิคุ้มกัน.
นอกจากนี้เรายังพบความสัมพันธ์เชิงบวกระหว่างการดำรงอยู่ของ
spacer 100% เหมือนกับลำดับทำลายจุลินทรีย์และการดำรงอยู่ของ
ตัวทำลายจุลินทรีย์ที่ในตัวอย่างลำไส้เดียวกัน ใน 21.2% ของกรณีที่
กลุ่มตัวอย่างมีหนึ่งหรือมากกว่าอวกาศอย่างเต็มที่จับคู่เพื่อ contig ทำลายจุลินทรีย์,
ฟาจที่กำหนดเป้าหมายในปัจจุบันตัวอย่าง (แม้ว่าปกติจะอยู่ที่
ระดับต่ำ) เมื่อเทียบกับเพียง 13% ของกรณีที่อวกาศที่มี
การแข่งขันต่ำ ถูกค้นพบ (P <1010, Chi-square เพื่อเอกราช).
Spacers จับคู่ทำลายจุลินทรีย์ได้อย่างแม่นยำแนะนำให้เข้าซื้อกิจการเมื่อเร็ว ๆ นี้
เนื่องจากไม่มีเวลาพอผ่านไปสำหรับการสะสมความไม่สมดุล,
โดยเฉพาะอย่างยิ่งคำนึงถึงการก้าวอย่างรวดเร็วโดยทั่วไปของการ
วิวัฒนาการของไวรัส การตีความเป็นไปได้ของผลนี้จึงเป็น
ที่อวกาศเหล่านี้ได้มาเมื่อเร็ว ๆ นี้ในการตอบสนองต่อการปล้นสะดมทำลายจุลินทรีย์,
และฟาจที่ใช้งานยังคงอยู่ร่วมกับเชื้อแบคทีเรียทนใน
ตัวอย่างเดียวกัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เพื่อความเข้าใจเพิ่มเติมของความสัมพันธ์ระหว่างโฮสต์ในกระเพาะอาหาร และกระจาย
เฟจของชุมชนเรา
ถัดไปตรวจสอบความอุดมสมบูรณ์โปรไฟล์ของฟาจและมีเจ้าภาพใน metahit
แบคทีเรียอุจจาระตัวอย่างจาก 124 บุคคล
( วิธีการ ) ( รูปที่ 3 ) สำหรับฟาจส่วนใหญ่ ( 66% )
กระจาย พบระดับล่างเมื่อเทียบกับแบคทีเรีย
ฟาโฮสต์ในกลุ่มตัวอย่างส่วนใหญ่ที่ว่ามีตัวตนกับ
โอกาสของการปกครองว่าญาติในบุคคลที่เฉพาะเจาะจง
นิยามที่นี่เมื่อฟาความอุดมสมบูรณ์อย่างมากเกินกว่าที่
ของแบคทีเรียเจ้าบ้าน ( รูปที่ 3 ) เช่นว่ามีอำนาจเหนือกว่า
โฮสต์แสดงให้เห็นว่าในบุคคลเหล่านั้นว่าอาจเป็นระเบิด หรือ
ใกล้เวลาของคน อย่างไรก็ตาม การขาดข้อมูลใน
เวลาจุดการศึกษาของเราไม่อนุญาตให้มีการตรวจสอบสมมติฐานนี้ .
เราต่อไปตรวจสอบความสัมพันธ์ระหว่างหลักฐาน
ความต้านทานและความชุกของฟา crispr 110 ตัวอย่าง
ซึ่ง crispr spacers สามารถสกัด มากที่สุด ( เพียง 1% ) ตัวอย่าง–ฟาฟา
คู่ที่เป็นเป้าหมาย โดยมี spacer ,
ตัวอย่างไม่ได้ท่าเรือฟากเดียวกัน นี้แสดงให้เห็นศักยภาพ
ประสิทธิผลของ crispr ยกเว้นฟาจในเป้าหมาย อย่างไรก็ตาม ไม่ใช่กระจอก
จำนวนตัวอย่าง–ว่าคู่ที่
เฟจและเป้าหมาย spacer อยู่ร่วมสามารถแนะนำเป็น–โจมตีต้านทาน
ปฏิสัมพันธ์ในเวลาที่สุ่ม หรือสมาคมของ
ฟาด้วยไวโฮสต์ subpopulation ในขณะที่อีก subpopulation

pulation มี spacer มีภูมิคุ้มกันภูมิต้านทาน spacer .
เราพบความสัมพันธ์ทางบวกระหว่างการดำรงอยู่ของ
spacer 100% เหมือนกันกับลำดับเฟจและการดำรงอยู่ของ
ที่เฟจในตัวอย่างอุทรเดียวกัน ใน กรณีที่ 21.2 %
ตัวอย่างมีหนึ่งหรือมากกว่าการจับคู่กับฟา contig spacers อย่างเต็มที่ , ฟา
เป้าหมายในปัจจุบันคือตัวอย่าง ( แม้ว่าปกติ
ระดับต่ำ ) เมื่อเทียบกับเพียงร้อยละ 13 ของลูกหนี้ที่ spacers กับ
การแข่งขันลดอย่างมีนัยสำคัญ ( p < 1010 , ไคสแควร์เพื่อเอกราช ) .
spacers ตรงกันว่าแม่นแนะนำ
ซื้อล่าสุดตั้งแต่ เวลาผ่านไป เพื่อความไม่สะสมของ , โดยเฉพาะอย่างยิ่งคำนึงถึงจังหวะ

ปกติอย่างรวดเร็วของวิวัฒนาการของไวรัส การตีความที่เป็นไปได้ของผลนี้จึง
ว่า spacers เหล่านี้เมื่อเร็ว ๆนี้ได้รับการปล้นสะดมและฟา , งานจ
ยังอยู่ร่วมกับป้องกันแบคทีเรียในตัวอย่าง
เดียวกัน