Bacterial diversity in contaminated

Bacterial diversity in contaminated fuels has not been systematically investigated using cultivation-independent
methods. The fuel industry relies on phenotypic cultivation-based contaminant identification, which
may lack accuracy and neglect difficult-to-culture taxa. By the use of industry practice aerobic cultivation, 16S
rRNA gene sequencing, and strain genotyping, a collection of 152 unique contaminant isolates from 54 fuel
samples was assembled, and a dominance of Pseudomonas (21%), Burkholderia (7%), and Bacillus (7%) was
demonstrated. Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) of 15 samples revealed Proteobacteria and
Firmicutes to be the most abundant phyla. When 16S rRNA V6 gene pyrosequencing of four selected fuel
samples (indicated by “JW”) was performed, Betaproteobacteria (42.8%) and Gammaproteobacteria (30.6%)
formed the largest proportion of reads; the most abundant genera were Marinobacter (15.4%; JW57), Achromobacter
(41.6%; JW63), Burkholderia (80.7%; JW76), and Halomonas (66.2%; JW78), all of which were also
observed by DGGE. However, the Clostridia (38.5%) and Deltaproteobacteria (11.1%) identified by pyrosequencing
in sample JW57 were not observed by DGGE or aerobic culture. Genotyping revealed three instances where
identical strains were found: (i) a Pseudomonas sp. strain recovered from 2 different diesel fuel tanks at a single
industrial site; (ii) a Mangroveibacter sp. strain isolated from 3 biodiesel tanks at a single refinery site; and (iii)
a Burkholderia vietnamiensis strain present in two unrelated automotive diesel samples. Overall, aerobic
cultivation of fuel contaminants recovered isolates broadly representative of the phyla and classes present but
lacked accuracy by overrepresenting members of certain groups such as Pseudomonas.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

หลากหลายในการปนเปื้อนเชื้อแบคทีเรียได้ไม่ถูกระบบตรวจสอบใช้เพาะปลูกอิสระวิธี อุตสาหกรรมเชื้อเพลิงอาศัยสารปนเปื้อนเพาะปลูกตามไทป์รหัส ที่อาจขาดความแม่นยำ และละเลยวัฒนธรรมยาก taxa โดยการใช้ของอุตสาหกรรมฝึกเต้นแอโรบิกปลูก 16Sลำดับยีน rRNA และต้องใช้ genotyping คอลเลกชันของ 152 สารปนเปื้อนเฉพาะที่แยกได้จากเชื้อเพลิงที่ 54ตัวอย่างรวบรวม และถูกครอบงำจาก Pseudomonas (21%), Burkholderia (7%), และคัด (7%)แสดง Denaturing electrophoresis เจลไล่ระดับสี (DGGE) ตัวอย่างที่ 15 เปิดเผย Proteobacteria และFirmicutes จะ phyla อุดมสมบูรณ์ที่สุด เมื่อ 16S rRNA V6 pyrosequencing ยีนของเชื้อเพลิงที่เลือก 4ทำตัวอย่าง (ตาม "เจดับบลิว") Betaproteobacteria (42.8%) และ Gammaproteobacteria (30.6%)รูปแบบสัดส่วนที่ใหญ่ที่สุดของการอ่าน สกุลอุดมสมบูรณ์ที่สุดมี Marinobacter (15.4% JW57), Achromobacter(41.6% JW63), Burkholderia (80.7% JW76), และ Halomonas (66.2% JW78), ที่แนะนำตรวจสอบ โดย DGGE อย่างไรก็ตาม Clostridia (38.5%) และ Deltaproteobacteria (11.1%) ระบุ pyrosequencingในตัวอย่าง JW57 ไม่สุภัค DGGE หรือวัฒนธรรมแอโรบิก Genotyping เปิดเผยกรณีที่สามซึ่งพบสายพันธุ์เดียวกัน: (i) มี Pseudomonas sp.ต้องใช้การกู้คืนจากถังเชื้อเพลิงดีเซลแตกต่างกัน 2 ที่เดียวเว็บไซต์อุตสาหกรรม (ii) Mangroveibacter sp.ต้องใช้ 3 ถังไบโอดีเซลที่โรงกลั่นเดียว โดดเดี่ยว และ (iii)Burkholderia vietnamiensis สายพันธุ์อยู่ในมาทดสอบรถยนต์ดีเซลไม่เกี่ยวข้อง โดยรวม แอโรบิกเพาะปลูกของสารปนเปื้อนเชื้อเพลิงการกู้คืนแยกตัวแทนอย่างกว้างขวางของแต่ปัจจุบัน phyla และเรียนขาดความแม่นยำ โดยสมาชิกของบางกลุ่มเช่น Pseudomonas overrepresenting

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ความหลากหลายของแบคทีเรียที่ปนเปื้อนในน้ำมันเชื้อเพลิงยังไม่ได้รับการตรวจสอบโดยใช้ระบบการเพาะปลูกอิสระ
วิธี อุตสาหกรรมน้ำมันเชื้อเพลิงต้องอาศัยการระบุสารปนเปื้อนการเพาะปลูกตามฟีโนไทป์ซึ่ง
อาจจะขาดความถูกต้องและละเลยที่ยากต่อการเพาะเลี้ยงแท็กซ่า โดยการใช้การปฏิบัติอุตสาหกรรมการเพาะปลูกแอโรบิก, 16S
rRNA ลำดับยีนและ genotyping ความเครียดสะสมของสารปนเปื้อนที่ไม่ซ้ำกัน 152 แยกได้จากน้ำมันเชื้อเพลิง 54
ตัวอย่างได้รับการประกอบและการปกครองของ Pseudomonas (21%), Burkholderia (7%) และ Bacillus (7%) ได้รับการ
แสดงให้เห็นถึง denaturing ข่าวคราวการไล่ระดับสี (DGGE) ของ 15 ตัวอย่างเปิดเผย Proteobacteria และ
Firmicutes จะเป็นไฟลัมที่มีมากที่สุด เมื่อ 16S rRNA ยีน V6 pyrosequencing สี่เลือกเชื้อเพลิง
ตัวอย่าง (แสดงโดย "เจดับบลิว") ได้ดำเนินการ Betaproteobacteria (42.8%) และ Gammaproteobacteria (30.6%)
ที่เกิดขึ้นในสัดส่วนที่ใหญ่ที่สุดของคนอ่าน; จำพวกที่มีมากที่สุดเป็น Marinobacter (15.4%; JW57) Achromobacter
(41.6%; JW63) Burkholderia (80.7%; JW76) และ Halomonas (66.2%; JW78) ซึ่งทั้งหมดนี้ก็ยัง
ตั้งข้อสังเกตโดย DGGE อย่างไรก็ตาม Clostridia (38.5%) และ Deltaproteobacteria (11.1%) ระบุ pyrosequencing
ในกลุ่มตัวอย่าง JW57 ไม่ได้ถูกตั้งข้อสังเกตโดย DGGE หรือวัฒนธรรมแอโรบิก Genotyping เปิดเผยสามกรณีที่
สายพันธุ์เหมือนกันที่พบ: (i) SP Pseudomonas ความเครียดหายจาก 2 ถังเชื้อเพลิงดีเซลที่แตกต่างกันที่เดียว
เว็บไซต์อุตสาหกรรม (ii) Mangroveibacter SP สายพันธุ์ที่แยกได้จาก 3 ถังไบโอดีเซลที่เว็บไซต์โรงกลั่นเดียว; และ (iii)
ปัจจุบันสายพันธุ์ Burkholderia vietnamiensis ในสองตัวอย่างดีเซลยานยนต์ที่ไม่เกี่ยวข้อง โดยรวม, แอโรบิก
การเพาะปลูกของสารปนเปื้อนน้ำมันเชื้อเพลิงหายกว้างแยกเป็นตัวแทนของไฟลัมและเรียนอยู่ แต่
ขาดความถูกต้องโดย overrepresenting สมาชิกของกลุ่มบางอย่างเช่น Pseudomonas

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ความหลากหลายของแบคทีเรียที่ปนเปื้อนในเชื้อเพลิงได้อย่างเป็นระบบ โดยใช้การสอบสวนอิสระ
วิธี อุตสาหกรรมเชื้อเพลิง อาศัยคุณสมบัติการปนเปื้อนจากการเพาะปลูก ซึ่ง
อาจขาดยากและความถูกต้อง และละเลยวัฒนธรรม โดยการใช้อุตสาหกรรมการฝึกแอโรบิก , ยีน 16S rRNA ลำดับการอ่าน
และความเครียดคอลเลกชันของ 152 สารปนเปื้อนเฉพาะแยกจาก 54 เชื้อเพลิง
ตัวอย่างประกอบ และการปกครองของ Pseudomonas ( 21% ) , Burkholderia ( 7% ) และบาซิลลัส ( 7% )
) . ี่ลาด gel electrophoresis ( การทดลอง ) 15 พบโพรทีโอแบคทีเรียและ
Firmicutes จะพบชุกชุมมากที่สุด เมื่อเบส 16S rRNA ยีนไพโรซีเควนซิง 4 V6
เลือกเชื้อเพลิงตัวอย่าง ( แสดงโดย " 3 " ) คือการ betaproteobacteria ( 42.8 เปอร์เซ็นต์ ) และ gammaproteobacteria ( 30.6 % )
รูปที่ใหญ่ที่สุด สัดส่วน อ่าน สกุลชุกชุมมากที่สุด คือ marinobacter ( 15.4 % ; jw57 ) , โครโมแบคเตอร์ ( 30 %
; jw63 ) , Burkholderia ( 80.7 % ; jw76 halomonas ( 42 ) % ; jw78 ) ซึ่งทั้งหมดถูก
สังเกตโดยการทดลอง . อย่างไรก็ตาม , Clostridia ( 38.5 % ) และ deltaproteobacteria ( 111 ) ระบุไพโรซีเควนซิง
ในตัวอย่าง jw57 ไม่ได้ สังเกตได้จากการทดลอง หรือวัฒนธรรม แอโรบิค เขต 3 เปิดเผยกรณีที่
สายพันธุ์เหมือนกันพบ : ( ฉัน ) เป็น Pseudomonas sp . สายพันธุ์หายจากที่แตกต่างกัน 2 เชื้อเพลิงดีเซลถังเดียว
เว็บไซต์อุตสาหกรรม ; ( 2 ) mangroveibacter sp . สายพันธุ์ที่แยกได้จากถังที่ 3 จากเว็บไซต์โรงกลั่นเดียว ; และ ( 3 )
เป็นสายพันธุ์ที่มีอยู่ในทั้งสองไม่เกี่ยวข้อง Burkholderia vietnamiensis ตัวอย่างดีเซล รถยนต์ โดยรวม , การปนเปื้อนเชื้อแอโรบิก
ของเชื้อเพลิงได้ในวงกว้าง และตัวแทนของประเภทชั้นเรียนปัจจุบัน แต่ขาด overrepresenting
ความถูกต้องโดยสมาชิกบางกลุ่มเช่น Pseudomonas .