Alternatively, the deuteration patt

Alternatively, the deuteration pattern of a labeled protein
can be determined by a “top-down” approach, which fragments
intact proteins in the gas-phase inside the mass spectrometer.
Since this approach bypasses the in-solution protein digestion
step and the chromatographic peptide separation, it has attracted
a lot of attention in the HDX-MS community in recent years.
Collision-induced dissociation (CID) was initially evaluated for
this purpose by a number of research groups [18–21]. However,
the potential problems of H/D migration across the polypeptide
chain (scrambling) prior to bond dissociation, as well as limited
sequence coverage, makes this technique not generally viable
for top-down HDX-MS measurements [22–24]. In contrast, electron
capture dissociation (ECD) [25], which gives ultrafast peptide
bond cleavage with minimal vibrational excitation of the precursor
ions [26,27], holds great promise for top-down HDX. It
has recently been demonstrated that no significant H/D scrambling
occurred during ECD fragmentation of isotopically labeled
proteins [28–30], as long as the instrument settings for ion transfer
are set at relatively gentle conditions to minimize collisional
activation. A closely related technique, electron transfer dissociation
(ETD) has also been shown to be a viable gas-phase
sequencing method for top-down HDX without the problem of
scrambling [31–34].

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

หรือรูปแบบ deuteration ของโปรตีนที่มีป้ายชื่อสามารถกำหนดได้ โดยวิธี "บนลงล่าง" ซึ่งกระจายตัวโปรตีนเหมือนเดิมในเฟสก๊าซภายในสเปกโตรมิเตอร์โดยรวมเนื่องจากวิธีการนี้เลี่ยงผ่านกระบวนการย่อยอาหารโปรตีนในโซลูชันขั้นตอนและแยกเพปไทด์ chromatographic มีผู้ให้ความมีความสนใจมากในชุมชน HDX MS ในปีที่ผ่านมาเริ่มต้นถูกประเมินเกิดชน dissociation (ซิด)วัตถุประสงค์นี้ โดยจำนวนงานวิจัย [18-21] อย่างไรก็ตามปัญหาของ H/D ย้ายข้าม polypeptideโซ่ (แปลง) ก่อนพันธบัตร dissociation ตลอดจนจำกัดลำดับความครอบคลุม ทำให้เทคนิคนี้ไม่ได้โดยทั่วไปสำหรับด้านบนลง HDX MS วัด [22-24] ในทางตรงกันข้าม อิเล็กตรอนจับ dissociation (เบาะแส) [25], ซึ่งเปป ultrafastปริพันธะกับน้อยที่สุดในการกระตุ้น vibrational ของสารตั้งต้นประจุ [26,27], แสดงสัญญาที่ดีสำหรับ HDX บนลงล่าง มันเมื่อเร็ว ๆ นี้มีการแสดงที่ไม่สำคัญ H/D แปลงเกิดขึ้นในระหว่างการกระจายตัวของเบาะแสของป้าย isotopicallyโปรตีน [28-30], ความยาวเป็นการตั้งค่าเครื่องมือสำหรับการโอนย้ายไอออนตั้งเงื่อนไขค่อนข้างอ่อนโยนเพื่อลด collisionalเปิดใช้งาน เทคนิคที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด dissociation ถ่ายโอนอิเล็กตรอนแสดง (ETD) จะ ได้ก๊าซเฟสยังลำดับเบสวิธีการ HDX บนลงล่างโดยไม่มีปัญหาแปลง 31 – 34]

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

อีกทางเลือกหนึ่งรูปแบบ deuteration
ของโปรตีนที่มีข้อความจะถูกกำหนดโดย"บนลงล่าง"
วิธีการซึ่งเศษโปรตีนเหมือนเดิมในก๊าซเฟสภายในสเปกโตรมิเตอร์มวล. เนื่องจากวิธีนี้ทะลุโปรตีนในวิธีการแก้ปัญหาการย่อยอาหารขั้นตอนและเปปไทด์โครมาแยกมันได้ดึงดูดความสนใจมากในชุมชน HDX-MS ในปีที่ผ่านมา. แยกออกจากการปะทะกันที่เกิดขึ้น (CID) รับการประเมินครั้งแรกสำหรับการนี้โดยจำนวนของกลุ่มวิจัย[18-21] อย่างไรก็ตามปัญหาที่อาจเกิดขึ้นจาก H / D การย้ายถิ่นข้าม polypeptide โซ่ (หนี) ก่อนที่จะมีการแยกตัวออกพันธบัตรเช่นเดียวกับการ จำกัดการรายงานข่าวลำดับทำให้เทคนิคนี้ไม่ได้โดยทั่วไปที่มีศักยภาพสำหรับการจากบนลงล่างวัด HDX-MS [22-24] ในทางตรงกันข้ามอิเล็กตรอนแยกออกจากกันจับ (ECD) [25] ซึ่งจะช่วยให้เปปไทด์เร็วมากความแตกแยกตราสารหนี้ที่มีการกระตุ้นการสั่นน้อยที่สุดของผู้นำไอออน[26,27] ถือสัญญาที่ดีสำหรับการจากบนลงล่าง HDX มันเพิ่งได้รับการแสดงให้เห็นว่าไม่มีนัยสำคัญ H / D หนีเกิดขึ้นในช่วงการกระจายตัวของECD ที่มีข้อความ isotopically โปรตีน [28-30] ตราบใดที่การตั้งค่าเครื่องมือสำหรับการถ่ายโอนไอออนมีการกำหนดเงื่อนไขที่ค่อนข้างอ่อนโยนเพื่อลดcollisional ยืนยันการใช้งาน เทคนิคที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดแยกออกจากกันการถ่ายโอนอิเล็กตรอน(ETD) นอกจากนี้ยังได้รับการแสดงที่จะเป็นก๊าซเฟสที่ทำงานได้วิธีการจัดลำดับสำหรับHDX จากบนลงล่างโดยไม่มีปัญหาของหนี[31-34]

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

อีกวิธีหนึ่งคือ deuteration รูปแบบของป้ายโปรตีน
สามารถถูกกำหนดด้วย " บนลงล่าง " แนวทาง ซึ่งเศษ
โปรตีนครบถ้วนในแก๊สภายในแมสสเปกโตรมิเตอร์ .
เนื่องจากวิธีการนี้ข้ามขั้นตอนการย่อยโปรตีนและเปปไทด์
โซลูชั่นแยกโครม มันได้ดึงดูด
ความสนใจมากใน hdx-ms ชุมชน
ปีล่าสุดเกิดการชนกัน ( CID ) ได้เริ่มทำการ
วัตถุประสงค์นี้ โดยตัวเลขของกลุ่มงานวิจัย [ 18 – 21 ] อย่างไรก็ตาม ปัญหาที่อาจเกิดขึ้น
H / D การย้ายถิ่นข้ามโซ่ polypeptide
( แปลง ) ก่อนการแตกพันธะเช่นเดียวกับจำกัด
ลำดับความครอบคลุม ทำให้เทคนิคนี้ไม่ได้โดยทั่วไปสำหรับการวัดจากบนลงล่างได้
hdx-ms 22 – [ 24 ] ในทางตรงกันข้าม อิเล็กตรอน
จับแยกออกจากกัน ( ECD ) [ 25 ] ซึ่งจะช่วยให้มากกับพันธบัตรเปปไทด์
ตัวกระตุ้นการสั่นน้อยที่สุดของ precursor
ไอออน [ 26,27 ] ถือสัญญาที่ดีสำหรับ HDX บนลงล่าง มัน
ช่วงนี้พบว่าไม่พบ H / D แปลง
เกิดขึ้นระหว่างบก. การแตกแยกของ isotopically ป้าย
โปรตีน [ 28 – 30 ] ตราบใดที่เครื่องมือการตั้งค่าสำหรับ
ถ่ายโอนไอออนมีการตั้งค่าที่เงื่อนไขอ่อนโยนค่อนข้างที่จะลด collisional
กระตุ้น เป็นเทคนิคที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด , การถ่ายโอนอิเล็กตรอน
( etd ) ยังถูกแสดงเป็นลำดับ
แก๊สวิธี HDX ลงได้โดยไม่มีปัญหา
แปลง [ 31 – 34 )