เนื่องจากอินโดนีเซียเป็นประเทศหมู่เกาะในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ระหว่างมหาสมุทรแปซิฟิกกับมหาสมุทรอินเดียและระหว่างทวีปเอเชียกับออสเตรเลีย ทำให้อินโดนีเซีย สามารถควบคุมเส้นทางการติดต่อระหว่างมหาสมุทรทั้งสอง ผ่านช่องแคบสำคัญต่างๆ อาทิ ช่องแคบมะละกา ช่องแคบซุนดรา และช่องแคบล็อมบ็อก ซึ่งล้วนเป็นเส้นทางขนส่งน้ำมัน จากตะวันออกกลางมายังประเทศในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ และเอเชียตะวันออก อินโดนีเซียมีท่าเรือหลายแห่งที่เป็นที่พักเรือสินค้าหลายแห่ง เช่น Tanjung Priok ตั้งอยู่เมืองจาร์กาต้าซึ่งเป็นท่าเรือที่ใหญ่ที่สุดในประเทศ ท่าเรือ Tanjung Perak ตั้งอยู่เมืองSurabaya Belayan Port ตั้งอยู่เมืองMedan Batu Ampar Port ตั้งอยู่เมือง Riau และBoom Baru Port ตั้งอยู่เมืองPalembang เป็นต้น ซึ่งถือเป็นแหล่งรายได้ของประเทศที่สำคัญอีกด้านหนึ่ง