ด้วยความพอพระทัยในผลการดำเนินงานของกรมทั้งสิบสองที่ได้ทรงตั้งไว้เมื่อ พ.ศ. 2431 แล้ว พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงทรงประกาศตั้งกระทรวงขึ้นอย่างเป็นทางการจำนวน 12 กระทรวง เมื่อวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2435 อันประกอบด้วย
กระทรวงมหาดไทย รับผิดชอบงานที่เดิมเป็นของสมุหนายก ดูแลกิจการพลเรือนทั้งหมดและบังคับบัญชาหัวเมืองฝ่ายเหนือและชายทะเลตะวันออก
กระทรวงนครบาล รับผิดชอบกิจการในพระนคร
กระทรวงโยธาธิการ รับผิดชอบการก่อสร้าง
กระทรวงธรรมการ ดูแลการศาสนาและการศึกษา
กระทรวงเกษตรพานิชการ รับผิดชอบงานที่ในปัจจุบันเป็นของกระทรวงเกษตรและสหกรณ์และกระทรวงพาณิชย์
กระทรวงยุติธรรม ดูแลเรื่องตุลาการ
กระทรวงมรุธาธร ดูแลเครื่องราชูปโภคของพระมหากษัตริย์
กระทรวงยุทธนาธิการ รับผิดชอบปฏิบัติการการทหารสมัยใหม่ตามแบบยุโรป
กระทรวงพระคลังสมบัติ รับผิดชอบงานที่ในปัจจุบันเป็นของกระทรวงการคลัง
กระทรวงการต่างประเทศ (กรมท่า) รับผิดชอบการต่างประเทศ
กระทรวงกลาโหม รับผิดชอบกิจการทหาร และบังคับบัญชาหัวเมืองฝ่ายใต้
กระทรวงวัง รับผิดชอบกิจการพระมหากษัตริย์