Aim of this studyWithin the scope o

Aim of this study
Within the scope of this article, we pursue two goals. First of all, we investigate if PROPKA can be applied to design thermostable proteins and predict the magnitude of the gain in thermostability upon mutation. We use as model system the mesophilic Aspergillus aculeatus β-1,4-galactanase (AaGal, GenBank ID AAA32692.1, PDB IDs: 1FHL, 1FOB; [13]) using as template for mutation Myceliophthora thermophila (also known as Thielavia heterothallica) β-1,4-galactanase (MtGal, GenBank ID AAE73520.1, PDB ID: 1HJS [14]). We pursue therefore also the secondary goal of obtaining a more thermostable AaGal. A consensus approach [22,23] was used as a complementary design tool to obtain more thermostable variants, which were also evaluated by PROPKA. The thermostability of these variants together with that of the wild type enzyme was experimentally determined by their melting temperature, Tm, and thermal irreversible inactivation rate.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

จุดมุ่งหมายของการศึกษานี้ภายในขอบเขตของบทความนี้ เราติดตามเป้าหมายที่สอง ครั้งแรกของทั้งหมด เราตรวจสอบถ้าสามารถใช้ การออกแบบโปรตีน thermostable ทำนายขนาดของกำไรใน thermostability เมื่อการกลายพันธุ์ PROPKA เราใช้เป็นแบบจำลองระบบ mesophilic Aspergillus aculeatus β-1,4-galactanase (รหัส AaGal, AAA32692.1 รหัส GenBank, PDB: 1FHL, 1FOB [13]) ใช้เป็นแม่แบบสำหรับการกลายพันธุ์ Myceliophthora thermophila (หรือที่เรียกว่า Thielavia heterothallica) β-1,4-galactanase (MtGal, AAE73520.1 รหัส GenBank, PDB ID: 1HJS [14]) เราติดตามจึงยังเป้าหมายรองรับ AaGal thermostable มากขึ้น วิธีช่วย [22,23] ถูกใช้เป็นเครื่องมือออกแบบฟรีรับตัวแปร thermostable เพิ่มมากขึ้น ซึ่งก็ยังประเมิน โดย PROPKA Thermostability ของตัวแปรเหล่านี้กับของเอนไซม์ชนิดป่า experimentally ที่ถูกกำหนด โดยการละลายอุณหภูมิ Tm และยกเลิกการให้ความร้อนเรียกอัตรา

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

จุดมุ่งหมายของการศึกษานี้ภายในขอบเขตของบทความนี้เราจะไล่ตามเป้าหมายที่สอง ก่อนอื่นเราจะตรวจสอบถ้า PROPKA สามารถนำมาใช้ในการออกแบบโปรตีนร้อนและคาดการณ์ขนาดของกำไรในทนร้อนเมื่อเกิดการกลายพันธุ์ที่ เราใช้ระบบแบบ mesophilic Aspergillus aculeatus β-1,4-galactanase (AaGal, GenBank ID AAA32692.1 รหัส PDB: 1FHL, 1FOB; [13]) โดยใช้เป็นแม่แบบสำหรับการกลายพันธุ์ Myceliophthora thermophila (หรือเรียกว่า heterothallica Thielavia) β-1,4-galactanase (MtGal, GenBank ID AAE73520.1, PDB ID: 1HJS [14]) เราจึงยังไล่ตามเป้าหมายที่สองของการได้รับความร้อนมากขึ้น AaGal วิธีฉันทามติ [22,23] ถูกนำมาใช้เป็นเครื่องมือในการออกแบบที่สมบูรณ์เพื่อให้ได้สายพันธุ์ที่ร้อนมากขึ้นซึ่งได้รับการประเมินโดย PROPKA ทนร้อนเหล่านี้ร่วมกับสายพันธุ์ของเอนไซม์ชนิดป่าที่ถูกกำหนดโดยการทดลองอุณหภูมิหลอมเหลวของพวกเขา Tm และอัตราความร้อนกลับไม่ได้ใช้งาน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

จุดมุ่งหมายของการศึกษานี้
ภายในขอบเขตของบทความนี้เราติดตามสองประตู ครั้งแรกของทั้งหมด เราตรวจสอบ ถ้า propka สามารถนำไปใช้ในการออกแบบโปรตีน และคาดการณ์ขนาดของกำไรในทดลเมื่อกลายพันธุ์ เราใช้เป็นแบบระบบมี Aspergillus aculeatus บีตา - 1,4-galactanase ( aagal ขนาด aaa32692.1 PDB , ID , รหัส : 1fhl 1fob ; ,[ 13 ] ) ใช้เป็นแม่แบบสำหรับการ myceliophthora thermophila ( ยังเป็นที่รู้จัก thielavia heterothallica ) บีตา - 1,4-galactanase ( mtgal ขนาด aae73520.1 PDB , ID , รหัส : 1hjs [ 14 ] ) เราติดตาม ดังนั้น เป้าหมายของการสร้างสารทุติยภูมิมากกว่า aagal . วิธีการรับฉันทามติ [ 22,23 ] ถูกใช้เป็นเครื่องมือการออกแบบที่สมบูรณ์ที่จะได้รับเพิ่มเติมในตัวแปรซึ่งประเมินโดย propka . โดยตัวแปรเหล่านี้ทดลด้วยกันกับของเอนไซม์ชนิดป่าคือการทดลอง โดยอุณหภูมิหลอมเหลวของ TM และความร้อนได้ทำให้อัตรา