Identifying problemsThere are a num

Identifying problems

There are a number of reasons a researcher might assign a sequence to the wrong organism, including microbial contamination in samples, chimerism (when the genomes of two organisms combine during the DNA amplification process), poor taxonomic identification, or even simple human mix-ups during sample preparation.

The extent of the mislabeled sequence problem remains a matter of speculation, but a few studies have lent some insight. Earlier this year, for instance, Langdon searched a subset of data from the 1,000 Genomes Project for possible contamination. “About 7 percent of samples have Mycoplasma contamination,” he said.

Another study this year found Bradyrhizobium as a common sequence contaminant in eukaryotic sequences. For instance, sequences assigned to taxa as diverse as a Tibetan antelope, a fungus, a protozoa, and Homo sapiens are all Bradyrhizobium. “The problem is much more extensive,” Martin Laurence, the founder of ShipShaw labs who led the study, told The Scientist in an e-mail. “I have a long, unpublished list of contaminated sequences, since the DNA extraction kits I use are also contaminated, so I end up seeing a zoo of animals in my human clinical species (parrot sequences are particularly popular),” he continued. “Obviously, there were no parrots or Tibetan antelopes anywhere near my samples.”

Evolutionary biologist Stephen Smith at the University of Michigan builds large phylogenetic trees of plants. In one project, on a group of plants including cacti and carnivorous species, Smith analyzed about 4,000 organisms that had enough overlapping sequences in GenBank to make a tree. “Something on the order of 1 to 2 percent of what I used to build this tree is mislabeled,” he said. “It’s not a big number, but if you care where species fall within the phylogeny, it does make it a big deal.”

While it may be apparent that a sequence is mislabeled in GenBank, only the person who submitted the errant entry can correct it. While there are procedures to alert the database administrators to problems, it’s a laborious task for them to contact the submitters and investigate each case. Mislabeled submissions are sometimes corrected, but often they remain in the database.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ระบุปัญหามีหลายประการที่นักวิจัยอาจกำหนดลำดับกับสิ่งมีชีวิตผิด รวมถึงปนเปื้อนจุลินทรีย์ในตัวอย่าง chimerism (เมื่อ genomes ของสิ่งมีชีวิตสองรวมระหว่างขยายดีเอ็นเอ), อนุกรมวิธานรหัสไม่ดี หรือ mix-ups อย่างแม้แต่มนุษย์ในระหว่างการเตรียมตัวอย่างขอบเขตของปัญหาลำดับ mislabeled ยังคง เป็นเรื่องของการเก็งกำไร แต่บางการศึกษาได้ยืมเงินเข้าใจบาง ก่อนหน้านี้ปีนี้ เช่น มากค้นหาชุดย่อยของข้อมูลจาก 1000 Genomes โครงการสำหรับการปนเปื้อนได้ "ประมาณ 7 ร้อยละของตัวอย่างมีการปนเปื้อน Mycoplasma เขากล่าวว่าศึกษาอื่นปีนี้พบ Bradyrhizobium เป็นสารปนเปื้อนลำดับทั่วไปใน eukaryotic ลำดับ ตัวอย่าง ลำดับกำหนด taxa ที่มีความหลากหลายเป็นแอนทีโลปทิเบต เป็นเชื้อรา โพรโทซัวเป็น และกะเทย sapiens Bradyrhizobium ทั้งหมด "ปัญหาคือละเอียดมาก มาร์ตินลอเรนซ์ ผู้ก่อตั้งของ ShipShaw แล็บผู้ศึกษา บอกนักวิทยาศาสตร์ที่ในอีเมล์ "ฉันมีรายการยาว ประกาศลำดับปนเปื้อน เนื่องจากยังมีการปนเปื้อนชุดสกัดดีเอ็นเอที่ใช้ ฉันเอยเห็นสวนสัตว์ของสัตว์ในสปีชีส์ทางคลินิกของฉันมนุษย์ (ลำดับนกแก้วนิยมโดยเฉพาะอย่างยิ่ง), " เขาต่อ "อย่างชัดเจน มีแพร์รอทส์ไม่ ขึ้น antelopes ทิเบตได้ใกล้ตัวอย่างฉัน"นักชีววิทยาวิวัฒนาการ Stephen Smith ที่มหาวิทยาลัยมิชิแกนสร้างต้นไม้ phylogenetic ขนาดใหญ่ของพืช ในหนึ่งโครงการ กลุ่มของพืชรวมทั้งแคคตัสและพันธุ์กินเนื้อ สมิธวิเคราะห์ชีวิต 4000 มีลำดับพอทับซ้อนกันใน GenBank ให้ต้นไม้ "บางสิ่งบางอย่างขั้น 1-2 เปอร์เซ็นต์ของสิ่งที่ฉันใช้ในการสร้างแผนภูมินี้จะ mislabeled เขากล่าวว่า "ไม่ได้จำนวนมาก แต่ถ้าคุณสนใจที่สปีชีส์อยู่ใน phylogeny มันทำให้มันใหญ่"ในขณะที่มันอาจจะเห็นว่า ลำดับที่ mislabeled ใน GenBank เท่าบุคคลที่ส่งรายการพเนจรสามารถแก้ไขมัน ในขณะที่มีกระบวนการแจ้งเตือนผู้ดูแลระบบฐานข้อมูลปัญหา เป็นงานที่ลำบากสำหรับพวกเขาติดต่อที่ submitters และตรวจสอบแต่ละกรณี ส่ง mislabeled จะแก้ไขบางครั้ง แต่มักจะอยู่ในฐานข้อมูล

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ระบุปัญหามีหลายเหตุผลที่นักวิจัยอาจกำหนดลำดับที่จะมีชีวิตที่ไม่ถูกต้องจะรวมถึงการปนเปื้อนของเชื้อจุลินทรีย์ในตัวอย่าง chimerism (เมื่อจีโนมของทั้งสองสิ่งมีชีวิตรวมในระหว่างขั้นตอนการขยายดีเอ็นเอ) บัตรประจำตัวการจัดหมวดหมู่ที่น่าสงสารหรือแม้กระทั่งการผสมของมนุษย์ง่าย -ups ในระหว่างการเตรียมตัวอย่าง. ขอบเขตของปัญหาลำดับเรียกไม่ถูกยังคงเป็นเรื่องของการเก็งกำไร แต่การศึกษาน้อยยืมเข้าใจบางอย่าง ปีก่อนหน้านี้เช่นแลงดอนสืบค้นย่อยของข้อมูลจาก 1,000 โครงการจีโนมการปนเปื้อนที่เป็นไปได้ "เกี่ยวกับ 7 เปอร์เซ็นต์ของกลุ่มตัวอย่างมีการปนเปื้อน Mycoplasma" เขากล่าว. การศึกษาอื่นในปีนี้พบ Bradyrhizobium เป็นสารปนเปื้อนที่พบบ่อยในลำดับลำดับ eukaryotic ยกตัวอย่างเช่นลำดับมอบหมายให้แท็กซ่าเป็นความหลากหลายเป็นละมั่งทิเบตเชื้อราโปรโตซัวและที่ Homo sapiens มี Bradyrhizobium ทั้งหมด "ปัญหาที่เกิดขึ้นเป็นที่กว้างขวางมากขึ้น" มาร์ตินลอเรนผู้ก่อตั้งห้องปฏิบัติการ ShipShaw ที่นำการศึกษาบอกว่านักวิทยาศาสตร์ใน e-mail "ผมมีความยาวที่ไม่ได้เผยแพร่รายชื่อลำดับที่ปนเปื้อนตั้งแต่ชุดสกัดดีเอ็นเอผมใช้นอกจากนี้ยังมีการปนเปื้อนดังนั้นฉันท้ายเห็นสวนสัตว์ของสัตว์ในสายพันธุ์ที่ทางคลินิกของฉันของมนุษย์ (ลำดับนกแก้วเป็นที่นิยมโดยเฉพาะอย่างยิ่ง)," เขายังคง "เห็นได้ชัดว่ามีนกแก้วหรือละมั่งทิเบตทุกที่ใกล้ตัวอย่างของฉัน." นักชีววิทยาวิวัฒนาการสตีเฟนสมิ ธ ที่มหาวิทยาลัยมิชิแกนสร้างต้นไม้ขนาดใหญ่ของพืช หนึ่งในโครงการที่กลุ่มของพืชรวมทั้ง cacti และชนิดที่กินเนื้อสมิ ธ วิเคราะห์ประมาณ 4,000 ชีวิตที่มีลำดับที่ทับซ้อนกันมากพอใน GenBank ที่จะทำให้ต้นไม้ "อะไรบางอย่างในการสั่งซื้อ 1 ถึง 2 เปอร์เซ็นต์ของสิ่งที่ฉันใช้ในการสร้างต้นไม้นี้จะเรียกไม่ถูก" เขากล่าว "มันไม่ได้เป็นจำนวนมาก แต่ถ้าคุณสนใจที่สายพันธุ์ตกอยู่ในเชื้อชาติก็ไม่ทำให้มันเป็นเรื่องใหญ่." ในขณะที่มันอาจจะเห็นได้ชัดว่าลำดับจะเรียกไม่ถูกใน GenBank เพียงคนที่ส่งรายการท่องเที่ยวสามารถแก้ไข มัน ในขณะที่มีวิธีการในการแจ้งเตือนผู้ดูแลระบบฐานข้อมูลปัญหามันเป็นงานที่ลำบากสำหรับพวกเขาที่จะติดต่อผู้ส่งและตรวจสอบแต่ละกรณี ส่งเรียกไม่ถูกได้รับการแก้ไขในบางครั้ง แต่บ่อยครั้งที่พวกเขายังคงอยู่ในฐานข้อมูล

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การระบุปัญหา

มีจำนวนของเหตุผลที่นักวิจัยจะกำหนดลำดับชีวิตผิด รวมทั้งการปนเปื้อนจุลินทรีย์ในตัวอย่าง ไคเมอริซม ( เมื่อจีโนมของสิ่งมีชีวิตสองรวมระหว่าง DNA Amplification กระบวนการ ) ระบุทางไม่ดี หรือแม้แต่ง่ายมนุษย์ผสม ups ในระหว่างการเตรียมสารตัวอย่าง

ขอบเขตของปัญหายังคงเป็นเรื่องของลำดับปลอมเท่านั้น แต่ไม่กี่มีการศึกษาให้เข้าใจบางอย่าง ปีก่อนหน้านี้ เช่น แลงดอน ค้นหาชุดย่อยของข้อมูลจาก 1000 Genomes โครงการ การปนเปื้อนที่เป็นไปได้ " ประมาณ 7 เปอร์เซ็นต์ ของตัวอย่าง มีการปนเปื้อน Mycoplasma , " เขากล่าว .

ศึกษาอื่น ในปีนี้พบว่าถั่วเหลืองเป็นลำดับการเข้ามาโดยลำดับ ตัวอย่างลำดับมอบหมายและหลากหลายเช่น ทิเบตละมั่ง , เชื้อรา และโปรโตซัว และเผ่าพันธุ์มนุษย์ทั้งหมดถั่วเหลือง . " ปัญหาคือ กว้างขวางมาก มาร์ติน ลอว์เรนซ์ ผู้ก่อตั้ง shipshaw Labs ที่นำเรียนว่า นักวิทยาศาสตร์ ในอีเมล์ " ผมยาวรายการประกาศของลำดับการปนเปื้อน เนื่องจากการสกัดดีเอ็นเอชุดผมใช้ยังปนเปื้อนดังนั้นฉันสิ้นสุดขึ้นเห็นสวนสัตว์ของสัตว์ในสปีชีส์ของมนุษย์ชั้นคลินิก ( นกแก้ว ) เป็นที่นิยมโดยเฉพาะอย่างยิ่ง ) " เขากล่าว " แน่นอน ไม่มีแก้วหรือทิเบต antelopes อยู่ใกล้ตัวอย่างของฉัน "

นักชีววิทยาวิวัฒนาการ สตีเฟน สมิธ ที่มหาวิทยาลัยมิชิแกนสร้าง phylogenetic ต้นไม้ขนาดใหญ่ของพืช ในหนึ่งโครงการในกลุ่มของพืชรวมทั้ง cacti และสัตว์กินเนื้อชนิด Smith วิเคราะห์ประมาณ 4000 สิ่งมีชีวิตที่พอซ้อนลำดับในขนาดเพื่อให้ต้นไม้ " บางอย่างในลำดับ 1 ถึง 2 เปอร์เซ็นต์ของสิ่งที่ฉันใช้ในการสร้างต้นไม้ต้นนี้ปลอม , " เขากล่าวว่า" มันไม่เยอะมาก แต่ถ้าคุณสนใจที่ชนิดอยู่ภายในระบบเชื้อชาติ มันทำให้มันเป็นเรื่องใหญ่เลย "

ในขณะที่มันอาจจะปรากฏที่ลำดับจะ mislabeled พบเพียงคนยื่นรายการโปรตอนที่สามารถแก้ไขได้ ในขณะที่มีการแจ้งเตือนผู้ดูแลระบบฐานข้อมูลปัญหามันเป็นงานที่ลำบากสำหรับพวกเขาที่จะติดต่อจัและตรวจสอบแต่ละกรณี ปลอมส่งบางครั้งก็แก้ไขได้ แต่พวกเขามักจะอยู่ในฐานข้อมูล