tics, pharmacogenetics, and sequenc

tics, pharmacogenetics, and sequencing by hybridization
as well as gene-expression analysis.
Fabrication of oligonucleotide chips by photolithography
is theoretically simple but technically
complex [29,30]. The light from a high-intensity
mercury lamp is directed through a photolithographic
mask onto the silica surface, resulting in
deprotection of the terminal nucleotides in the illuminated
regions. The entire chip is then reacted with
the desired free nucleotide, resulting in selected chain
elongation. This process requires only 4n cycles
(where n = oligonucleotide length in bases) to synthesize
a vast number of unique oligos, the total number
of which is limited only by the complexity of the
photolithographic mask and the chip size [29,31,32].
Sample preparation involves the generation of
double-stranded cDNA from cellular poly(A)+ RNA
followed by antisense RNA synthesis in an in vitro
transcription reaction with biotinylated or fluortagged
nucleotides. The RNA probe is then fragmented
to facilitate hybridization. If the indirect
visualization method is used, the chips are incubated
with fluor-linked streptavidin (e.g., phycoerythrin)
after hybridization [12,33]. The signal is detected with
a custom confocal scanner [34]. This method has
been applied successfully to the mapping of genomic
library clones [35], to de novo sequencing by hybridization
[28,36], and to evolutionary sequence comparison
of the BRCA1 gene [37]. In addition,
mutations in the cystic fibrosis [38] and BRCA1 [39]
gene products and polymorphisms in the human immunodeficiency
virus-1 clade B protease gene [40]
have been detected by this method. Oligonucleotide
chips are also useful for expression monitoring [33]
as has been demonstrated by the simultaneous evaluation
of gene-expression patterns in nearly all open
reading frames of the yeast strain S. cerevisiae [12].
More recently, oligonucleotide chips have been used
to help identify single nucleotide polymorphisms in
the human [41] and yeast [42] genomes.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

tics เภสัชพันธุศาสตร์ และการจัดลำดับ โดย hybridizationรวมทั้งการวิเคราะห์การแสดงออกของยีนผลิตของชิป oligonucleotide โดยสร้างลายวงจรด้วยแสงเป็นเรื่องง่ายในทางทฤษฎีแต่ในทางเทคนิคคอมเพล็กซ์ [29,30] แสงความเข้มสูงจากนำปรอทโคมไฟผ่านการ photolithographicรูปแบบบนพื้นผิวซิลิกา ในdeprotection นิวคลีโอไทด์ที่เทอร์มินัลในความสว่างขอบเขตการ แล้วมีปฏิกิริยาชิกับต้องการฟรีนิวคลีโอไทด์ ผลเลือกโซ่ยืดตัว กระบวนการนี้ต้องเฉพาะ 4n รอบ(ซึ่ง n =ความยาวฐาน oligonucleotide) การสังเคราะห์เป็น oligos เฉพาะ จำนวนจำนวนของที่ถูกจำกัดโดยความซับซ้อนของการหน้ากาก photolithographic และขนาดของชิพ [29,31,32]รุ่นที่เกี่ยวข้องกับการเตรียมตัวอย่างสองครั้งที่ควั่น cDNA จากมือถือ poly(A) + RNAตาม ด้วย antisense RNA สังเคราะห์ในการในหลอดทดลองปฏิกิริยาการถอดรหัส ด้วย biotinylated หรือ fluortaggedนิวคลีโอไทด์ โพรบ RNA เป็นมากแล้วเพื่ออำนวยความสะดวกการ hybridization ถ้าในทางอ้อมใช้วิธีการแสดงภาพประกอบเพลง ได้รับการกกเบี้ยมีลิงค์ฟลูออ streptavidin (เช่น phycoerythrin)หลังจากการ hybridization [12,33] มีการตรวจพบสัญญาณด้วยสแกนเนอร์โฟคอที่กำหนดเองแบบ [34] วิธีนี้มีการใช้เรียบร้อยแล้วกับการแมปของจีโนมของไลบรารีโคลน [35], การจัดลำดับ novo de โดย hybridization[28,36], และ การเปรียบเทียบลำดับวิวัฒนาการของยีน BRCA1 [37] นอกจากนี้พันธุ์ BRCA1 และรซิ [38] [39]ยีนและ polymorphisms ในกลับมนุษย์1 ไวรัส clade B รติเอสยีน [40]มีการตรวจพบ โดยวิธีนี้ Oligonucleotideชิจะยังมีประโยชน์สำหรับนิพจน์ตรวจสอบ [33]เป็นการแสดง โดยการประเมินพร้อมกันรูปแบบการแสดงออกของยีนในเปิดเกือบทั้งหมดอ่านเฟรมภาพยีสต์สายพันธุ์ S. cerevisiae [12]เมื่อเร็ว ๆ นี้ มีการใช้ชิป oligonucleotideเพื่อช่วยระบุหลากหลายเดี่ยวเบื่อหน่ายในมนุษย์ [41] และ genomes ยีสต์ [42]