Here, we address five major questio

Here, we address five major questions about the utility of gap characters for phylogenetic analyses in avian non-coding regions. First, is the historical signal in the gap characters from Early Bird [13] stronger than, similar to or weaker than the signal in the nucleotide sequences? Second, do gap characters exhibit more or less homoplasy than nucleotides, and moreover, do gap characters based on
Biology 2013, 2 422
the insertion or deletion of a single nucleotide exhibit more homoplasy than those based upon longer indels? Third, are the trees supported by gap and nucleotide characters congruent, and if not, which of the two trees is better corroborated by other lines of evidence? Fourth, does maximum parsimony (MP) or maximum likelihood (ML) represent a better method for analyses of gap characters, or do both methods perform similarly? Finally, are total evidence analyses that combine gap and nucleotide data superior to individual analyses of either data type? We expect the answers to these questions to provide insight into the phylogenetic utility of gap characters that are largely based upon indels in non-coding regions.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ที่นี่เราอยู่ห้าคำถามที่สำคัญเกี่ยวกับโปรแกรมอรรถประโยชน์ของตัวอักษรช่องว่างสำหรับการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการในภูมิภาคนกที่ไม่ได้เข้ารหัส ครั้งแรกเป็นสัญญาณทางประวัติศาสตร์ในตัวละครจากช่องว่าง Early Bird [13] แข็งแกร่งกว่าคล้ายกับหรืออ่อนแอกว่าสัญญาณในลำดับเบส? ประการที่สองตัวละครช่องว่างทำแสดง homoplasy มากกว่าหรือน้อยกว่านิวคลีโอ, และนอกจากนี้ยังทำอักขระช่องว่างขึ้นอยู่กับ
ชีววิทยา 2, 2013 422
แทรกหรือลบจัดแสดงเดี่ยวเบื่อหน่าย homoplasy มากกว่าผู้ที่อยู่บนพื้นฐานของ indels อีกต่อไป? ประการที่สามเป็นต้นไม้ที่ได้รับการสนับสนุนโดยตัวละครช่องว่างและเบื่อหน่ายสอดคล้องกันและหากไม่ได้ซึ่งต้นไม้สองต้นจะดีกว่าโดยยืนยันสายอื่น ๆ ของหลักฐาน? ประการที่สี่การไม่ประหยัดสูงสุด (MP) หรือความน่าจะเป็นสูงสุด (ML) เป็นวิธีการที่ดีกว่าสำหรับการวิเคราะห์ช่องว่างของตัวละครหรือทำทั้งสองวิธีดำเนินการในทำนองเดียวกัน? สุดท้ายเป็นหลักฐานทั้งหมดที่รวมการวิเคราะห์ช่องว่างและข้อมูลเบสดีกว่าการวิเคราะห์ของแต่ละบุคคลทั้งชนิดข้อมูล? เราคาดว่าคำตอบของคำถามเหล่านี้เพื่อให้ข้อมูลเชิงลึกในยูทิลิตี้สายวิวัฒนาการของตัวอักษรช่องว่างที่ใช้ส่วนใหญ่เมื่อ indels ในภูมิภาคที่ไม่ได้เข้ารหัส

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ที่นี่เราอยู่ห้าคำถามสำคัญเกี่ยวกับประโยชน์ของอักขระช่องว่างสำหรับการวิเคราะห์ในโนนนก ซึ่งรหัสภูมิภาค ครั้งแรก คือ ประวัติศาสตร์ของสัญญาณในช่องว่างอักขระจากนกเร็ว [ 13 ] แข็งแกร่งกว่ากัน หรืออ่อนแอกว่า สัญญาณในลำดับเบส ? ประการที่สอง ทำอักขระช่องว่างมีมากหรือน้อย homoplasy มากกว่าเรา และนอกจากนี้ทำอักขระช่องว่างตาม

2 หรือชีววิทยา 2013 , แทรกหรือลบของนิวคลีโอไทด์เดี่ยวแสดง homoplasy มากกว่านั้นขึ้นอยู่กับ indels อีกต่อไป ? ประการที่สาม คือ ต้นไม้ที่ได้รับการสนับสนุน โดยช่องว่างและอักขระนิวคลีโอไทด์เท่ากัน และหากไม่ ซึ่งของต้นไม้สองต้นจะดีกว่า corroborated โดยสายอื่น ๆของหลักฐาน ประการที่สี่ไม่ตระหนี่สูงสุด ( MP ) หรือความน่าจะเป็นสูงสุด ( มิลลิลิตร ) เป็นตัวแทนของวิธีการที่ดีขึ้นของอักขระช่องว่าง หรือทำทั้งสองวิธีทําในทํานองเดียวกัน ? ในที่สุด , วิเคราะห์หลักฐานทั้งหมดที่รวมช่องว่างและข้อมูลลำดับเบสที่เหนือกว่าบุคคลวิเคราะห์ข้อมูลประเภทใด ?เราคาดหวังว่าคำตอบสำหรับคำถามเหล่านี้ให้ลึกลงไป ซึ่งประโยชน์ของอักขระช่องว่างที่ส่วนใหญ่จะขึ้นอยู่กับ indels ในรหัสภูมิภาคไม่