Possible existence of the peg opero

Possible existence of the peg operon in other
bacteria
PCR with genomic DNA from other PEG degraders,
Sphingomonas sp. strains K1 and N6 (Kawai & Takeuchi,
1996), gave specifically amplified bands of peg genes (data
not shown, and pegF not tested). The 16S rDNA sequences
of these two strains were most homologous to that of S.
macrogoltabida. Subsequently, in databases, we found PEGDH
homologues, which included a (PEG-DH-like) putative
alcohol dehydrogenase from Rhodopseudomonas palustris
strain CGA009 (accession no. NC_005296), an oxidoreductase
from Bradyrhizobium japonicum (BA000040), a
dehydrogenase from Mesorhizobium loti (BA000012), an
alcohol dehydrogenase from P. putida (AB100375) and a
GMC family oxidoreductase from Silicibacter pomeroyi
(NC_003911). Comparison of the surrounding regions of
the above homologues with those of the peg operon
suggested that there was no structure in the reported
sequences that was similar to those of the five PEG-utilizing
sphingomonads. These results suggested that, at present, the
peg operon may only be found in strains of S. terrae, S.
macrogoltabida and their close relatives. These species are
taxonomically close, based on their 16S rDNA sequences,
and form a cluster with Sphingopyxis alaskensis and
Sphingopyxis taejonensis (Yabuuchi et al., 2002). A survey
of the distribution of the peg operon among sphingomonads
will provide a key to understand the evolutionary
organization of the operon and the host range of the large
plasmids that contain the peg operon.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ดำรงอยู่ได้ของ operon ตรึงในที่อื่น ๆแบคทีเรียPCR กับ genomic DNA จาก degraders อื่น ๆ PEGSphingomonas sp.สายพันธุ์ K1 และ N6 (Kawai และสแมน1996), ให้ตรึงยีน (ข้อมูลเฉพาะเอาต์วงไม่แสดง และ pegF ไม่ทดสอบ) ลำดับ rDNA 16Sของสายพันธุ์ที่สองเหล่านี้ถูกสุด homologous กับ s ได้macrogoltabida ในเวลาต่อมา ในฐานข้อมูล เราพบ PEGDHhomologues ซึ่งรวมตัว (PEG DH-เหมือน) putativedehydrogenase แอลกอฮอล์จาก Rhodopseudomonas palustrisสายพันธุ์ CGA009 (ทะเบียนไม่ NC_005296), เป็น oxidoreductaseจาก Bradyrhizobium japonicum (BA000040), การdehydrogenase จาก loti Mesorhizobium (BA000012), การdehydrogenase แอลกอฮอล์จาก P. putida (AB100375) และจีเอ็ม oxidoreductase ครอบครัวจาก Silicibacter pomeroyi(NC_003911) การเปรียบเทียบรอบแคว้นhomologues ข้างบนกับของ operon ตรึงแนะนำว่า มีโครงสร้างไม่มีในรายงานลำดับที่ใกล้เคียงกับห้า PEG-ใช้sphingomonads ผลลัพธ์เหล่านี้แนะนำในปัจจุบัน ที่ตรึง operon อาจจะพบเฉพาะในสายพันธุ์ S. terrae, S.macrogoltabida และญาติใกล้ชิด พันธุ์เหล่านี้ได้ตามลำดับของ 16S rDNA, taxonomically ปิดและฟอร์มคลัสเตอร์กับ Sphingopyxis alaskensis และSphingopyxis taejonensis (Yabuuchi et al., 2002) การสำรวจการกระจายของ operon ตรึงระหว่าง sphingomonadsจะให้คีย์เข้าใจการวิวัฒนาการองค์กรของ operon ในช่วงโฮสต์ของขนาดใหญ่plasmids ที่ประกอบด้วย operon ตรึง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ชีวิตที่เป็นไปได้ของ PEG โอเปอรอนๆ

ตรวจดีเอ็นเอจากแบคทีเรียที่มีความสามารถในการย่อยสลายหมุด อื่น ๆ ,
sphingomonas sp . สายพันธุ์ K1 n6 ( คาวาอิ และ&ทาเคอุจิ
, 1996 ) ให้เฉพาะขยายวงของ PEG ยีน ( ข้อมูล
ไม่แสดง และ pegf ไม่ได้ทดสอบ ) ช่วง 16S rDNA ลำดับ
ของทั้งสองสายพันธุ์ ส่วนใหญ่คล้ายคลึงกันว่า S .
macrogoltabida . ต่อมา , ในฐานข้อมูล ที่เราพบใน pegdh
,ซึ่งรวม ( PEG DH ชอบ ) ยาถ่ายการแสดงออกจาก rhodopseudomonas palustris

เครียด cga009 ( หนังสือไม่ nc_005296 ) , อ ซิโดรีดักเทส
จากถั่วเหลืองการ ( ba000040 ) ,
mesorhizobium โลทิเนสจาก ( ba000012 ) ,
ยาถ่ายจาก P.putida ( ab100375 ) และ
GMC อ ซิโดรีดักเทสจากครอบครัว silicibacter pomeroyi
( nc_003911 )การเปรียบเทียบขอบเขตโดยรอบของ
ในข้างต้นนั้นตรึงโอเปอรอน
แนะนำว่าไม่มีโครงสร้างในรายงาน
ลำดับที่คล้ายกับบรรดาของห้าหมุดใช้
sphingomonads . ผลลัพธ์เหล่านี้ชี้ให้เห็นว่า ปัจจุบัน
ตรึงโอเปอรอนอาจจะพบในสายพันธุ์ของเอสเทอเร , S .
macrogoltabida และญาติใกล้ชิดของพวกเขา ชนิดเหล่านี้
taxonomically ปิดบนพื้นฐาน 16S rDNA ดับ
และรูปแบบคลัสเตอร์กับ sphingopyxis alaskensis และ
sphingopyxis taejonensis ( ยาบุอุชิ et al . , 2002 ) การสำรวจ
ของการกระจายตัวของหมุดโอเปอรอนของ sphingomonads
จะให้คีย์เข้าใจองค์กรวิวัฒนาการ
ของโอเปอรอนและผู้ดำเนินรายการช่วงขนาดใหญ่ของ
พลาสมิดที่ประกอบด้วยหมุดโอเปอรอน .