This showed Ru-Cl of 2.72 A, Ru-O(a

This showed Ru-Cl of 2.72 A, Ru-O(anionic) 2.158 A, Ru-O(carbonyl) 2.250 A, and Ru-centroid 2.028 A; potential energy was -7.9 kcal/mol, electrostatic energy, -85.6 kcal/mol, and vdW energy 11.0 kcal/mol. The same constraints were applied to the standard dynamic cascade protocol shown in Supporting Information Figure S2. Conditions were set as follows: a first minimization used the Steepest Descent algorithm with 500 steps and rms gradient tolerance of 0.1. A second minimization used a Conjugate Gradient alogorithm of 500 steps and rms gradient of 0.0001. The heating process used 100000 steps of time step 0.001, initial temperature was 50K, and target temperature was 300K. The equilibration process used 10000 steps with time step 0.001 and target temperature of 300K. The production process was of 500000 steps, equivalent to 0.5 ns, with time step 0.001 and target temperature of 300K; the production stage was carried out under an NVT setting, which is a constant temperature dynamics using Berendsen weak coupling method. The simulation used a distancedependent dielectrics with a dielectric constant of 4; all other parameters were default conditions. Supporting Information Figure S3 shows conformation no. 60, which has the lowest energy. A similar standard dynamic cascade was performed for the receptor having more flexibility: (1) DNA with all bases free, excepted both terminal pairs, and all phosphate and ribose fixed; (2) Ru(ll)cation; (3) Ru-centroid distance restraint with force constant (100 kcal/(mol.A)) and threshold (1.90A) ; (4) Ru-cucuminato chelate, harmonic restraint, best-fit, force constant (10 kcal/(mol.A)), with one O atom negatively charged (anion) and the other as a carbonyl; (5) Cl as an anion taken out of the coordination sphere (Ru---Cl = 8.9 A). Supporting Information Figure S4 shows the pattern of potential energy vs conformation. We selected conformer no. 155 as a good candidate for further study, Supporting Information Figure S5. Its minimized structure (Figure 6) shows a good approach of Ru to N7 (guanine)(2.824A). Comparing Supporting Information Figure S5 with Supporting Information Figure S3 one can see that one H-bond between bases is lost, in the former, due to the greater flexibility imposed.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

นี้พบ Ru-Cl ของ 2.72 A, A Ru-O(anionic) 2.158, A Ru-O(carbonyl) 2.250 และ Ru-เซนทรอยด์ 2.028 A พลังงานศักย์ถูก-7.9 กิโลแคลอรี/โมล พลังงานไฟฟ้า -85.6 กิโลแคลอรี/โมล และ vdW พลังงาน 11.0 กิโลแคลอรี/โมล ข้อจำกัดเดียวกันถูกนำไปใช้เพื่อให้แสดงใน S2 รูปข้อมูลที่สนับสนุนการเรียงซ้อนแบบไดนามิกที่มาตรฐาน ตั้งเงื่อนไขเป็นดังนี้: มาตรการแรกใช้อัลกอริทึมความชันโคตรตอน 500 และ rms 0.1 ไล่ระดับค่าเผื่อ ลดสองใช้ alogorithm สังยุคไล่ระดับ 500 ตอนและไล่ rms ของ 0.0001 กระบวนการความร้อนใช้ตอน 100000 ของขั้นตอนเวลา 0.001 อุณหภูมิเริ่มต้น 50K และเป้าหมายอุณหภูมิ 300K การ equilibration ใช้ 10000 ตอนขั้นตอนเวลา 0.001 และเป้าหมาย 300K กระบวนการผลิตเป็นขั้นตอน 500000 เทียบเท่ากับ 0.5 ns ขั้นตอนเวลา 0.001 และเป้าหมายอุณหภูมิ 300K ขั้นตอนการผลิตถูกดำเนินการภายใต้การตั้งค่า NVT ซึ่งคงที่อุณหภูมิ dynamics Berendsen อ่อนแอปรับวิธีการใช้ การจำลองใช้ distancedependent dielectrics คงเป็นฉนวนของ 4 พารามิเตอร์อื่น ๆ ทั้งหมดถูกเงื่อนไขเริ่มต้น สนับสนุนข้อมูลรูป S3 แสดงรูปแบบหมายเลข 60 ซึ่งมีพลังงานต่ำสุด ดำเนินการเรียงซ้อนแบบไดนามิกมาตรฐานคล้ายกันสำหรับตัวรับที่มีความยืดหยุ่น: ดีเอ็นเอ (1) กับฐานฟรี ทั้งหมดได้ยกเว้นได้ทั้งขั้ว คู่ และทั้งหมดฟอสเฟต และน้ำตาลคงที่ (2) ไอออน Ru (ll) (3) สำหรับระยะทาง Ru-เซนทรอยด์ ด้วยแรงคง (100 kcal /(mol. A)) และขีดจำกัด (1.90A); (4) Ru-cucuminato แอซิด ค่าเก้าอี้ พอดี แรงคง (10 kcal /(mol. A)), หนึ่ง O อะตอมประจุ (ไอออน) และอื่น ๆ เป็น carbonyl (5) Cl เป็นไอออนที่มาจากทรงประสาน (Ru-Cl = 8.9 A) สนับสนุนข้อมูลรูป S4 แสดงรูปแบบของโครงสร้างเทียบกับพลังงานศักย์ เราสามารถเลือก conformer หมายเลข 155 เป็นการผ่าตัดเพื่อการศึกษา สนับสนุนข้อมูลรูป S5 โครงสร้างย่อ (รูป 6) แสดงวิธีการที่ดีของ Ru การ N7 (guanine)(2.824A) เปรียบเทียบการสนับสนุนข้อมูลรูป S5 กับ S3 รูปข้อมูลที่สนับสนุนหนึ่งสามารถดูว่า H พันธะหนึ่งระหว่างฐานหาย ในอดีต เนื่องจากความยืดหยุ่นที่กำหนด

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

นี้แสดงให้เห็น RU-Cl 2.72 A, RU-O (ประจุลบ) 2.158 A, RU-O (นิล) 2.250 A, และ RU-เซน 2.028; พลังงานที่มีศักยภาพเป็น -7.9 kcal / mol พลังงานไฟฟ้าสถิต -85.6 kcal / mol และ VDW พลังงาน 11.0 กิโลแคลอรี / mol ข้อ จำกัด เดียวกันถูกนำไปใช้โปรโตคอลมาตรฐานน้ำตกแบบไดนามิกที่แสดงในรูปที่สนับสนุนข้อมูล S2 เงื่อนไขที่กำหนดดังนี้ลดครั้งแรกที่ใช้อัลกอริทึมลาดชันโคตร 500 ขั้นตอนและความอดทน RMS ลาด 0.1 ลดสองใช้ Conjugate ไล่โทนสี alogorithm 500 ขั้นตอนและ RMS ลาด 0.0001 กระบวนการให้ความร้อนที่ใช้ 100000 ขั้นตอนขั้นตอนของเวลา 0.001 อุณหภูมิเริ่มต้น 50K และอุณหภูมิเป้าหมายเป็น 300K กระบวนการที่ใช้ในการปรับสมดุล 10000 ขั้นตอนขั้นตอนที่มีเวลา 0.001 และเป้าหมายอุณหภูมิ 300K ขั้นตอนการผลิตเป็น 500,000 ขั้นตอนเทียบเท่ากับ 0.5 NS ด้วยเวลา 0.001 ขั้นตอนและอุณหภูมิเป้าหมายของ 300K; ขั้นตอนการผลิตได้ดำเนินการภายใต้การตั้งค่า NVT ซึ่งเป็นการเปลี่ยนแปลงอุณหภูมิคงใช้วิธีการมีเพศสัมพันธ์ Berendsen อ่อนแอ การจำลองการใช้ dielectrics distancedependent กับฉนวนคงที่ 4; พารามิเตอร์อื่น ๆ ทุกคนเริ่มต้นเงื่อนไข ข้อมูลสนับสนุนรูป S3 แสดงให้เห็นว่าไม่มีโครงสร้าง 60 ซึ่งมีพลังงานต่ำสุด คล้ายน้ำตกแบบไดนามิกมาตรฐานที่ได้ดำเนินการสำหรับรับมีความยืดหยุ่นมากขึ้น (1) ดีเอ็นเอที่มีฐานฟรีทั้งหมดยกเว้นคู่ Terminal และฟอสเฟตและน้ำตาลคงที่; (2) Ru (LL) ไอออนบวก; (3) RU-เซนยับยั้งชั่งใจระยะทางด้วยแรงคงที่ (100 kcal / (mol.A)) และเกณฑ์ (1.90A); (4) RU-cucuminato ก้ามปูยับยั้งชั่งใจประสานที่ดีที่สุดพอดีบังคับให้คงที่ (10 กิโลแคลอรี / (mol.A)) กับหนึ่ง O อะตอมที่มีประจุลบ (ประจุลบ) และอื่น ๆ เช่นคาร์บอนิลนั้น (5) Cl เป็นไอออนนำออกมาจากรูปทรงกลมประสานงาน (Ru --- Cl = 8.9 A) ข้อมูลสนับสนุนรูป S4 แสดงให้เห็นรูปแบบของพลังงานที่มีศักยภาพ VS โครงสร้าง เราเลือกไม่ conformer 155 เป็นผู้สมัครที่ดีสำหรับการศึกษาต่อการสนับสนุนข้อมูลรูป S5 โครงสร้างของมันลดลง (รูปที่ 6) แสดงให้เห็นถึงวิธีการที่ดีในการที่จะ Ru N7 (guanine) (2.824A) เปรียบเทียบข้อมูลสนับสนุนรูป S5 กับข้อมูลสนับสนุนรูป S3 หนึ่งจะเห็นว่าหนึ่ง H-ผูกพันระหว่างฐานจะหายไปในอดีตเนื่องจากการกำหนดความยืดหยุ่นมากขึ้น

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

พบรู CL ของ 2.72 , ru-o ( ประจุลบ ) 2.158 , ru-o ( ทั้งสอง ) และ 2.250 , รุ เซนทรอยด์ 2.028 ; ศักยภาพพลังงาน - 7.9 ต่อโมล ไฟฟ้าสถิต พลังงาน , - การทดลอง kcal / mol และ 11.0 kcal / mol VDW พลังงานปัญหาเดียวกันเพื่อใช้มาตรฐานโปรโตคอลแบบไดนามิกน้ำตกสนับสนุนข้อมูลที่แสดงในรูปที่ S2 . เงื่อนไขที่กำหนดดังนี้ : การใช้ขั้นตอนวิธีที่มีเชื้อสายสูงชันขั้นตอน 500 และ RMS ไล่ระดับความอดทนของ 0.1 มีการใช้สีที่สองคือ alogorithm ขั้นตอน 500 และค่าความลาดชัน 2 . กระบวนการใช้ความร้อน 100000 ขั้นตอนของขั้นตอนเวลา 0.001 , อุณหภูมิเริ่มต้น 50k และอุณหภูมิเป้าหมาย 300 , 000 เยน กระบวนการ equilibration ใช้ 10 , 000 ขั้นตอนด้วยขั้นตอนเวลา 0.001 และอุณหภูมิเป้าหมายของ 300K กระบวนการผลิตเป็น 500000 ก้าว เท่ากับ 0.5 NS ด้วยขั้นตอนเวลา 0.001 และเป้าหมายที่อุณหภูมิ 300 ; ขั้นตอนการผลิต ได้ดำเนินการภายใต้การตั้งค่า nvt ซึ่งเป็นอุณหภูมิคงที่แบบอ่อน berendsen พลศาสตร์โดยใช้วิธี การใช้ distancedependent ไดด้วยค่าไดอิเล็กทริกของ 4 ; พารามิเตอร์อื่น ๆทั้งหมดเป็นเงื่อนไขเริ่มต้น สนับสนุนข้อมูลรูป S3 แสดงโครงสร้างไม่ 60 ซึ่งมีพลังงานต่ำสุด คล้ายกับมาตรฐานแบบไดนามิกน้ำตกแสดงสำหรับตัวรับมีความยืดหยุ่นมากขึ้น ( 1 ) ดีเอ็นเอกับฐานทั้งหมดฟรี ยกเว้นทั้งสองขั้วคู่ และฟอสเฟต และหน้าตัวเมียคงที่ ; ( 2 ) รู ( ll ) แลกเปลี่ยน ( 3 ) รูเซนทรอยด์ระยะทางความยับยั้งชั่งใจคงที่บังคับ ( 100 kcal / ( mol.a ) ) และเกณฑ์ ( 1.90a ) ; ( 4 ) เกม cucuminato คีเลตฮาร์โมนิได้พอดี คงบังคับ ( 10 กิโลแคลอรี่ / ( mol.a ) กับ O อะตอมประจุลบ ( Anion ) และอื่น ๆ เป็นคาร์บอนิล ( 5 ) CL เป็นประจุลบมาจากการประสานงานทรงกลม ( RU --- C1 = 8.9 เป็น ) ข้อมูลสนับสนุนรูปแบบโครงสร้าง vs S4 แสดงพลังงานศักย์ เราเลือกสอดคล้องไม่ ในฐานะผู้สมัครที่ดีสำหรับการศึกษาเพิ่มเติม สนับสนุน S5 รูปข้อมูล โครงสร้างของระบบ ( รูปที่ 6 ) แสดงให้เห็นว่าเป็นวิธีที่ดีที่จะ N7 ( กัวนีน ) ( 2.824a ) เปรียบเทียบข้อมูลกับข้อมูลสนับสนุนสนับสนุน S5 รูปรูป S3 หนึ่งสามารถดูว่าหนึ่ง h-bond ระหว่างฐานหายไป ในอดีต เนื่องจากการยืดหยุ่นกำหนด