■ HOW MOLCALC WORKSMolCalc is split

■ HOW MOLCALC WORKS

MolCalc is split into two steps: building the molecule and calculating molecule properties. The editor is centered around



the JSmol4 plugin, which is a new JavaScript version of the popular Jmol5 visualization program that, unlike Jmol, works on a broad range of devices without the use of Java, such as the iPhone and iPad. Different starting structures are provided, as well as the possibility to search for other structures using common names or SMILES.6 The Chemical Identifier Resolver is used for searching and naming of structures.7 The editor interface is based on a point-and-click approach with a clear intuitive workflow, as seen in Figure 1. JSmol is used for all molecule modifications as well as structure minimization using the MMFF force field.8

In the Molecule Calculator page, the structure is reoptimized at the PM3 level of theory9 for a maximum of 50 steps, using the GAMESS program.10 After the minimization, the student is presented with the PM3 minimized structure and the different calculation types. The PM3 structure can then be used to compute the heat of formation and other thermodynamic properties, vibrational frequencies and normal modes at the PM3 level of theory, or the molecular orbitals and orbital energies using the RHF/STO-3G level of theory. PM3 reproduces experimental heats of formation with an average error of 7.8 kcal/mol.11 Thus, heats of formation of elements in their standard state can be significantly difference from zero. Vibrational frequencies computed with PM3 have errors of ca. 160 cm−1.12 These cal-culations are also performed with the GAMESS program. OpenBabel13 is used to manage input and coordinate files.

To ensure a fast turnaround, MolCalc allows calculations on (closed shell) molecules with only doubly occupied molecular orbitals and with less than 11 non-hydrogen atoms. Only elements

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

■วิธีการทำงานของ MOLCALC MolCalc ถูกแบ่งออกเป็นสองขั้นตอน: ปลั๊กอิน Jmol5 นิยมที่ซึ่งแตกต่างจาก Jmol ที่ทำงานบนอุปกรณ์โดยใช้ Java, iPhone และ iPad ที่หลากหลายโครงสร้างเริ่มต้น Di ff erent มี ๆ ที่ใช้ชื่อหรือใช้สำหรับค้นหา และคลิกับลำดับล้างง่าย 1 รูปใน structures.7 SMILES.6 เดอะเคมีรหัสตัวJSmol field.8 แรง MMFFในโมเลกุลเครื่องคิดเลขโครงสร้างเป็น reoptimized ที่ theory9 สำหรับขั้นตอน 50 ใช้ GAMESS program.10 หลังจากที่การลดระดับ PM3 นักเรียนนำเสนอโครงสร้าง PM3 ย่อและชนิดการคำนวณดิ ff erent แล้วสามารถใช้โครงสร้าง PM3 เพื่อคำนวณความร้อนที่ก่อตัวและอื่น ๆ คุณสมบัติทางอุณหพลศาสตร์ความถี่การสั่นและโหมดปกติที่ระดับ PM3 ทฤษฎีหรือโมเลกุล orbitals RHF / สโต - 3G เหล็กเส้น 7.8 กิโลแคลอรี / mol.11 ดังนี้คม PM3 ร้อน ดิ ff จากการตั้งศูนย์ความถี่ในการคำนวณด้วย PM3 สั่นมีข้อผิดพลาดของ ca-160 เซนติเมตร 1.12 culations cal เหล่านี้ยังดำเนินการกับโปรแกรม GAMESS OpenBabel13 ถูกใช้เพื่อจัดการแฟ้มป้อนข้อมูลและประสานงานเพื่อให้แน่ใจว่าการเปลี่ยนแปลงอย่างรวดเร็ว MolCalc ช่วยให้การคำนวณ (ปิดเปลือก) โมเลกุลที่มีครอบครองเพียงทวีคูณ orbitals โมเลกุลและมีน้อยกว่า 11 อะตอมไฮโดรเจนไม่เพียงองค์ประกอบ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

■วิธี MOLCALC WORKS MolCalc JSmol4 ซึ่งเป็นรุ่นที่ใช้งาน JavaScript ใหม่ของโปรแกรมการสร้างภาพ Jmol5 นิยมที่แตกต่างจาก Jmol, Java เช่น iPhone และ iPad Di ff โครงสร้างเริ่มต้น erent ๆ โดยใช้ชื่อสามัญหรือ SMILES.6 เคมี Identifier Resolver structures.7 1 JSmol MMFF reoptimized ในระดับ PM3 ของ theory9 สูงสุด 50 ขั้นตอนโดยใช้ program.10 GAMESS PM3 และดิ ff erent ประเภทการคำนวณโครงสร้าง PM3 ๆ ความถี่การสั่นและโหมดปกติที่ระดับ PM3 ของทฤษฎีหรือโมเลกุล orbitals และพลังงานโคจรใช้ RHF / ขืน -3G ระดับของทฤษฎีPM3 7.8 กิโลแคลอรี / mol.11 ff PM3 มีข้อผิดพลาดของรัฐแคลิฟอร์เนีย160 เซนติเมตร -1.12 เหล่านี้ culations-cal จะดำเนินการยังมีโปรแกรม GAMESS OpenBabel13 MolCalc ช่วยให้การคำนวณ (ปิดเปลือก) โมเลกุลที่มีครอบครองเพียงทวีคูณ orbitals โมเลกุลและมีน้อยกว่า 11 อะตอมไฮโดรเจนไม่เพียงองค์ประกอบ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

■ว่า molcalc ทำงานmolcalc แบ่งออกเป็นสองขั้นตอน: บรรณาธิการเป็นศูนย์กลางรอบjsmol4 ปลั๊กอินซึ่งเป็นรุ่น JavaScript ใหม่ที่นิยม jmol5 แสดงโปรแกรมที่ไม่เหมือน jmol จาวาเช่น iPhone และ iPad ดิ ff erent





ๆ ที่ใช้ชื่อสามัญหรือรอยยิ้ม 6 เคมี 7 ชัดเจนดังที่เห็นในรูปที่ 1 jsmol mmff บังคับเขต 8 .

ในโมเลกุลเครื่องคิดเลขหน้าโครงสร้างเป็น reoptimized ที่ PM3 ระดับ theory9 สำหรับไม่เกิน 50 ก้าวใช้ program.10 GAMESS หลังจากการนักเรียนได้เสนอกับ PM3 ลดโครงสร้างและดิ ff การคำนวณ erent ประเภทโครงสร้าง PM3 PM3 ทฤษฎีออร์บิทัลเชิงโมเลกุลและโคจรพลังหรือใช้ RHF / ขืน-3g ระดับของทฤษฎี PM3 ผลิตซ้ำ 7.8 กิโลแคลอรี่ / mol.11 ดังนั้น ดิ ff การตั้ง PM3 มีข้อผิดพลาดของประมาณ 160 ซม. - 1.12 culations แคลเหล่านี้ยังดำเนินการกับโปรแกรม GAMESS openbabel13 molcalc ช่วยให้การคํานวณ (เชลล์ปิด) 11 ไม่มีไฮโดรเจนอะตอมองค์ประกอบเท่านั้น