Thereal-time quantitative PCR was p

The
real-time quantitative PCR was performed using the
ABI 7900 real-time PCR system (Applied Biosystems,
Foster City, CA), with fluorescence detection of SYBR
Green dye. Amplification consisted of 1 cycle of 50°C
for 2 min and 95°C for 2 min for initial denaturalization,
followed by 40 cycles of 95°C for 15 s and 60°C
for 60 s. Detection of the fluorescent product was set at
the last step of each cycle. To determine the specificity
of amplification, analysis of product melting was
conducted after each amplification. The melting curve
was obtained by slow heating with a 0.1°C/s increment
from 60°C to 95°C, with fluorescence collection at 0.1°C
intervals. Amplification efficiencies for each primer
pairs were investigated by examining dilution series of
total rumen microbial DNA template on the same plate
in triplicate (methanogens 100.32%, protozoa 95.73%,
fungi 96.83%, R. albus 93.23%, R. flavefaciens 89.37%,
and F. succinogenes 90.34%). The populations of methanogens,
protozoa, fungi, R. albus, R. flavefaciens, and
F. succinogenes were expressed as a proportion of total
rumen bacterial 16S rDNA.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ที่ทำ PCR จริงเชิงปริมาณโดยใช้การระบบ PCR แบบเรียลไทม์ ABI 7900 (Biosystems ใช้ฟอสเตอร์ซิตี้ CA), กับตรวจ fluorescence SYBRย้อมสีเขียว ขยายประกอบด้วยวงจร 1 50 องศาเซลเซียส95° C สำหรับ 2 นาทีสำหรับ denaturalization เริ่มต้น และ 2 นาทีตามวงจรของ 95° C 40 s และ 60° C 15ผลิตภัณฑ์เรืองแสง 60 ตรวจ s ได้ถูกตั้งค่าที่ขั้นตอนสุดท้ายของแต่ละรอบ กำหนด specificity ที่ของขยาย วิเคราะห์ผลิตภัณฑ์ละลายได้ดำเนินหลังจากขยายแต่ละ โค้งละลายกล่าว โดยความร้อนช้ากับเพิ่ม 0.1° C/s60° c ถึง° C 95 กับคอลเลกชัน fluorescence ที่ 0.1° Cช่วงเวลานั้น ขยายประสิทธิภาพสำหรับแต่ละพื้นคู่ถูกตรวจสอบ โดยการตรวจสอบลำดับการเจือจางของรวมต่อจุลินทรีย์ดีเอ็นเอต้นแบบในแผ่นเดียวกันใน triplicate (methanogens 100.32% โพรโทซัว 95.73%เชื้อรา 96.83% ไหลนาอาร์ 93.23%, R. flavefaciens 89.37%และ F. succinogenes 90.34%) ประชากรของ methanogensโพรโทซัว เชื้อรา ไหลนาอาร์ R. flavefaciens และF. succinogenes ถูกแสดงเป็นสัดส่วนของผลรวมต่อแบคทีเรีย 16S rDNA

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

real-time PCR เชิงปริมาณที่ได้ดำเนินการโดยใช้
ABI 7900 แบบ real-time PCR ระบบ (Applied Biosystems,
ฟอสเตอร์ซิตี้, CA) มีการตรวจสอบการเรืองแสงของ SYBR
ย้อมสีเขียว ขยายประกอบด้วย 1 วงจรของ 50 ° C
เป็นเวลา 2 นาทีและ 95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 2 นาทีสำหรับ denaturalization เริ่มต้น
ตามด้วย 40 รอบ 95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 15 วินาทีและ 60 องศาเซลเซียส
เป็นเวลา 60 วินาที การตรวจสอบของผลิตภัณฑ์ฟลูออเรตั้งอยู่ที่
ขั้นตอนสุดท้ายของแต่ละรอบ การตรวจสอบความจำเพาะ
ของการขยายการวิเคราะห์ของการละลายผลิตภัณฑ์ได้รับการ
ดำเนินการหลังจากที่ขยายแต่ละ โค้งละลาย
ได้ด้วยความร้อนช้ากับ 0.1 ° C / วินาทีเพิ่มขึ้น
จาก 60 ° C ถึง 95 ° C, คอลเลกชันที่มีการเรืองแสงที่ 0.1 ° C
ช่วงเวลา ประสิทธิภาพในการขยายสำหรับแต่ละไพร
คู่ถูกตรวจสอบโดยการตรวจสอบชุดลดสัดส่วนของ
ดีเอ็นเอของจุลินทรีย์ทั้งหมดกระเพาะแม่แบบในจานเดียวกัน
ในเพิ่มขึ้นสามเท่า (100.32% มีเทนโปรโตซัว 95.73%,
96.83% เชื้อราอาร์สีขาว 93.23%, อาร์ flavefaciens 89.37%
และ F. succinogenes 90.34%) ประชากรของแบคทีเรียสร้างมีเทน,
โปรโตซัวเชื้อราอาร์อัลบัส, อาร์ flavefaciens และ
เอฟ succinogenes ถูกแสดงเป็นสัดส่วนจากทั้งหมด
แบคทีเรียในกระเพาะรูเมน 16S rDNA

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เทคนิคเชิงปริมาณแบบเรียลไทม์ได้

ABI 7900 PCR แบบเรียลไทม์ โดยใช้ระบบ ( Applied Biosystems
, Foster City , CA ) กับการตรวจหา SYBR
สีเขียวย้อม จำนวน 1 วงจรขยายเสียง 50 ° C
2 นาที 95 องศา C เป็นเวลา 2 นาทีเพื่อเริ่มต้น denaturalization
, ตามด้วย 40 รอบ 95 องศา C เป็นเวลา 15 วินาทีและ 60 ° C
60 s . ตรวจสอบผลิตภัณฑ์เรืองแสงถูกตั้งค่าที่
ขั้นตอนสุดท้ายของแต่ละรอบ เพื่อศึกษาความจำเพาะของการหลอม (
, การวิเคราะห์ผลิตภัณฑ์
ดำเนินการหลังจากที่แต่ละแบบ . ละลายโค้ง
ได้โดยความร้อนช้าด้วย 0.1 องศา C / S เพิ่มจาก 60 ° C
95 องศา C , กับคอลเลกชันที่ 0.1 องศา C
เรืองๆ การเพิ่มประสิทธิภาพสำหรับแต่ละคู่ได้ด้วยการรองพื้น

( ชุดรวมอาหารจุลินทรีย์ดีเอ็นเอแม่แบบบน
แผ่นเดียวกันทั้งสามใบ ( สร้างมีเทน 100.32 บาท ( 95.73 %
เชื้อรา XX.XX% , R อัลบัส 93.23 % R . flavefaciens 89.37 %
% F succinogenes และ 90.34 ) ประชากรที่สร้างมีเทน
, โปรโตซัว เชื้อรา อาร์ อัลบัส , R flavefaciens และ
F . succinogenes ถูกแสดงเป็นสัดส่วนรวม
อาหารแบคทีเรีย 16S rDNA .