หมู่เกาะสุรินทร์มีสภาพที่กำบังคลื่นลมทั้งสองฤดู เนื่องจากเกาะวางตัวอยู่เป็นกลุ่มและมีอ่าวขนาดใหญ่ ทำให้เกิดแนวปะการังริมฝั่งอยู่รอบเกาะสุรินทร์เหนือ เกาะสุรินทร์ใต้ และเกาะบริวาร นอกเหนือจากการรับอิทธิพลจากคลื่นลม สภาพแวดล้อมทางสมุทรศาสตร์ของบริเวณหมู่เกาะเหล่านี้เป็นสภาพแวดล้อมที่เหมาะต่อการพัฒนาของแนวปะการัง คือ น้ำใส อุณหภูมิพอเหมาะ และมีการผสมผสานของน้ำที่ได้รับสารอาหารจากมวลน้ำเบื้องล่างที่ปะทะเกาะ ความอุดมสมบูรณ์ของแพลงก์ตอน ซึ่งเป็นอาหารสำหรับปลาและสัตว์อื่นๆ ปัจจัยทางสมุทรศาสตร์ที่สำคัญอีกประการหนึ่งคือ ลักษณะของน้ำขึ้นน้ำลงในทะเลอันดามัน ซึ่งเป็นแบบ Semidiurnal คือ น้ำขึ้นและน้ำลงอย่างละ 2 ครั้ง ใน 24 ชั่วโมง และความแตกต่างระหว่างน้ำขึ้นสูงสุดและต่ำสุดอาจถึง 3 เมตร ทำให้มีกระแสน้ำเลียบฝั่งค่อนข้างแรง
เกาะสุรินทร์เหนือ และเกาะสุรินทร์ใต้ ตั้งอยู่ชิดกันคล้ายเกาะแฝด โดยมีพื้นน้ำตื้นๆ กว้างประมาณ 200 เมตร กั้นอยู่ ในช่วงน้ำลงสามารถข้ามไปยังอีกเกาะได้ เรียกว่า อ่าวช่องขาด ส่วนเกาะขนาดเล็กอีกสามเกาะเป็นเกาะหินที่มีต้นไม้แคระแกร็นขึ้นอยู่ไม่หนาแน่นนัก พืชพรรณที่พบเป็นพืชป่าดิบชื้น เป็นแหล่งกำเนิดของแนวปะการังน้ำตื้นขนาดใหญ่และสมบูรณ์ที่สุดแห่งหนึ่งของประเทศไทย
หมู่เกาะสุรินทร์สามารถแบ่งฤดูกาลออกได้เป็น 2 ฤดู ได้แก่ ฤดูร้อน เริ่มตั้งแต่กลางเดือนกุมภาพันธ์ถึงกลางเดือนพฤษภาคม ฤดูฝนเริ่มตั้งแต่กลางเดือนพฤษภาคมถึงเดือนตุลาคม ปริมาณฝนเฉลี่ยในแต่ละปีจะมีค่ามากกว่า 3,000 มิลลิเมตร ความชื้นสัมพัทธ์เฉลี่ยตลอดทั้งปีประมาณ 83 เปอร์เซ็นต์ ในฤดูฝนเป็นช่วงที่ได้รับอิทธิพลของลมมรสุมตะวันตกเฉียงใต้ นอกจากจะทำให้ฝนตกหนักแล้ว ท้องทะเลยังมีคลื่นลมแรง ทำให้การเดินทางไปท่องเที่ยวที่อุทยานแห่งชาติหมู่เกาะสุรินทร์ในช่วงนี้ไม่ปลอดภัยสำหรับนักท่องเที่ยว จึงกำหนดปิด-เปิดฤดูการท่องเที่ยวประจำปี ดังนี้ ปิดฤดูการท่องเที่ยว ตั้งแต่วันที่ 1 พฤษภาคม - 31 ตุลาคม ของทุกปี เปิดฤดูการท่องเที่ยว ตั้งแต่วันที่ 1 พฤศจิกายน - 30 เมษายน ของทุกปี
ค่าเข้าชม คนไทยผู้ใหญ่ 100 บาท เด็ก 50 บาท /ชาวต่างชาติผู้ใหญ่ 500 บาท เด็ก 300 บาท อัตราค่าบริการ สำหรับนักท่องเที่ยวชาวไทยลด 50 เปอร์เซ็นต์ วันจันทร์-วันศุกร์ ยกเว้นวันหยุดนักขัตฤกษ์ ตั้งแต่วันที่ 1 กรกฎาคม-31 ธันวาคม 2558 ผู้ใหญ่ 50 บาท เด็ก 25 บาท