Later for identification of the fun

Later for identification of the fungus, genomic sequencing from
paraffin blocks was conducted. This involved deparaffinization of
tissue sample performed as per the protocol described by Bialek
et al. [2], and genomic DNA extraction using the CTAB method as
described by Fraczek et al. [3]. The fungal ITS region was amplified
by PCR using Primers ITS1 and ITS4 [4] and sequenced in both
directions by dideoxy chain termination/ cycle sequencing on an
ABI 3730XL sequencing machine (Eurofins MWG Operon Ebersberg,
Germany). Sequences were compared to those available in
the CBS-KNAW Fungal Biodiversity Centre database (http://www.
cbs.knaw.nl) using the Pairwise Sequence Alignment tool. The ITS
sequence demonstrated 100% identity to Talaromyces sp. (GenBank
Accession no. JX315670, base pair match 478/478) genus. Although
the top species identity was Talaromyces stollii (GenBank Accession
no. JX965246.1, base pair match 478/478), the ITS region is inadequate
to definitively distinguish to this level.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

สำหรับการระบุเชื้อรา ลำดับเบสจาก genomic ภายหลังดำเนินการบล็อกพาราฟิน Deparaffinization นี้เกี่ยวข้องของตัวอย่างเนื้อเยื่อที่ดำเนินตามโพรโทคอลโดย Bialekal. ร้อยเอ็ด [2], และ genomic DNA สกัดโดยวิธี CTAB เป็นอธิบายโดย Fraczek et al. [3] มีขยายพื้นที่ของเชื้อราโดย PCR โดยใช้ไพรเมอร์ ITS1 และ ITS4 [4] และตามลำดับทั้งคำแนะนำ โดย dideoxy โซ่สิ้น / วงจรลำดับเบสในตัวเครื่องจัดลำดับ 3730XL ABI (Eurofins MWG Operon Ebersbergเยอรมนี) ลำดับเปรียบเทียบในฐานข้อมูลของศูนย์ความหลากหลายทางชีวภาพเชื้อรา CBS KNAW (ส่วน http://wwwcbs.knaw.nl) ใช้เครื่องมือจัดตำแหน่งลำดับ Pairwise ของลำดับแสดงตัวตน 100% Talaromyces sp. (GenBankทะเบียนไม่มี JX315670 ฐานคู่ตรงกับ 478/478) พืชสกุลนี้ ถึงแม้ว่าเอกลักษณ์ด้านพันธุ์เป็น Talaromyces stollii (ทะเบียน GenBank555 JX965246.1 ฐานคู่ตรงกับ 478/478), ภูมิภาคของจะไม่เพียงพอแยกความแตกต่างระดับนี้แน่นอน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ต่อมาเพื่อระบุตัวตนของเชื้อราลำดับจีโนมจากบล็อกพาราฟินได้ดำเนินการ deparaffinization
นี้มีส่วนร่วมของกลุ่มตัวอย่างเนื้อเยื่อดำเนินการตามโปรโตคอลอธิบายโดยBialek
et al, [2] และการสกัดดีเอ็นเอโดยใช้วิธี CTAB
เป็นอธิบายโดยFraczek et al, [3] เชื้อราภูมิภาค ITS
ถูกขยายโดยวิธีPCR โดยใช้ไพรเมอร์ ITS1 และ ITS4 [4]
และติดใจในทั้งสองทิศทางโดยการเลิกจ้างห่วงโซ่dideoxy /
ลำดับวงจรบนเครื่องABI ลำดับ 3730XL (MWG Eurofins operon Ebersberg,
เยอรมนี) ลำดับที่ถูกเมื่อเทียบกับที่มีอยู่ในฐานข้อมูลของซีบีเอส KNAW เชื้อราศูนย์ความหลากหลายทางชีวภาพ (http: // www. cbs.knaw.nl) โดยใช้เครื่องมือการจัดลำดับ Pairwise ของตนตามลำดับแสดงให้เห็นถึงตัวตน 100% เพื่อ Talaromyces SP (GenBank ภาคยานุวัติไม่มี. JX315670 การแข่งขันคู่ฐาน 478/478) สกุล แม้ว่าตัวตนของสายพันธุ์ที่ด้านบนเป็น Talaromyces stollii (GenBank ภาคยานุวัติไม่มี. JX965246.1 การแข่งขันคู่ฐาน 478/478) ภูมิภาค ITS คือไม่เพียงพอที่จะแยกแยะความแตกต่างอย่างแน่นอนในระดับนี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ต่อมาในการจำแนกชนิดของเชื้อราจีโนมลำดับจาก
พาราฟินบล็อกเป็น นี้เกี่ยวข้องกับ deparaffinization ของ
ตัวอย่างเนื้อเยื่อดำเนินการตามขั้นตอนที่อธิบายโดย bialek
et al . [ 2 ] และการสกัดดีเอ็นเอโดยใช้วิธีการที่อธิบายโดย ctab
fraczek et al . [ 3 ] ส่วนเชื้อราของภูมิภาคอื่นโดยวิธี PCR โดยใช้ primers และ
its1 its4 [ 4 ] และลำดับเบสทั้ง
เส้นทางโดยรอบ dideoxy ห่วงโซ่การจัดลำดับในการ 3730xl
ABI เครื่อง ( eurofins mwg โอเปอรอน ebersberg
, เยอรมนี ) ลำดับถูกเปรียบเทียบกับที่มีอยู่ในฐานข้อมูลความหลากหลายทางชีวภาพ ศูนย์ cbs-knaw เชื้อรา
( http : / / www .
ซีบีเอส knaw . NL ) โดยใช้คู่ลำดับตำแหน่งเครื่องมือ ลำดับของ
แสดง 100% ใคร talaromyces sp . ( ขนาดไม่ jx315670
สนธิ ,ฐานคู่ราคา 478 / 478 ) สกุล แม้ว่า
เอกลักษณ์ชนิดสุด talaromyces stollii ( ขนาดไม่เข้า
jx965246.1 คู่ฐานราคา 478 / 478 ) , ภูมิภาคไม่เพียงพอ
เพื่อแตกหักแยกถึงระดับนี้