Knowing the location of the binding

Knowing the location of the binding site before docking processes significantly increases the
docking efficiency. In many cases, the binding site is indeed known before docking ligands
into it. Also, one can obtain information about the sites by comparison of the target protein
with a family of proteins sharing a similar function or with proteins co-crystallized with
other ligands. In the absence of knowledge about the binding sites, cavity detection
programs or online servers, e.g. GRID[20, 21], POCKET [22], SurfNet [23, 24], PASS [25]
and MMC [26] can be utilized to identify putative active sites within proteins. Docking
without any assumption about the binding site is called blind docking.

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

รู้ที่ตั้งของเว็บไซต์ผูกพันก่อน docking กระบวนการอย่างมากเพิ่ม
docking ประสิทธิภาพ ในหลายกรณี เว็บไซต์ผูกพันย่อมรู้จักก่อน docking ลิแกนด์
เข้าไป นอกจากนี้หนึ่งสามารถรับข้อมูลเกี่ยวกับเว็บไซต์โดยการเปรียบเทียบเป้าหมายโปรตีน
กับครอบครัวของโปรตีนแบ่งการทำงานคล้ายกันหรือมีโปรตีน Co ตกผลึกกับ
ลิแกนด์อื่น ๆในการขาดของความรู้เกี่ยวกับเว็บไซต์ผูกพันในการตรวจสอบ
โปรแกรมหรือเซิร์ฟเวอร์ออนไลน์ เช่น ตาราง [ 20 , 21 ] กระเป๋า [ 22 ] surfnet [ 23 , 24 ] ผ่าน [ 25 ]
แล้ว MMC [ 26 ] สามารถใช้เพื่อระบุถึงการใช้งานเว็บไซต์ภายในเส้นใยโปรตีน Docking
ไม่มีข้อสมมติเกี่ยวกับเว็บไซต์ผูกพันเรียกว่าตาบอด docking .