Phylogenetic analysisEleven represe

Phylogenetic analysis

Eleven representative Penicillium spp. isolates and type isolates,
including some not previously present in the analysis by Henk
et al. (2011), were sequenced for each of the following four loci;
benA, trpC, crt1 and ITS. These isolates included P. chrysogenum
isolate strains NRRL-792 (P. rubens), NRRL-834, NRRL-841, CBS-
118871, CBS-101347, CBS-306.48 and CBS-302.67, and additionally,
closely related ancestors of the Chrysogenum complex:
Penicillium confertum (CBS-171.87), Penicillium mononematosum
(CBS-172.87) and P. flavigenum (CBS-419.89 and CBS-110409).
Alignments for the four loci were produced in MEGA 5
(Tamura et al. 2011) for a total of 217 isolate DNA sequences
including the 11 sequenced isolates and a previous set of P.
chrysogenum sequences from Henk et al. (2011) (n ¼ 206, available
from GenBank). Neighbour-joining phylogenetic trees
based on maximum likelihood distances for each locus were
produced and isolates were assigned to the four species as
described by Henk et al. (2011). These species assignmentswere

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

วิเคราะห์ phylogenetic11 พนักงาน Penicillium แยก และพิมพ์แยกบางอย่างไม่ได้รวมอยู่ก่อนหน้านี้ในการวิเคราะห์โดย Henkal. ร้อยเอ็ด (2011), ได้เรียงลำดับแต่ละ loci สี่ต่อไปนี้benA, trpC, crt1 กของ แยกเหล่านี้รวม P. chrysogenumแยกสายพันธุ์ NRRL-792 (P. รูเบนส์), NRRL-834, NRRL-841, CBS-118871, CBS 101347, CBS 306.48 และ CBS 302.67 และนอกจาก นี้บรรพบุรุษที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดของ Chrysogenum ซับซ้อน:Penicillium confertum (CBS-171.87), Penicillium mononematosum(CBS 172.87) และ P. flavigenum (CBS 419.89 และ CBS 110409)จัดแนวสำหรับ loci สี่ผลิตใน 5 เมกกะพิกเซล(Tamura et al. 2011) สำหรับผลรวมของลำดับดีเอ็นเอแยก 217วางแยกตามลำดับ 11 และชุดก่อนหน้านี้ของพีลำดับ chrysogenum จาก Henk et al. (2011) (n ¼ 206 ว่างจาก GenBank) รวมเพื่อนบ้านต้นไม้ phylogeneticตามความเป็นไปได้สูงสุดระยะทางแต่ละโลกัสโพลผลิต และแยกถูกกำหนดให้กับชนิดที่สี่เป็นอธิบายโดย Henk et al. (2011) Assignmentswere สายพันธุ์เหล่านี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

วิวัฒนาการการวิเคราะห์

11 ตัวแทน Penicillium spp . สายพันธุ์และชนิดสายพันธุ์
รวมถึงบางส่วนก่อนหน้านี้ไม่นำเสนอในการวิเคราะห์โดยแฮงก์
et al . ( 2011 ) เป็นลำดับสำหรับแต่ละต่อไปนี้สี่ตำแหน่งที่ตั้ง trpc crt1 ;
, , และ . จำนวนรวมหน้าเก๊กฮวย
แยกสายพันธุ์ nrrl-792 ( P . Rubens ) nrrl-834 nrrl-841 , CBS , -
118871 cbs-101347 cbs-306.48 cbs-302.67 , , และ ,และนอกจากนี้
อย่างใกล้ชิดเกี่ยวข้องกับบรรพบุรุษของเก๊กฮวย คอมเพล็กซ์ :
Penicillium confertum ( cbs-171.87 ) , Penicillium mononematosum
( cbs-172.87 ) และหน้า flavigenum ( cbs-419.89 และ cbs-110409 ) .
System สำหรับสี่ตำแหน่งถูกผลิตในเมกา 5
( ทามูระ et al . 2011 ) เพื่อรวม 217 แยกลำดับดีเอ็นเอ
รวมทั้งลำดับ 11 ไอโซเลทและชุดก่อนหน้านี้ของ P .
เก๊กฮวย ลำดับจากแฮงก์ et al . ( 2011 ) ( N ¼ 206 , ใช้ได้
จาก 5% ) เพื่อนบ้านร่วมต้นไม้ phylogenetic
ขึ้นอยู่กับระยะทางความควรจะเป็นสูงสุดสำหรับแต่ละตนถูก
ผลิต และไอโซเลทที่มอบหมายให้ 4 ชนิดเป็น
อธิบายโดยแฮงก์ et al . ( 2011 ) เหล่านี้ชนิด assignmentswere