Cell-specific profiling of the WUSC

Cell-specific profiling of the WUSCHEL domain of cLRP
Cell-specific expression profiling has been used to explore
gene expression within specific domains of RMs (Birnbaum et al., 2003; Brady et al., 2007; Gifford et al., 2008)
and SMs (Yadav et al., 2009), with improved sensitivity
and resolution in relating transcriptome changes to development and responses to stimuli. Although our samples
were enriched with cLRP, the relative contribution by key
cell types/domains may be insufficient to resolve key
genes, illustrated by low WUS expression values. We
therefore isolated and profiled pWUS::mGFP5-ER cells to
compare expression in the WUS domain of cLRP with the
WUS domain of established SMs.
Tissues harvested after 30 h of treatment with 2iP were
protoplasted rapidly (1 h) and cells expressing pWUS::
mGFP5-ER were isolated with a fluorescence-activated cell
sorter (FACS). Isolated RNA underwent two cycles of amplification and transcriptomes were recorded with Affymetrix
ATH1 arrays. Previous studies, using RM and SM cells,
have identified genes that respond to protoplasting with
changes in expression (Birnbaum et al., 2003; Yadav et al.,
2009), and these targets were removed from comparisons.
The mean expression value of WUS in pWUS::mGFP5-
ER cells was about sevenfold higher than the whole root,
suggesting successful enrichment for WUS-expressing
cells, but was lower than that obtained for the WUSp
domain of SAMs (Yadav et al., 2009). This latter observation was expected because the expression of transcriptional reporters for WUS only began in cLRP at this time.
Pearson correlation coefficients of 0.97–0.99 for comparisons indicate a high level of reproducibility between our
pWUS::mGFP5-ER replicates (Table S13). Lower correlation
coefficients (0.513–0.596) were found between pWUS::
mGFP5-ER cells in our experiments and those isolated by
Yadav et al. (2009). In addition to the likely differences in
expression arising from harvesting WUS-expressing cells
from different organs, low correlation values probably
reflect differing culture conditions, particularly the high
concentrations of hormones used in our experiments.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

สร้างโพรไฟล์เฉพาะเซลล์ของโดเมน WUSCHEL ของ cLRPรวบนิพจน์เฉพาะเซลล์ที่มีการใช้การสำรวจแสดงออกของยีนภายในโดเมนเฉพาะของ RMs (Birnbaum et al. 2003 เบรดี้ et al. 2007 Gifford et al. 2008)และ SMs (Yadav ร้อยเอ็ด 2009), มีความไวที่ดีขึ้นและการแก้ปัญหาใน transcriptome ที่เกี่ยวข้องเปลี่ยนแปลงพัฒนาและตอบสนองต่อสิ่งเร้า แม้ว่าตัวอย่างของเราอุดมไป ด้วย cLRP สัดส่วนสัมพัทธ์ โดยคีย์เซลล์ชนิด/โดเมนอาจไม่เพียงพอการแก้ไขคีย์ยีน แสดง โดยค่านิพจน์ WUS ต่ำ เราดังนั้น pWUS::mGFP5 ER แยก และเรื่องเซลล์เปรียบเทียบนิพจน์ในโดเมน WUS ของ cLRP กับการโดเมน WUS ของ SMs ที่จัดตั้งขึ้นเนื้อเยื่อเก็บเกี่ยวหลังจากที่สูง 30 รักษาด้วย 2iPprotoplasted อย่างรวดเร็ว (1 h) และเซลล์ที่แสดง pWUS::mGFP5 ER ได้แยกเซลล์ที่ใช้งานเรืองแสงเรียงลำดับ (FACS) RNA แยกผ่านรอบสองของการขยาย และมีบันทึก transcriptomes กับ AffymetrixATH1 อาร์เรย์ ศึกษาก่อนหน้านี้ โดยใช้เซลล์ RM และ SMมีระบุยีนที่ตอบสนองต่อ protoplasting ด้วยการเปลี่ยนแปลงในนิพจน์ (Birnbaum et al. 2003 Yadav et al.,2009), และเป้าหมายเหล่านี้ถูกนำออกจากการเปรียบเทียบค่าเฉลี่ยนิพจน์ของ WUS pWUS::mGFP5-ER เซลล์ถูกประมาณ sevenfold สูงกว่ารากทั้งหมดแนะนำการตกแต่งสำเร็จถ่ายทอด WUSเซลล์ แต่ต่ำกว่าที่ได้รับสำหรับการ WUSpโดเมนของ SAMs (Yadav et al. 2009) สังเกตหลังนี้คาดว่าเนื่องจากการแสดงออกของผู้สื่อข่าว transcriptional สำหรับ WUS เท่านั้นเริ่มต้นใน cLRP เวลานี้แสดงสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์เพียร์สันของ 0.97-0.99 สำหรับเปรียบเทียบความสามารถระหว่างระดับสูงของเราpWUS::mGFP5 ER เหมือน (ตาราง S13) สหสัมพันธ์ต่ำสัมประสิทธิ์ (0.513 – 0.596) พบระหว่าง pWUS::mGFP5 ER เซลล์ในการทดลองของเราและผู้แยกโดยYadav et al. (2009) นอกจากแนวโน้มความแตกต่างนิพจน์ที่เกิดขึ้นจากการเก็บเกี่ยวเซลล์แสดง WUSจากอวัยวะต่าง ๆ ต่ำค่าสหสัมพันธ์คงสะท้อนต่างวัฒนธรรมเงื่อนไข โดยเฉพาะอย่างยิ่งสูงความเข้มข้นของฮอร์โมนที่ใช้ในการทดลองของเรา

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โปรไฟล์ของเซลล์ที่เฉพาะเจาะจงของโดเมน WUSCHEL ของ cLRP
มือถือเฉพาะการแสดงออกโปรไฟล์ได้ถูกนำมาใช้ในการสำรวจ
การแสดงออกของยีนที่อยู่ในโดเมนที่เฉพาะเจาะจงของอาร์ (Birnbaum et al, 2003;. เบรดี้ et al, 2007;. Gifford et al, 2008.)
และ SMS (ดัฟ et al., 2009) ที่มีความไวที่ดีขึ้น
และความละเอียดในการที่เกี่ยวข้องกับการเปลี่ยนแปลงยีนกับการพัฒนาและการตอบสนองต่อสิ่งเร้า แม้ว่าตัวอย่างของเรา
ได้รับการอุดมไปด้วย cLRP ผลงานญาติโดยคีย์
เซลล์ชนิด / โดเมนอาจจะไม่เพียงพอที่จะแก้ปัญหาที่สำคัญ
ยีนแสดงโดยค่าการแสดงออก WUS ต่ำ เรา
จึงแยกและประวัติแถม :: เซลล์ mGFP5 เอ้อเพื่อ
เปรียบเทียบการแสดงออกในโดเมน WUS ของ cLRP กับ
โดเมน WUS ของ SMS ที่จัดตั้งขึ้น.
เนื้อเยื่อเก็บเกี่ยวหลังจาก 30 ชั่วโมงของการรักษาด้วย 2iP ถูก
protoplasted อย่างรวดเร็ว (1 ชั่วโมง) และแสดงเซลล์แถม: :
mGFP5 เอ้อถูกแยกด้วยเซลล์เรืองแสงเปิดใช้งาน
ตัวเรียงลำดับ (FACS) อาร์เอ็นเอบางแห่งเปลี่ยนไปสองรอบของการขยายและทรานบันทึกด้วย Affymetrix
อาร์เรย์: ath1 การศึกษาก่อนหน้าโดยใช้ RM และเซลล์เอส
ได้ระบุยีนที่ตอบสนองต่อการ protoplasting กับ
การเปลี่ยนแปลงในการแสดงออก (Birnbaum et al, 2003;. ดัฟ, et al.,
2009) และเป้าหมายเหล่านี้ถูกลบออกจากการเปรียบเทียบ.
หมายความมูลค่าการแสดงออกของ WUS ในแถม :: mGFP5-
เซลล์ ER ประมาณเจ็ดเท่าสูงกว่ารากทั้ง
แนะนำการเพิ่มปริมาณประสบความสำเร็จสำหรับ WUS-แสดง
เซลล์ แต่ก็ต่ำกว่าที่ได้รับสำหรับ WUSp
โดเมนของ SAMs (ดัฟ et al., 2009) สังเกตนี้หลังถูกคาดว่าเพราะการแสดงออกของผู้สื่อข่าวถอดรหัสสำหรับ WUS เพียงเริ่มต้นขึ้นใน cLRP ในขณะนี้.
ค่าสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์เพียร์สัน 0.97-0.99 สำหรับการเปรียบเทียบบ่งบอกถึงระดับสูงของการทำสำเนาระหว่างเรา
แถม :: ซ้ำ mGFP5 เอ้อ (ตาราง S13) ความสัมพันธ์ที่ต่ำกว่า
ค่าสัมประสิทธิ์ (0.513-0.596) พบระหว่างบวก ::
เซลล์ mGFP5 เอ้อในการทดลองของเราและผู้ที่แยกโดย
ดัฟ et al, (2009) นอกจากนี้ยังมีความแตกต่างที่มีแนวโน้มใน
การแสดงออกที่เกิดจากการเก็บเกี่ยวเซลล์ WUS-แสดง
จากอวัยวะต่างๆ, ค่าความสัมพันธ์ต่ำอาจ
สะท้อนให้เห็นถึงสภาพวัฒนธรรมโดยเฉพาะอย่างยิ่งในระดับสูงที่แตกต่างกัน
มีความเข้มข้นของฮอร์โมนที่ใช้ในการทดลองของเรา

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เซลล์เฉพาะโปรไฟล์ของ wuschel clrp โดเมนของเซลล์เฉพาะแบบแผนการแสดงออกที่ถูกใช้เพื่อสำรวจการแสดงออกของยีนภายในโดเมนเฉพาะของ RMS ( บัม et al . , 2003 ; เบรดี้ et al . , 2007 ; กริฟฟอร์ด et al . , 2008 )และ SMS ( yadav et al . , 2009 ) มีความไวขึ้นและความละเอียดในการเปลี่ยนแปลงเพื่อการพัฒนาเกี่ยวกับทราน ริปโตมและการตอบสนองต่อสิ่งเร้า แม้ว่าตัวอย่างของเราถูกอุดมด้วย clrp , ญาติมีส่วนร่วม โดยคีย์ประเภทโดเมน เซลล์อาจจะไม่เพียงพอที่จะแก้ไขปัญหาหลักยีน , แสดงโดยค่า wus แสดงออกน้อย เราจึงแยก และวิเคราะห์ pwus : : mgfp5 ER เซลล์เปรียบเทียบการแสดงออกใน wus clrp กับโดเมนของโดเมน wus สร้าง SMSเนื้อเยื่อเกี่ยวหลังจาก 30 ชั่วโมงของการรักษาด้วย 2ip คือprotoplasted อย่างรวดเร็ว ( 1 ชั่วโมง ) และเซลล์แสดง pwus : :mgfp5 เอ้อแยกด้วยการกระตุ้นเซลล์คัดแยกเหรียญ ( facs ) แยก RNA ได้รับสองรอบ ( transcriptomes และถูกบันทึกไว้ด้วย affymetrixath1 อาร์เรย์ . การศึกษาการใช้ RM SM และเซลล์มีการระบุยีนที่ตอบสนองต่อ protoplasting กับการเปลี่ยนแปลงในการแสดงออก ( บัม et al . , 2003 ; yadav et al . ,2009 ) , และเป้าหมายเหล่านี้ถูกถอดออกจากการเปรียบเทียบค่าเฉลี่ย ค่า wus การแสดงออกใน pwus mgfp5 - : :เอ้อเซลล์ประมาณเจ็ดเท่าสูงกว่ารากทั้งหมดแนะนำเสริมความ wus แสดงเซลล์ แต่ต่ำกว่าที่ได้รับสำหรับ wuspโดเมนของแซม ( yadav et al . , 2009 ) สังเกตหลังนี้ไว้ เพราะการแสดงออกของนักข่าวลองสำหรับ wus เริ่มต้นขึ้นใน clrp ในครั้งนี้สัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์ของเพียร์สันและ 0.99 0.97 สำหรับการเปรียบเทียบแสดงระดับของคาร์บอนระหว่างของเราpwus : : mgfp5 เอ้อซ้ำ ( ตาราง s13 ) ความสัมพันธ์ลดลงสัมประสิทธิ์ ( 0.513 – 0.596 ) พบระหว่าง pwus : :mgfp5 ER เซลล์ในการทดลองของเรา และแยกโดยyadav et al . ( 2009 ) นอกจากนี้ยังอาจแตกต่างกันการแสดงออกที่เกิดจากการเก็บเกี่ยว wus แสดงเซลล์จากอวัยวะต่าง ๆ ( อาจจะต่ำค่าสะท้อนถึงสภาพวัฒนธรรมที่แตกต่าง โดยเฉพาะสูงความเข้มข้นของฮอร์โมนที่ใช้ในการทดลองของเรา