As the cost of sequencing continues

As the cost of sequencing continues to drop, RNAseq is expected to replace microarrays for many applications that involve determining the structure and dynamics of the transcriptome . While likely to revolutionize our understanding of transcriptome evolution, especially in non-model systems, a possible caveat is that sources of bias in coverage and therefore gene expression estimates are not yet fully understood. For example, it appears that base composition, library preparation and transcript length may all impact gene expression estimates . As reviewed by , many challenges remain when dealing with next generation sequence data. In addition, more work is necessary to generalise the relationship between the evolution of promoter sequences, protein coding regions and gene expression in plants . Our study provides a significant advance in our understanding of molecular evolution. It reveals several general trends that appear to be robust to variables such as timing of divergence or experimental growth conditions, given that they have been reported across a broad range of taxa. At the same time, a meta-analysis of studies conducted under different environmental conditions, developmental stages, and species may reveal novel insights into plant molecular evolution that are not apparent when studying only a single condition. With the increased availability of high-throughput sequencing datasets, such large-scale studies are becoming increasingly feasible.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เป็นต้นทุนของลำดับยังคงปล่อย RNAseq คาดว่าจะแทน microarrays สำหรับโปรแกรมประยุกต์ต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการกำหนดโครงสร้างและพลศาสตร์ของการ transcriptome ในขณะที่แนวโน้มที่จะ revolutionize เราเข้าใจ transcriptome วิวัฒนาการ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในระบบแบบจำลอง เป็นไปได้ caveat เป็นที่แหล่งที่มาของอคติในความครอบคลุม และดังนั้นยีนประเมินจะไม่ ได้อย่างเข้าใจ ตัวอย่าง ปรากฏว่าองค์ประกอบพื้นฐาน ไลบรารีเตรียมและเสียงบรรยายความยาวอาจทั้งหมดผลกระทบประเมินนิพจน์ยีน เป็นทานด้วย ความท้าทายหลายครั้งเมื่อจัดการกับข้อมูลลำดับรุ่นถัดไป นอกจากนี้ งานน้อยจำเป็นต้อง generalise ความสัมพันธ์ระหว่างวิวัฒนาการของโปรโมเตอร์ลำดับ ภูมิภาครหัสโปรตีน และยีนในพืช เราให้ล่วงหน้าอย่างมีนัยสำคัญในเราเข้าใจวิวัฒนาการเชิงโมเลกุล มันเปิดเผยแนวโน้มทั่วไปหลายที่ต้องแข็งแรงกับตัวแปรเช่นเวลา divergence หรือเงื่อนไขทดลองการเจริญเติบโต กำหนดว่า จะมีการรายงานผ่าน taxa ที่หลากหลาย ในเวลาเดียวกัน meta-analysis ของการศึกษาดำเนินการภายใต้สภาพแวดล้อมต่าง ๆ ขั้นพัฒนา และชนิดอาจเปิดเผยนวนิยายลึกวิวัฒนาการระดับโมเลกุลของพืชที่ไม่ชัดเจนเมื่อศึกษาเงื่อนไขเดียวเท่านั้น มีพร้อมใช้งานที่เพิ่มขึ้นของ datasets ลำดับอัตราความเร็วสูง การศึกษาขนาดใหญ่ดังกล่าวจะกลายเป็นเป็นไปได้มากขึ้น

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ในขณะที่ค่าใช้จ่ายในการจัดลำดับยังคงลดลง, RNAseq คาดว่าจะเข้ามาแทนที่ microarrays สำหรับการใช้งานหลายอย่างที่เกี่ยวข้องกับการกำหนดโครงสร้างและการเปลี่ยนแปลงของยีน ในขณะที่แนวโน้มที่จะปฏิวัติความเข้าใจของเราวิวัฒนาการยีนโดยเฉพาะอย่างยิ่งในระบบที่ไม่รุ่นข้อแม้ที่เป็นไปได้ว่าแหล่งที่มาของการมีอคติในการรายงานข่าวและดังนั้นจึงประมาณการการแสดงออกของยีนยังไม่เข้าใจอย่างเต็มที่ ยกตัวอย่างเช่นมันปรากฏองค์ประกอบฐานที่เตรียมห้องสมุดและระยะเวลาในหลักฐานการประมาณการอาจส่งผลกระทบต่อการแสดงออกของยีนทั้งหมด ในขณะที่การตรวจสอบโดยความท้าทายจำนวนมากยังคงอยู่เมื่อต้องรับมือกับข้อมูลลำดับรุ่นต่อไป นอกจากนี้ในการทำงานมากขึ้นเป็นสิ่งที่จำเป็นที่จะพูดคุยถึงความสัมพันธ์ระหว่างการวิวัฒนาการของลำดับก่อการโปรตีนภูมิภาคเข้ารหัสและการแสดงออกของยีนในพืช การศึกษาของเรามีความก้าวหน้าอย่างมีนัยสำคัญในการทำความเข้าใจของเราวิวัฒนาการโมเลกุล มันแสดงให้เห็นแนวโน้มทั่วไปหลายอย่างที่ดูเหมือนจะเป็นที่แข็งแกร่งกับตัวแปรเช่นระยะเวลาของความแตกต่างหรือสภาวะการเจริญเติบโตการทดลองระบุว่าพวกเขาได้รับรายงานในช่วงกว้างของแท็กซ่า ในเวลาเดียวกัน, meta-analysis ของการศึกษาที่ดำเนินการภายใต้สภาพแวดล้อมที่แตกต่างกัน, ขั้นตอนการพัฒนาสายพันธุ์และอาจเปิดเผยข้อมูลเชิงลึกนวนิยายเข้าสู่พืชวิวัฒนาการโมเลกุลที่ไม่ชัดเจนเมื่อศึกษาเพียงเงื่อนไขเดียว ด้วยความพร้อมที่เพิ่มขึ้นของชุดข้อมูลลำดับสูงผ่านการศึกษาขนาดใหญ่ดังกล่าวจะกลายเป็นไปได้มากขึ้น

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เป็นค่าใช้จ่ายของการยังคงลดลง rnaseq คาดว่าจะแทนที่การแสดงสำหรับการใช้งานมากที่เกี่ยวข้องกับการกำหนดโครงสร้างและพลศาสตร์ของทราน ริปโตม . ในขณะที่มีแนวโน้มที่จะปฏิวัติความเข้าใจของเราวิวัฒนาการทราน ริปโตม , โดยเฉพาะอย่างยิ่งในระบบแบบไม่ใช่คำเตือนที่เป็นไปได้คือแหล่งอคติในความคุ้มครอง ดังนั้นการแสดงออกของยีนประมาณยังไม่เข้าใจ ตัวอย่างเช่น ปรากฏว่าฐานองค์ประกอบ การเตรียมการ ห้องสมุด และ ความยาวใบอาจส่งผลกระทบต่อการประเมินการแสดงออกของยีน . เท่าที่ดูโดยความท้าทาย มาก อยู่ เมื่อจัดการกับลำดับข้อมูลรุ่นต่อไป นอกจากนี้งานเพิ่มเติมเป็นสิ่งจำเป็นที่จะกล่าวสรุปความสัมพันธ์ระหว่างลำดับการวิวัฒนาการของรหัสภูมิภาคและการแสดงออกของยีนในพืชโปรตีน การศึกษาของเราให้ก้าวหน้าที่สำคัญในความเข้าใจของเราของวิวัฒนาการระดับโมเลกุล มันแสดงให้เห็นว่าหลายทั่วไปแนวโน้มที่ปรากฏจะสมบูรณ์กับตัวแปร เช่น เวลาของความแตกต่างหรือเงื่อนไขการทดลองระบุว่าพวกเขาได้รับรายงานในช่วงกว้างของซ่า . ในเวลาเดียวกัน , การวิเคราะห์การศึกษาภายใต้สภาวะสิ่งแวดล้อมที่แตกต่างกันขั้นตอนการพัฒนา และอาจเปิดเผยข้อมูลเชิงลึกใหม่เป็นชนิดพืชโมเลกุลวิวัฒนาการที่ไม่ชัดเจนเมื่อเรียนเพียงหนึ่งเงื่อนไข ด้วยการเพิ่มความพร้อมของข้อมูลช่วยลำดับ ,การศึกษาขนาดใหญ่ดังกล่าวกลายเป็นที่เป็นไปได้มากขึ้น