Although the results of a particula

Although the results of a particular analysis may be
favored a priori, it is still worth exploring the effect of
assumptions on these results.
Molecular systematists commonly use taxonomic
congruence across different methods of data analysis as
a measure of clade robustness. Our varied analyses
generally shared more than 50% of the clades, except
optimization alignment with gap costs of 4–8 (Table 2).
Static alignments that dismiss gap information (gap as
missing and Bayesian inference, Table 2) are most similar
to the equal cost optimization alignment results.
This surprising result may relate to the way optimization
alignment treats gaps. Optimization alignment minimizes
the numbers of indel events necessary to explain
the data for given gap and base transformation costs.
Our analyses corroborate this point, although at first
sight it may seem the opposite. Optimization alignment
implied more characters than did static Clustal (2825
and 2562, respectively). However, shorter alignments do
not necessarily result in most parsimonious explanations
of the data. In this particular situation, optimization
and static alignments are difficult to compare because
parameter costs vary (gap cost 1, ts/tv 1 in the former,
gap opening 8, gap extension 2 or 4, ts/tv 0.5 in Clustal).
The number of informative characters is a less tricky
comparison. Implied alignment yields fewer number of
informative characters (916) than the static alignment,
regardless of the gap treatment (975 as missing data,
1092 as 5th state). Fewer informative indels (gaps in a
static alignment) probably affect the final output less,
making the results more similar to the static alignment
analyses when gaps are not considered. Of course, the
generality of these comments must await further research
on alternative alignment methods and in additional
taxa and genes.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แม้ว่าผลของการวิเคราะห์เฉพาะอาจชื่นชอบนิรนัย ก็ยังคงคุ้มค่าสำรวจผลของการสมมติฐานผลเหล่านี้Systematists โมเลกุลมักใช้อนุกรมวิธานลงตัวทั้งวิธีการวิเคราะห์ข้อมูลเป็นการวัดความทนทาน clade การวิเคราะห์ของเราแตกต่างกันโดยทั่วไปที่ใช้ร่วมกันมากกว่า 50% ของ clades ยกเว้นเพิ่มประสิทธิภาพการจัดตำแหน่งกับช่องว่างของ 4-8 (ตารางที่ 2)จัดแนวคงที่ยกเลิกข้อมูลช่องว่าง (ช่องว่างเป็นหายไปและการอ้างอิงทฤษฎี ตาราง 2) จะคล้ายมากที่สุดผลจัดเพิ่มประสิทธิภาพต้นทุนเท่านั้นผลลัพธ์ที่น่าแปลกใจนี้อาจเกี่ยวข้องกับการเพิ่มประสิทธิภาพทางจัดตำแหน่งถือว่าช่องว่าง ช่วยเพิ่มประสิทธิภาพการจัดหมายเลขของเหตุการณ์ indel จำเป็นต้องอธิบายข้อมูลสำหรับกำหนดค่าแปลง gap และฐานการวิเคราะห์ของเรา corroborate จุดนี้ แม้ว่าในตอนแรกสายตาอาจดูตรงกันข้าม เพิ่มประสิทธิภาพการจัดโดยนัยอักขระได้คง Clustal (2825และ 2562 ตามลำดับ) อย่างไรก็ตาม การจัดแนวสั้นทำไม่จำเป็นต้องทำคำอธิบาย parsimonious สุดของข้อมูล ในสถานการณ์นี้เฉพาะ การเพิ่มประสิทธิภาพและจัดแนวคงจะยากที่จะเปรียบเทียบได้เนื่องจากค่าพารามิเตอร์แตกต่างกัน (ช่วงต้นทุน 1, ts และโทรทัศน์ 1 ในอดีตช่วงเปิด 8 ส่วนขยายช่องว่าง 2 หรือ 4, ts โทรทัศน์ 0.5 ใน Clustal)จำนวนข้อมูลอักขระคือ ยากน้อยการเปรียบเทียบกัน จัดโดยนัยของผลผลิตจำนวนน้อยข้อมูลอักขระ (916) มากกว่าการจัดตำแหน่งแบบคงที่โดยไม่คำนึงถึงการรักษาช่องว่าง (975 เป็นข้อมูลที่หายไป1092 เป็นสถานะที่ 5) Indels ข้อมูลที่น้อยลง (ช่องว่างในการคงจัด) อาจส่งผลต่อขั้นสุดท้ายออกน้อยทำให้ผลลัพธ์มากขึ้นคล้ายกับการจัดตำแหน่งแบบคงวิเคราะห์เมื่อช่องว่างจะถือว่า แน่นอน การทั่วไปของข้อคิดเห็นเหล่านี้ต้องรอการวิจัยเพิ่มเติมวิธีการจัดตำแหน่งอื่น และเพิ่มเติมแท็กซ่าและยีน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

แม้ว่าผลของการวิเคราะห์โดยเฉพาะอย่างยิ่งอาจจะ
ได้รับการสนับสนุนเบื้องต้นก็ยังคงมีมูลค่าการสำรวจผลกระทบของ
สมมติฐานเกี่ยวกับผลเหล่านี้.
systematists โมเลกุลมักจะใช้การจัดหมวดหมู่
ความสอดคล้องกันทั่วทั้งวิธีการที่แตกต่างกันของการวิเคราะห์ข้อมูลเป็น
ตัวชี้วัดของ clade ทนทาน ที่แตกต่างกันของเราจะวิเคราะห์
ที่ใช้ร่วมกันโดยทั่วไปมากกว่า 50% ของ clades ยกเว้น
การจัดตำแหน่งการเพิ่มประสิทธิภาพด้วยค่าใช้จ่ายในช่องว่าง 4-8 (ตารางที่ 2).
การจัดแนวคงที่ที่ยกเลิกข้อมูลช่องว่าง (ช่องว่างเป็น
ที่หายไปและการอนุมานคชกรรมตารางที่ 2) เป็นส่วนใหญ่คล้าย
กับ เพิ่มประสิทธิภาพของต้นทุนผลการจัดตำแหน่งเท่ากับ.
นี้ผลที่น่าแปลกใจอาจเกี่ยวข้องกับวิธีการเพิ่มประสิทธิภาพ
การจัดตำแหน่งถือว่าช่องว่าง การจัดตำแหน่งการเพิ่มประสิทธิภาพช่วยลด
จำนวนของเหตุการณ์ Indel จำเป็นที่จะต้องอธิบาย
ข้อมูลสำหรับรับช่องว่างและฐานค่าใช้จ่ายในการเปลี่ยนแปลง.
การวิเคราะห์ของเรายืนยันจุดนี้แม้จะเป็นครั้งแรกที่
สายตามันอาจจะดูเหมือนตรงข้าม การจัดตำแหน่งการเพิ่มประสิทธิภาพ
โดยนัยตัวละครมากกว่าไม่คง Clustal (2825
และ 2562 ตามลำดับ) อย่างไรก็ตามการจัดแนวสั้นจะ
ไม่จำเป็นต้องส่งผลในคำอธิบายเค็มมากที่สุด
ของข้อมูล ในสถานการณ์เช่นนี้โดยเฉพาะอย่างยิ่งการเพิ่มประสิทธิภาพ
และคงจัดแนวเป็นเรื่องยากที่จะเปรียบเทียบเพราะ
ค่าใช้จ่ายในพารามิเตอร์ที่แตกต่างกัน (ช่องว่างค่าใช้จ่าย 1, TS / โทรทัศน์ 1 แห่งในอดีต
ช่องว่างเปิด 8 ขยายช่องว่าง 2 หรือ 4, TS / โทรทัศน์ 0.5 Clustal).
จำนวน ข้อมูลของตัวละครเป็นเรื่องยุ่งยากน้อย
เปรียบเทียบ การจัดตำแหน่งโดยนัยอัตราผลตอบแทนจำนวนน้อยลง
อักขระข้อมูล (916) มากกว่าการจัดตำแหน่งที่คงที่
โดยไม่คำนึงถึงการรักษาช่องว่าง (975 ข้อมูลที่ขาดหายไป
1092 รัฐเป็นครั้งที่ 5) indels ข้อมูลน้อยลง (ช่องว่างใน
การจัดตำแหน่งคงที่) อาจจะส่งผลกระทบต่อผลสุดท้ายน้อยกว่า
ทำให้ผลใกล้เคียงกับการจัดตำแหน่งที่คง
วิเคราะห์เมื่อช่องว่างยังไม่ได้พิจารณา ของหลักสูตร
ทั่วไปของความคิดเห็นเหล่านี้จะต้องรอการวิจัยเพิ่มเติม
เกี่ยวกับวิธีการจัดตำแหน่งทางเลือกและในการเพิ่ม
แท็กซ่าและยีน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

แม้ว่าผลลัพธ์ของการวิเคราะห์โดยเฉพาะอาจจะชอบ a priori , มันยังคงมีมูลค่าการสำรวจผลกระทบของสมมติฐานเกี่ยวกับผลลัพธ์เหล่านี้systematists ทั่วไปใช้ทางโมเลกุลความสอดคล้องกันในวิธีการที่แตกต่างกันของการวิเคราะห์ข้อมูล เช่นวัดความแข็งแกร่งของ clade . การวิเคราะห์ที่หลากหลายของเราโดยทั่วไปที่ใช้ร่วมกันมากกว่า 50% ของ clades ยกเว้นที่เหมาะสมสอดคล้องกับต้นทุนห่างกัน 4 - 8 ( ตารางที่ 2 )สถิตการยกเลิกข้อมูลที่ช่องว่าง ( GAP เป็นที่หายไปและการอนุมานคชกรรม ตาราง 2 ) คล้ายกันมากที่สุดการเพิ่มประสิทธิภาพเท่ากับต้นทุนการผลผลที่น่าประหลาดใจนี้อาจเกี่ยวข้องกับวิธีเพิ่มประสิทธิภาพแนวปฏิบัติช่องว่าง การเพิ่มประสิทธิภาพการลดตัวเลขของ INDEL เหตุการณ์ที่จําเป็นในการอธิบายข้อมูลเพื่อให้ช่องว่างและค่าใช้จ่ายในการเปลี่ยนแปลงฐานการวิเคราะห์ของเรายืนยันจุดนี้ ถึงแม้ว่าในตอนแรกสายตามันอาจดูเหมือนตรงข้าม การเพิ่มประสิทธิภาพการโดยตัวละครมากกว่าทำสถิต clustal ( แฟลชและ 2562 ตามลำดับ ) อย่างไรก็ตาม การลงทำไม่จําเป็นต้องผล คำอธิบายความตระหนี่ที่สุดของข้อมูล ในสถานการณ์นี้โดยเฉพาะ เพิ่มประสิทธิภาพและการจัดแนวคงยากจะเทียบ เพราะค่าพารามิเตอร์แตกต่างกัน ( ช่องว่างราคา 1 , TS / ทีวี 1 ในอดีตช่องว่างเปิด 8 , ขยายช่องว่าง 2 หรือ 4 , TS / โทรทัศน์ใน clustal 0.5 )จำนวนของอักขระข้อมูลเป็นซับซ้อนน้อยกว่าการเปรียบเทียบ โดยจัดผลผลิตน้อยกว่าจำนวนข้อมูลตัวละคร ( 916 ) กว่าตำแหน่งคงที่ไม่ว่าการรักษาช่องว่าง ( 975 เป็นข้อมูลที่ขาดหายไป1011 เป็นรัฐ 5 ) ข้อมูล indels น้อยลง ( ช่องว่างในดิเรก ) อาจส่งผลกระทบต่อสุดท้ายผลผลิตน้อยลงทำให้ผลเหมือนกับการสถิตวิเคราะห์เมื่อช่องว่างยังไม่ได้มีการพิจารณา แน่นอนสภาพทั่วไปของความคิดเห็นเหล่านี้ต้องรอการวิจัยต่อไปวิธีการและทางเลือกในการเพิ่มแทกซา และยีนส์