ไวรัสซิกาเป็น single-stranded positive RNA virus ซึ่งมีลักษณะทางพันธุกรรมที่คล้ายคลึงกับ Spondweni Virus ตาม taxonomy จัดอยู่ใน clade X ของกลุ่ม mosquito-borne flavivirus ตระกลู Flaviviridae เชื่อว่าไวรัสนี้มีต้นกำเนิดมาจากแอฟริกาตะวันออก ก่อนจะแพร่ไปทางตะวันตก เข้าสู่ทวีปเอเชีย ทำให้เกิดสายพันธุ์ของไวรัสที่แตกต่างกัน เช่น the African genotypes (prototype MR766 Cluster, Nigerian Cluster, Uganda clusterและ Senegal cluster) และ the Asian genotypes (Yap cluster, Malaysia cluster และ Cambodia cluster)