Divergence time and ancestral drain

Divergence time and ancestral drainage estimation

To estimate divergence time within Percocypris, the Bayesian relaxed clock method [43] was used in the program BEAST v. 1.7.4 [44]. In order to use the reliable fossils of Cypriniformes, we included an additional 70 taxa for the molecular dating analyses (totally 127 samples; Table S1). Corydoras rabauti was used as outgroup. The 16S, COI and Cyt b genes were used for our divergence time estimation because these genes have been extensively used in studies of phylogeny in Cypriniformes and have been more widely sampled than the Rag2 gene. We partitioned the dataset into five partitions as we did in the phylogenetic analyses and chose the models selected by BIC for each partition (Table S3) after Kakusan4 analyses. BEAUti v. 1.7.4 [44] was used to generate the input files for the analysis. Analysis was conducted with uncorrelated lognormal relaxed molecular clock model, with partition-specific substitution models, a Yule speciation process for the tree prior, random starting tree but constraining the ingroup to be monophyletic, the prior of mean substitution rate (ucld.mean) fixed to CTMC Rate Reference [45], and with the most recent common ancestor (MRCA) of the four clades associated with fossil calibration points (see below) treated as lognormal distributions.

We chose the oldest and most unambiguous fossil records for constraints of the age of the root node, setting the latest date of the fossil record as minimum and a soft maximum with lognormal distribution: (1) Barbus bohemicus and Barbus sp. were reported from Czech Republic and dated as 18–19 million years ago (Mya) [46]. Thus, the split between Barbus and its sister group (Luciobarbus and Capoeta; e.g. [47], [48]) was at least 18 Mya and was constrained to a minimum of 18 Mya (log (mean) = “0.35” log (stdev) = “1.0” offset = “18.0”). (2) Four fossils of Mylocheilus inflexus and five fossils of Mylocheilus robustus were recorded from Tortonian (10.5–11.5 Mya; [46]) in U.S.A. Therefore, we assumed that the split between Mylocheilus and its sister group (Pogonichthys; see Schönhuth et al. [49]) occurred at least 10.5 Mya (log (mean) = “0.5” log (stdev) = “1.0” offset = “10.5”). (3) The oldest known Mylopharyngodon fossil (Mylopharyngodon wui), paleomagnetically dated to 12.5 Mya [50], is known from the middle Miocene of China. Ctenopharyngodon idella is the sister group of Mylopharyngodon piceusi [51], [52], and we assumed that the MRCA of Mylopharyngodon and its sister group was at least 12.5 Mya (log (mean) = “0.5” log (stdev) = “1.0” offset = “12.5”). (4) The oldest fossil similar to Myxocyprinus asiaticus (Plesiomyxocyprinus arratiae) was recorded from the early to middle Eocene in China (37.2–40.4 Mya; [46], [53]). The split between Myxocyprinus and its sister group (Carpiodes, Ictiobus, Cycleptus, Catostomus, Minytrema, Moxostoma and Hypenteliums; e.g. [54]–[56]) was set to be not later than 37.2 Mya (log (mean) = “1.1” log (stdev) = “1.0” offset = “37.2”). In addition, a secondary calibration point was used on the root age of the tree. The root age was set using a normal distribution (mean = “170.5” stdev = “10.6”) based on the divergence time of Otophysi (the split between ingroup and outgroup [Corydoras rabauti]; 170.5 Mya; HPD [Highest Posterior Density] 153.1–187.9) estimated by Near et al. [57].

Two independent MCMC chains with a total of 50 million generations, sampled every 5000 generations were run using the corresponding substitution model for each partition. Convergence to the stationary distribution was assessed by inspection of log output files using Tracer and plots of tree files using AWTY. After discarding the burn-in of 25 million generations, the remaining tree samples of the four converged runs were combined using LogCombiner. The maximum clade credibility tree was calculated using TreeAnnotator and visualized with the software FigTree v.1.3.1 [58].

We used BPA method [59] to estimate the ancestral distribution area and investigate the evolutionary history of Percocypris. Based on the present-day drainage distributions of Percocypris, five units (Upper Yangtze River, A; Upper Pearl River, B; Fuxian Lake, C; Mekong River, D; and Salween River, E) were defined. The optimized phylogeny (derived from Figure 3) was converted into drainage cladogram. Data matrix to the primary BPA was prepared from the cladogram.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เวลา divergence และระบายน้ำโบราณประมาณการประเมินเวลา divergence ภายใน Percocypris ทฤษฎีนาฬิกาผ่อนคลาย วิธี [43] ถูกใช้ในโปรแกรมสัตว์ v. 1.7.4 [44] การใช้ซากดึกดำบรรพ์ที่เชื่อถือได้ของอันดับปลาตะเพียน เรารวม taxa 70 เพิ่มเติมสำหรับวิเคราะห์หาคู่โมเลกุล (ทั้งหมด 127 ตัวอย่าง ตาราง S1) สกุลปลาแพะ rabauti ถูกใช้เป็น outgroup 16S, COI และ Cyt b ยีนใช้สำหรับประเมินเวลา divergence ของเราเนื่องจากยีนเหล่านี้ได้อย่างกว้างขวางใช้ในการศึกษาของ phylogeny ในอันดับปลาตะเพียน และมีตัวอย่างกว่ายีน Rag2 ขวาง เราแบ่งชุดข้อมูลห้ากั้นเราก็วิเคราะห์ phylogenetic และเลือกรูปแบบที่เลือกสำหรับแต่ละพาร์ติชัน (ตาราง S3) BIC หลังจากวิเคราะห์ Kakusan4 BEAUti v. 1.7.4 [44] ถูกใช้เพื่อสร้างแฟ้มป้อนข้อมูลสำหรับวิเคราะห์ วิธีการวิเคราะห์ ด้วยรุ่น uncorrelated lognormal นาฬิกาโมเลกุลผ่อนคลาย มีรุ่นทดแทนเฉพาะพาร์ทิชัน กระบวนการเกิดสปีชีส์ใหม่เทศกาลคริสต์มาสต้นไม้ก่อน สุ่มเริ่มต้น แต่กีด ingroup จะ monophyletic ก่อนอัตราทดแทนเฉลี่ย (ucld.mean) คงอ้าง อิงอัตรา CTMC [45], และ มีบรรพบุรุษร่วมกันล่าสุด (MRCA) ของ clades สี่ที่เชื่อมโยงกับฟอสเทียบจุด (ดูด้านล่าง) ถือว่าเป็นการกระจาย lognormalเราเลือกที่เก่าแก่ที่สุด และชัดเจนที่สุดฟอสระเบียนสำหรับข้อจำกัดอายุของโหนดราก การตั้งค่าวันหลังสุดของเรกคอร์ฟอสเป็นต่ำสุดและสูงสุดนุ่ม ด้วยแจกแจง: Barbus bohemicus และ sp. Barbus (1) ได้รายงานจากสาธารณรัฐเช็ก และลงเป็น 18-19 ล้านปีผ่านมา (Mya) [46] ดังนั้น การแยกตัวระหว่าง Barbus และน้องสาวของกลุ่ม (Luciobarbus และ Capoeta เช่น [47], [48]) คือ Mya ที่ 18 และถูกจำกัดต่ำสุดของ 18 Mya (ล็อก (เฉลี่ย) = "0.35" ล็อก (stdev) =ตรงข้าม "1.0" = "18.0") (2) บันทึกซากดึกดำบรรพ์สี่ของ Mylocheilus inflexus และซากดึกดำบรรพ์ที่ห้าของ Mylocheilus robustus จาก Tortonian (10.5-11.5 Mya สหรัฐอเมริกาใน [46]) ดังนั้น การที่เราสมมติที่แบ่งระหว่าง Mylocheilus และน้องสาวของ กลุ่ม (Pogonichthys ดู Schönhuth et al. [49]) เกิดขึ้นน้อย 10.5 Mya (ล็อก (เฉลี่ย) =ล็อก "0.5" (stdev) =ตรงข้าม "1.0" = "10.5") (3)เก่าแก่รู้จัก Mylopharyngodon ฟอสซิล (Mylopharyngodon wui), paleomagnetically ลงไป 12.5 Mya [50], เป็นที่รู้จักจากกลาง Miocene จีน Ctenopharyngodon idella เป็นเครือกลุ่ม Mylopharyngodon piceusi [51], [52], และเราสมมติที่ MRCA Mylopharyngodon และน้องสาวของกลุ่มถูก Mya น้อย 12.5 (ล็อก (เฉลี่ย) =ล็อก "0.5" (stdev) =ตรงข้าม "1.0" = "12.5") (4 ซากดึกดำบรรพ์ที่เก่าแก่)คล้ายกับ Myxocyprinus asiaticus (Plesiomyxocyprinus arratiae) ถูกบันทึกจาก Eocene กลางในจีน (37.2 – 40.4 Mya [46], [53]) แยกระหว่าง Myxocyprinus และน้องสาวของกลุ่ม (Carpiodes, Ictiobus, Cycleptus, Catostomus, Minytrema, Moxostoma และ Hypenteliums เช่น [54]–[56]) ถูกตั้งค่าให้ไม่ช้ากว่า 37.2 Mya (ล็อก (เฉลี่ย) = "1.1" ล็อก (stdev) =ตรงข้าม "1.0" = "37.2") นอกจากนี้ จุดเทียบรองใช้อายุรากของต้นไม้ อายุหลักถูกตั้งค่าโดยใช้การแจกแจงปกติ (หมายถึง = stdev "170.5" = "10.6") ตามเวลา divergence ของ Otophysi (แยกระหว่าง ingroup และ outgroup [สกุลปลาแพะ rabauti]; 170.5 Mya [สูงสุดหลังความหนาแน่น] 153.1 – 187.9 HPD) ประเมินโดยใกล้ร้อยเอ็ด al. [57]MCMC อิสระสองโซ่ มีทั้งหมด 50 ล้านรุ่น ตัวอย่างทุกรุ่น 5000 ถูกเรียกใช้โดยใช้แบบทดแทนที่สอดคล้องกันสำหรับแต่ละพาร์ติชัน บรรจบกันแจกเครื่องเขียนถูกประเมิน โดยตรวจสอบแฟ้มผลลัพธ์ล็อกที่ใช้ติดตามและผืนแฟ้มแผนภูมิโดยใช้ AWTY หลังจากละทิ้งการเผาไหม้ในรุ่น 25 ล้าน ตัวอย่างแผนภูมิเหลือรัน converged สี่ถูกรวมโดยใช้ LogCombiner ต้นความน่าเชื่อถือสูงสุด clade ถูกคำนวณโดยใช้ TreeAnnotator และ visualized กับซอฟต์แวร์ FigTree v.1.3.1 [58]เราใช้วิธี BPA [59] ตั้งโบราณกระจายประเมิน และตรวจสอบประวัติวิวัฒนาการของ Percocypris ตามการกระจายระบายเหตุการณ์ของ Percocypris, 5 หน่วย (แม่น้ำแยงซีบน A แม่น้ำเพิร์ลด้านบน B อังศนาฟุเซียนเลค C แม่น้ำโขง D และแม่ น้ำสาละวิน E) ได้กำหนดไว้ ระบายน้ำ cladogram แปลง phylogeny เพิ่มประสิทธิภาพ (ได้มาจากรูปที่ 3) ข้อมูลเมตริกซ์เพื่อ BPA หลักถูกเตรียมจาก cladogram

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เวลาที่แตกต่างและการประมาณการระบายน้ำของบรรพบุรุษในการคำนวณมูลค่าความแตกต่างภายในเวลา Percocypris วิธีผ่อนคลายนาฬิกาเบย์ [43] ถูกนำมาใช้ในโปรแกรม BEAST v. 1.7.4 [44] เพื่อที่จะใช้ฟอสซิลที่เชื่อถือได้ของปรินิฟอร์มเรารวมเพิ่มอีก 70 แท็กซ่าสำหรับการวิเคราะห์เดทโมเลกุล (ทั้งหมด 127 ตัวอย่าง; S1 ตาราง) Corydoras rabauti ถูกใช้เป็น outgroup 16S, COI และ Cyt ขยีนถูกนำมาใช้สำหรับการประมาณเวลาของเราแตกต่างเพราะยีนเหล่านี้ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในการศึกษาวิวัฒนาการในปรินิฟอร์มและได้รับการยอมรับอย่างกว้างขวางมากขึ้นตัวอย่างกว่ายีน Rag2 เราแบ่งออกเป็นห้าชุดข้อมูลที่พาร์ทิชันที่เราทำในการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการและเลือกรูปแบบที่เลือกโดย BIC สำหรับแต่ละพาร์ทิชัน (ตาราง S3) หลังจาก Kakusan4 วิเคราะห์ Beauti v. 1.7.4 [44] ถูกนำมาใช้ในการสร้างไฟล์ข้อมูลเพื่อการวิเคราะห์ วิเคราะห์ได้ดำเนินการกับ uncorrelated แบบ lognormal ผ่อนคลายรูปแบบนาฬิกาโมเลกุลที่มีรูปแบบเฉพาะทดแทนพาร์ทิชันเป็นกระบวนการ speciation เทศกาลคริสต์มาสต้นไม้ก่อนที่ต้นไม้เริ่มต้นสุ่ม แต่ constraining ingroup จะเป็นไฟย์เลติ, ก่อนที่อัตราการทดแทนเฉลี่ย (ucld.mean) คงที่ เพื่อ CTMC อัตราการอ้างอิง [45] และมีบรรพบุรุษร่วมกันล่าสุด (MRCA) ของสี่ clades ที่เกี่ยวข้องกับจุดสอบเทียบฟอสซิล (ดูด้านล่าง) ถือว่าเป็นการกระจายแบบ lognormal. เราเลือกที่เก่าแก่ที่สุดและโปร่งใสมากที่สุดบันทึกฟอสซิลสำหรับข้อ จำกัด ของอายุ ของโหนดราก, การตั้งค่าวันที่ล่าสุดบันทึกฟอสซิลเป็นขั้นต่ำและสูงสุดที่อ่อนนุ่มที่มีการกระจายแบบ lognormal (1) Barbus bohemicus และ Barbus SP ได้รับรายงานจากสาธารณรัฐเช็กและเป็นวันที่ 18-19000000 ปีที่ผ่านมา (ม) [46] ดังนั้นแยกระหว่าง Barbus และกลุ่มน้องสาว (Luciobarbus และ Capoeta; เช่น [47], [48]) เป็นอย่างน้อย 18 มและถูก จำกัด ให้น้อยที่สุด 18 ม (เข้าสู่ระบบ (หมายถึง) = "0.35" เข้าสู่ระบบ (STDEV ) = "1.0" ชดเชย = "18.0") (2) สี่ฟอสซิลของ inflexus Mylocheilus และห้าฟอสซิลของ Mylocheilus robustus ถูกบันทึกไว้จาก Tortonian (10.5-11.5 ม; [46]) ในประเทศสหรัฐอเมริกาดังนั้นเราจึงคิดว่าแยกระหว่าง Mylocheilus และกลุ่มน้องสาว (Pogonichthys ดูSchönhuth et al, . [49]) เกิดขึ้นอย่างน้อย 10.5 ม (log (ค่าเฉลี่ย) = "0.5" เข้าสู่ระบบ (STDEV) = "1.0" ชดเชย = "10.5") (3) ที่เก่าแก่ที่สุดที่รู้จักกันฟอสซิล Mylopharyngodon (Mylopharyngodon Wui) paleomagnetically วันที่ 12.5 ม [50] เป็นที่รู้จักจากยุคกลางของประเทศจีน Ctenopharyngodon idella เป็นกลุ่มที่น้องสาวของ Mylopharyngodon piceusi [51], [52] และเราสันนิษฐานว่า MRCA ของ Mylopharyngodon และน้องสาวของกลุ่มเป็นอย่างน้อย 12.5 ม (เข้าสู่ระบบ (หมายถึง) = "0.5" เข้าสู่ระบบ (STDEV) = "1.0 "ชดเชย =" 12.5 ") (4) ฟอสซิลที่เก่าแก่ที่สุดคล้ายกับ Myxocyprinus asiaticus (Plesiomyxocyprinus arratiae) ได้รับการบันทึกจากช่วงต้นถึงกลาง Eocene ในประเทศจีน (37.2-40.4 ม [46] [53]) แยกระหว่าง Myxocyprinus และกลุ่มน้องสาว (Carpiodes, Ictiobus, Cycleptus, Catostomus, Minytrema, Moxostoma และ Hypenteliums; เช่น [54] - [56]) ได้รับการกำหนดให้เป็นไม่น้อยกว่า 37.2 ม (เข้าสู่ระบบ (หมายถึง) = "1.1" เข้าสู่ระบบ (STDEV) = "1.0" ชดเชย = "37.2") นอกจากนี้จุดสอบเทียบรองถูกนำมาใช้กับอายุของต้นไม้ที่ราก อายุรากที่ได้รับการตั้งค่าการใช้การแจกแจงแบบปกติ (ค่าเฉลี่ย = "170.5" STDEV = "10.6") ตามเวลาที่แตกต่างของ Otophysi (แยกระหว่างกลุ่มภายในและ outgroup [Corydoras rabauti]; 170.5 ม; HPD [หนาแน่นหลังสูงสุด] 153.1 -187.9) ประมาณโดยใกล้ et al, [57]. สองโซ่ MCMC อิสระมีจำนวน 50 ล้านคนรุ่นชิมทุกรุ่น 5000 ได้รับการทำงานโดยใช้รูปแบบการทดแทนที่สอดคล้องกันสำหรับแต่ละพาร์ทิชัน บรรจบกับการจัดจำหน่ายเครื่องเขียนได้รับการประเมินโดยการตรวจสอบไฟล์ที่ส่งออกเข้าสู่ระบบโดยใช้ Tracer และแปลงไฟล์โดยใช้ต้นไม้ AWTY หลังจากที่ทิ้งเผาไหม้ใน 25 ล้านคนรุ่นที่เหลืออีกตัวอย่างต้นไม้แห่งสี่วิ่งแปรสภาพมารวมกันโดยใช้ LogCombiner ความน่าเชื่อถือสูงสุดต้นไม้ clade ที่คำนวณโดยใช้ TreeAnnotator และมองเห็นกับซอฟต์แวร์ Figtree v.1.3.1 [58]. เราใช้วิธี BPA [59] ในการประมาณการพื้นที่การกระจายของบรรพบุรุษและตรวจสอบประวัติศาสตร์วิวัฒนาการของ Percocypris ขึ้นอยู่กับการกระจายการระบายน้ำในปัจจุบันวันของ Percocypris ห้าหน่วย (บนแม่น้ำแยงซี; บนแม่น้ำเพิร์ล, B; Fuxian Lake, C; แม่น้ำโขง, D และแม่น้ำสาละวิน, E) ถูกกำหนด การเพิ่มประสิทธิภาพเชื้อชาติ (มาจากรูปที่ 3) ถูกดัดแปลงเป็น cladogram การระบายน้ำ เมทริกซ์ข้อมูลเพื่อ BPA หลักที่เตรียมจาก cladogram

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ความแตกต่างเวลาและบรรพบุรุษ การระบายน้ำการประมาณค่า

มาประมาณเวลาความแตกต่างภายใน percocypris แบบวิธีผ่อนคลาย , นาฬิกา [ 43 ] ใช้โปรแกรม 1.7.4 สัตว์ . [ 44 ] เพื่อที่จะใช้ฟอสซิลที่เชื่อถือได้ของอันดับปลากินพืช เรารวมเพิ่มอีก 70 และสำหรับโมเลกุล dating วิเคราะห์ ( ทั้งหมด 127 คน ตาราง S1 ) ราบิวติปลาแพะมาใช้เป็นกลุ่ม ช่วง 16S ,ผม cyt ยีน B และใช้เวลาประมาณความแตกต่างของเรา เพราะยีนเหล่านี้ถูกใช้อย่างกว้างขวางในการศึกษาระบบเชื้อชาติในอันดับปลาตะเพียนและได้รับข้อมูลอย่างกว้างขวางมากขึ้นกว่า rag2 ยีน เราแบ่งออกเป็น 5 พาร์ทิชันข้อมูลเหมือนที่เราทำในการวิเคราะห์ต่างๆ และเลือกรุ่นที่เลือกโดย BIC สำหรับแต่ละพาร์ทิชัน ( โต๊ะ S3 ) หลังจากวิเคราะห์ kakusan4 . บิวตี้ วี 17.4 [ 44 ] ถูกใช้เพื่อสร้างแฟ้มการป้อนข้อมูลสำหรับการวิเคราะห์ การวิเคราะห์จำนวน uncorrelated นาฬิกาแบบจำลองโมเลกุลแบบผ่อนคลาย ด้วยการแบ่งแบบเฉพาะเจาะจง เป็นชนิดต้นไม้ก่อนเทศกาลคริสต์มาส กระบวนการสุ่ม เริ่มต้นแต่จำกัดกลุ่มที่เป็น monophyletic , ก่อนที่อัตราทดแทนหมายถึง ( ucld . ) คงที่ ctmc อัตราอ้างอิง [ 45 ]และกับบรรพบุรุษล่าสุด ( mrca ) ทั้งสี่ clades เกี่ยวข้องกับจุดสอบเทียบฟอสซิล ( ดูด้านล่าง ) ถือว่าเป็นแบบลอกนอร์มอลการแจกแจง .

เราเลือกที่เก่าแก่ที่สุด และชัดเจนที่สุดฟอสซิลประวัติข้อจำกัดของอายุของปมราก , การตั้งค่าวันที่ล่าสุดของฟอสซิลเป็นขั้นต่ำและสูงสุดนุ่ม การแจกแจงลอกนอร์มอล ( 1 ) barbus bohemicus barbus sp . และมีรายงานว่า จากสาธารณรัฐเช็ก และลงวันที่ที่ 18 – 19 ล้านปีก่อน ( เมีย ) [ 46 ] ดังนั้น การแยกระหว่าง barbus และกลุ่มน้องสาว ( luciobarbus และ capoeta เช่น [ 47 ] , [ 48 ] ) เป็นอย่างน้อย 18 เมี๊ยะ และถูกบังคับให้อย่างน้อย 18 เมียะ ( log ( หมายถึง ) = " ค่า " บันทึก ( STDDEV ) = " 1.0 " offset = " เติม " )( 2 ) สี่ฟอสซิลของ inflexus mylocheilus ห้าฟอสซิลของ mylocheilus robustus ที่ถูกบันทึกไว้จาก tortonian ( 10.5 - 11.5 เมียะ ; [ 46 ] ) ในสหรัฐอเมริกา เราจึงสันนิษฐานว่า แยกระหว่าง mylocheilus และกลุ่มน้องสาว ( pogonichthys Sch ö เห็น nhuth et al . [ 49 ] ) เกิดขึ้นอย่างน้อย 10.5 เมียะ ( log ( หมายถึง ) = " 0 " บันทึก ( STDDEV ) = " 1.0 " offset = " 10.5 " )( 3 ) ฟอสซิลที่เก่าแก่ที่สุดที่รู้จักกัน mylopharyngodon ( mylopharyngodon วุย ) paleomagnetically ลงวันที่ 12.5 เมียะ [ 50 ] เป็นที่รู้จักจากสมัยไมโอซีนตอนกลางของประเทศจีน ctenopharyngodon idella เป็นพี่สาวของกลุ่ม mylopharyngodon piceusi [ 51 ] , [ 52 ] และเราสันนิษฐานว่า mrca ของ mylopharyngodon และกลุ่มน้องสาวของอย่างน้อย 12.5 เมียะ ( log ( หมายถึง ) = " 0 " บันทึก ( STDDEV ) = " 1.0 " offset = " 12 " )( 4 ) ซากฟอสซิลเก่าแก่ที่สุดคล้ายกับ myxocyprinus ซียติคุส ( plesiomyxocyprinus arratiae ) บันทึกจากช่วงต้นถึงกลางอีโอซีนในประเทศจีน ( 37.2 และ 40.4 เมียะ ; [ 46 ] [ 53 ] ) แยกระหว่าง myxocyprinus และกลุ่มน้องสาว ( carpiodes ictiobus , cycleptus catostomus minytrema , , , , และ moxostoma hypenteliums เช่น [ 54 ] - [ 56 ] ) เป็นไม่เกิน 37.2 เมียะ ( log ( หมายถึง ) = " 11 log ( STDDEV ) = " " สำหรับชดเชยรายได้ = " " ) นอกจากนี้จุดสอบเทียบมัธยมศึกษาใช้รากอายุของต้นไม้ รากอายุก็ตั้งโดยใช้การแจกแจงแบบปกติ ( ค่าเฉลี่ย = " 170.5 " STDDEV = " ต่ำ " ) บนพื้นฐานของความแตกต่างเวลา otophysi ( แยกระหว่างกลุ่ม และกลุ่มปลาแพะราบิวติ [ ] ; 170.5 เมียะ ; ความหนาแน่นสูงสุดของตำรวจ [ ] 153.1 – 187.9 ) โดยประมาณใกล้ et al .[ 57 ] .

สองอิสระ MCMC โซ่มีทั้งหมด 50 ล้านบาท และรุ่น และทุกรุ่นมี 5000 วิ่งโดยใช้รูปแบบการแทนที่ที่สอดคล้องกันในแต่ละฉาก บรรจบกับการประเมินโดยการตรวจสอบของเครื่องเขียนบันทึกไฟล์ออกโดยใช้การติดตาม และแปลงไฟล์โดยใช้ต้นไม้ awty . หลังจากการเผาใน 25 ล้านรุ่นตัวอย่างของต้นไม้ที่เหลือทั้งสี่วิ่งร่วมกันใช้ logcombiner . ความน่าเชื่อถือสูงสุดถัดจากต้นไม้ถูกคำนวณโดยใช้ treeannotator และมองเห็นกับซอฟต์แวร์ ฟิ๊กทรี v.1.3.1 [ 58 ] .

เราใช้ BPA วิธี [ 59 ] เพื่อประเมินพื้นที่การกระจายของบรรพบุรุษ และศึกษาประวัติวิวัฒนาการของ percocypris .จากปัจจุบันการระบายน้ำของ percocypris ห้าหน่วย ( บนแม่น้ำแยงซีเกียงเป็นแม่น้ำไข่มุก Upper B ; C ; ; fuxian ทะเลสาบแม่น้ำโขงและสาละวิน , D ; E ) กำหนด เพิ่มประสิทธิภาพระบบเชื้อชาติ ( ที่ได้จากรูปที่ 3 ) ถูกแปลงเป็นระบาย cladogram . ข้อมูล เมทริกซ์ที่เตรียมจากสาร BPA หลัก cladogram .