Comparing OEUs and biogeochemical p

Comparing OEUs and biogeochemical processes. We asserted that certain OEUs
are related to certain modelled biogeochemical processes by comparing the spatial
distributions of OEUs and modelled processes and by manual bioinformatic
inference. Average Euclidean distance to each process for all OTUs within an OEU
was calculated (Supplementary Fig. 8). OEUs containing the reference OTUs were
chosen to represent each modelled process because existing literature about the
reference OTU suggests that those OTUs perform that modelled process. To assign
an OEU to a process, we further required that the imputed process be one of the two
processes least distant from that OEU, as described above, except for methane
oxidation on oxygen, which is not within the lowest two distances for that OEU (see
‘Discussion’ section).
Linking taxonomic marker sequences with a functional gene. Data for 16S rRNA
gene fusion products with both selective (dsrB) and non-selective (barcode)
sequences experiments was obtained from a previous analysis26. Briefly, 7 ml of water
from both the 2 m and 21 m samples on 12 August 2013 was added to 7 ml of 50%
glycerol (25% final concentration) to preserve membrane integrity for single-cell
techniques, then was immediately placed on dry ice and stored at −80 °C. 16S rRNA
gene sequences were fused to a 20-bp droplet barcode to control for effects of the
protocol on limiting diversity. In a separate reaction, 16S rRNA gene sequences were

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เปรียบเทียบ OEUs และ biogeochemical กระบวนการ เรายืนยันว่า บาง OEUsเกี่ยวข้องกับกระบวนการ biogeochemical บางแบบจำลอง โดยเปรียบเทียบพื้นที่การกระจาย ของ OEUs และแบบจำลองกระบวนการ และเชิงวิวัฒนาการด้วยตนเองการอ้างอิง ค่าเฉลี่ยระยะทางแบบยุคลิดที่แต่ละกระบวนการทั้งหมด OTUs OEU การภายในแก้ไขคำนวณ (เสริมรูป 8) ที่ประกอบด้วยการอ้างอิงถูก OTUs OEUsเลือกที่จะเป็นตัวแทนของแต่ละกระบวนการแบบจำลองเนื่องจากเดิมวรรณกรรมเกี่ยวกับการอ้างอิง OTU แนะนำว่า OTUs ผู้ดำเนินกระบวนการแบบจำลองที่ การกำหนดให้การ OEU เป็นกระบวนการ เราเพิ่มเติมต้องการควาบเป็นหนึ่งในสองกระบวนการอย่างน้อยไกลจาก OEU ที่ ตามที่อธิบายไว้ข้างต้น ยกเว้นมีเทนออกซิเดชันในออกซิเจน ซึ่งไม่อยู่ในระยะสองต่ำสุดสำหรับ (ดูที่ OEUส่วน 'สนทนา')เชื่อมโยงลำดับอนุกรมวิธานหมายกับยีนทำงาน ข้อมูลสำหรับ 16S rRNAผลิตภัณฑ์ฟิวชั่นยีนเลือก (dsrB) และเลือก (บาร์โค้ด)ลำดับการทดลองได้รับจาก analysis26 ก่อนหน้านี้ สั้น ๆ 7 ml ของน้ำจากตัวอย่างทั้ง 2 ม.และ 21 ม. 12 สิงหาคม 2013 ถูก 7 ml 50%กลีเซอรอล (ความเข้มข้นสุดท้าย 25%) เพื่อรักษาความสมบูรณ์ของเยื่อหุ้มเซลล์สำหรับเซลล์เดียวเทคนิค แล้ววางไว้บนน้ำแข็งแห้งทันที และเก็บไว้ที่ −80 ° c 16S rRNAลำดับยีนถูกหลอมละลายในการบาร์โค้ด 20 bp หยดการควบคุมสำหรับผลกระทบของการโพรโทคอในการจำกัดความหลากหลาย ในปฏิกิริยาแยก 16S rRNA ยีนลำดับได้

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เปรียบเทียบ OEUs และกระบวนการ biogeochemical เราถูกกล่าวหาว่า OEUs บางอย่าง
ที่เกี่ยวข้องกับกระบวนการ biogeochemical แบบจำลองบางโดยการเปรียบเทียบเชิงพื้นที่
การกระจายของ OEUs และกระบวนการและคู่มือชีววิทยาย่อม
อนุมาน ระยะทางยุคลิดเฉลี่ยแต่ละกระบวนการทั้งหมด Otus ภายใน OEU
ที่คำนวณได้ (เสริมรูป. 8) OEUs ที่มีการอ้างอิง Otus ถูก
เลือกให้เป็นตัวแทนกระบวนการถ่ายแบบแต่ละเพราะวรรณกรรมที่มีอยู่เกี่ยวกับ
การอ้างอิง OTU แสดงให้เห็นว่าผู้ที่ดำเนินการ Otus ว่ากระบวนการสร้างแบบจำลอง ในการกำหนด
OEU ถึงกระบวนการที่เรายังต้องว่ากระบวนการที่ประเมินไว้เป็นหนึ่งในสอง
กระบวนการน้อยห่างไกลจาก OEU ว่าตามที่อธิบายไว้ข้างต้นยกเว้นก๊าซมีเทน
ออกซิเดชันออกซิเจนซึ่งไม่ได้อยู่ในที่ต่ำที่สุดสองระยะทางสำหรับ OEU ว่า ( ดู
ส่วน 'คำอธิบาย').
การเชื่อมโยงลำดับเครื่องหมายการจัดหมวดหมู่ที่มียีนที่ทำงาน ข้อมูลสำหรับ 16S rRNA
ยีนผลิตภัณฑ์ฟิวชั่นที่มีทั้งการคัดเลือก (dsrB) และไม่ได้รับเลือก (บาร์โค้ด)
ลำดับการทดลองที่ได้รับจาก analysis26 ก่อนหน้านี้ สั้น ๆ , 7 มิลลิลิตรของน้ำ
จากทั้ง 2 เมตรและ 21 เมตรตัวอย่างที่ 12 สิงหาคม 2013 เพิ่มถึง 7 มล. 50%
กลีเซอรีน (25% ความเข้มข้นสุดท้าย) เพื่อรักษาความสมบูรณ์เมมเบรนสำหรับเซลล์เดียว
เทคนิคแล้ววางทันทีในที่แห้ง น้ำแข็งและเก็บไว้ที่ -80 องศาเซลเซียส 16S rRNA
ลำดับยีนหลอมรวมกับบาร์โค้ดหยด 20 bp ในการควบคุมผลกระทบของ
โปรโตคอล จำกัด เกี่ยวกับความหลากหลาย ในปฏิกิริยาที่แยกจากกัน 16S rRNA ลำดับยีน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เปรียบเทียบและ oeus กระบวนการชีวธรณีเคมี . เรายืนยันว่า บาง oeusเกี่ยวข้องกับบางตัวละครโดยการเปรียบเทียบเชิงกระบวนการชีวธรณีเคมีการกระจายของ oeus จำลองกระบวนการและตามคู่มือและไบโอ นฟ ์เมติกการอนุมาน เฉลี่ยระยะทางแบบยุคลิดในแต่ละขั้นตอนทั้งหมดในภายใน oeuคํานวณ ( เพิ่มเติมรูปที่ 8 ) oeus ที่มีการอ้างอิงในคือเลือกที่จะเป็นตัวแทนของแต่ละตัวละคร เพราะวรรณกรรมเกี่ยวกับกระบวนการที่มีอยู่แสดงให้เห็นว่าผู้กระทำการ otu อ้างอิงในที่จำลองกระบวนการ มอบหมายการ oeu ไปยังกระบวนการเรายังกำหนดว่า กระบวนการใดๆ เป็นหนึ่งใน สองกระบวนการน้อย ห่างจากที่ oeu ตามที่อธิบายไว้ข้างต้นยกเว้นก๊าซมีเทนปฏิกิริยากับออกซิเจน ซึ่งไม่ได้อยู่ในสุดสองระยะทางที่ oeu ( ดู" สนทนา " )การศึกษาลำดับยีนเครื่องหมายเชื่อมโยงกับการทํางาน ข้อมูล 16S rRNAยีนผลิตภัณฑ์ฟิวชั่นที่มีทั้งงาน ( dsrb ) และไม่เลือก ( บาร์โค้ด )การทดลองดับที่ได้รับจาก analysis26 ก่อนหน้า สั้น ๆ , 7 ml ของน้ำจากทั้ง 2 และ 21 เมตร ตัวอย่าง เมื่อวันที่ 12 สิงหาคม 2013 เพิ่ม 7 ml 50%กลีเซอรอล ( 25% สุดท้ายความเข้มข้น ) เพื่อรักษาความสมบูรณ์สำหรับเยื่อเซลล์เดี่ยวเทคนิค แล้วก็วางไว้บนน้ำแข็งแห้งและเก็บไว้ที่บริษัท เวสเทิร์น เบส 16S rRNA 80 องศายีน ลำดับถูกผสมกับบาร์โค้ด 20 BP ควบคุมผลของหยดพิธีสารว่าด้วยการความหลากหลาย ในปฏิกิริยาการแยกลำดับเบส 16S rRNA ยีนคือ