Cellular clusters visible in GFP-ex

Cellular clusters visible in GFP-expressing biofilms
were colocalized with the signal from a Texas Red conjugate
of the lectin concanavalin A (ConA; Figure 2B)
and with the DNA binding dye 4′,6-diamidino-2-phenylindole
(DAPI; Figure 2C,D,E). ConA is known to
bind a-manopyranosyl and a-glucopyranosyl residues
within glyconjugates of haloarchaeal biofilms [38].
DAPI was selected as an extracellular DNA stain for
our CLSM study because it is known to stain eDNA
preferentially in haloarchaeal biofilms [38]. Fröls and
coworkers [38] used three nucleic acid dyes to distinguish
between extracellular and intracellular DNA
in biofilms formed by H. volcanii and additional
haloarchaeal strains, and showed that: (a) only acridine
orange stained individual live cells, appearing similar
our use of the cell permeable nucleic acid dye SYTO 9(Additional file 1: Figure S2), (b) the signal from DAPI
appeared nebulous and granular and was colocalized
with microcolonies, (c) simultaneous staining with 7-
hydroxy-9H-1-3-dichloro-9,9-dimenthylacridin-2-one
(DDAO), a nucleic acid dye considered completely impermeable
to cells, led to an essentially identical pattern
of fluorescence signals, and (d) very few non-viable cells
are present within H. volcanii biofilms (even after
30 days of incubation), suggesting that the observed DAPI
signal was not from dead cells. Our CLSM analysis also
showed colocalization of DAPI-stained material with
microcolonies and a lack of signal from individual cells.
Further three-dimensional reconstruction of DAPI-stained
GFP-expressing biofilms revealed that DNA was concentrated
in the basal layer of the biofilm and dispersed
as plume-like structures at the top of larger
towers (Figure 2C,D,E; lower panels).

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

กลุ่มมือถือมองเห็นได้ในไบโอฟิล์ม GFP-แสดงความ
ถูก colocalized กับสัญญาณจากเท็กซัสคอนจูเกตสีแดง
ของเลคติน concanavalin (Cona รูปที่ 2B)
และสีย้อมที่มีผลผูกพันดีเอ็นเอ 4 '6 diamidino-2-phenylindole
(DAPI; รูป 2C , D, E) Cona เป็นที่รู้จักกัน
ผูก-manopyranosyl และสารตกค้าง-glucopyranosyl
ภายใน glyconjugates ของไบโอฟิล์ม haloarchaeal [38].
DAPI ได้รับเลือกเป็นคราบดีเอ็นเอ extracellular สำหรับ
การศึกษา CLSM ของเราเพราะมันเป็นที่รู้จักกันเปื้อน EDNA
ตัวในไบโอฟิล์ม haloarchaeal [38] Frölsและ
เพื่อนร่วมงาน [38] ใช้สามสีย้อมกรดนิวคลีอิกที่จะแยกแยะความแตกต่าง
ระหว่างดีเอ็นเอในเซลล์และนอกเซลล์
ในไบโอฟิล์มที่เกิดขึ้นโดยเอช volcanii และเพิ่มเติม
สายพันธุ์ haloarchaeal และแสดงให้เห็นว่า (ก) เพียง acridine
ส้มย้อมเซลล์สดบุคคลที่ปรากฏคล้าย
การใช้งานของเรา กรดนิวคลีอิกเซลล์ดูดซึมสีย้อม Syto 9 (แฟ้มเพิ่มเติม 1: รูปที่ S2) (ข) สัญญาณจาก DAPI
ปรากฏชัดเจนและเม็ดและถูก colocalized
กับ microcolonies (ค) การย้อมสีพร้อมกันกับ 7-
hydroxy-9H-1-3- dichloro-9,9-dimenthylacridin-2-หนึ่ง
(DDAO), สีย้อมกรดนิวคลีอิกถือว่าผ่านไม่สมบูรณ์
ไปยังเซลล์นำไปสู่รูปแบบที่เหมือนกันเป็นหลัก
ของการส่งสัญญาณการเรืองแสงและ (ง) น้อยมากเซลล์ที่ไม่ทำงาน
ที่มีอยู่ภายในเอช volcanii ไบโอฟิล์ม (แม้หลังจาก
30 วันของการบ่ม) บอกว่าสังเกต DAPI
สัญญาณไม่ได้มาจากเซลล์ที่ตายแล้ว การวิเคราะห์ CLSM ของเรายัง
แสดงให้เห็น colocalization ของวัสดุ DAPI เปื้อนกับ
microcolonies และขาดสัญญาณจากแต่ละเซลล์.
เพิ่มเติมฟื้นฟูสามมิติของ DAPI เปื้อน
ไบโอฟิล์ม GFP-แสดงเปิดเผยว่าดีเอ็นเอเข้มข้น
ในชั้นฐานของไบโอฟิล์มและแยกย้ายกันไป
เป็น โครงสร้างเหมือนขนนกที่ด้านบนของขนาดใหญ่
อาคาร (รูปที่ 2C, D, E; แผงล่าง)