2.3. EIV-specific primer design usi

2.3. EIV-specific primer design using primers4clades and MPprimer

Based on the above mentioned rationale, primers4clades (Contreras-Moreira et al., 2009), which is based on the CODEHOP (Consensus Degenerate HybridOligo-nucleotide Primer) primer design strategy (Rose, 2005 and Rose et al., 1998) of designing primers based on clades, was used to design EIV-specific primers among complex lineage groups. However, due to the limited number of input sequences for the analysis, representative influenza viral sequences isolated at different years in various continents and consensus sequences from each distinct lineage were used to generate candidate primer sets. Using the program, the sequences were analyzed under the cluster sequences (i.e., advanced mode) with some parameter changes (i.e., a suitable Tm (55 °C) for the consensus clamp, GTR + G model, and 250–750 amplicons) to find optimized primers and PCR regions. Additionally, to design four multiplex PCR primer sets, MPprimer (Shen et al., 2010) was employed to search appropriate PCR regions and primer sets for each segment. Results obtained from both applications were investigated in complement to each other, and overlapping or similar PCR regions and primer sets were selected.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.3. EIV เฉพาะรองพื้นออกแบบโดยใช้ primers4clades และ MPprimerตามเหตุผลดังกล่าวข้างต้น primers4clades (Contreras Moreira ร้อยเอ็ด 2009), ซึ่งเป็นไปตาม CODEHOP (Degenerate มติ HybridOligo-นิวคลีโอไทด์ไพรเมอร์) รองพื้นออกแบบกลยุทธ์ (Rose, 2005 และกุหลาบ et al. 1998) การออกแบบไพรเมอร์อิง clades ใช้ในการออกแบบไพรเมอร์ EIV เฉพาะในกลุ่มคนเชื้อสายที่ซับซ้อน อย่างไรก็ตาม เนื่องจากการลำดับการป้อนข้อมูลสำหรับการวิเคราะห์จำนวนจำกัด ลำดับไวรัสไข้หวัดใหญ่ตัวแทนแยกปีแตกต่างกันในทวีปต่าง ๆ และลำดับฉันทามติจากเชื้อแต่ละสายแตกต่างกันถูกใช้ในการสร้างผู้สมัครชุดรองพื้น ใช้โปรแกรม ลำดับที่ได้วิเคราะห์ภายใต้ลำดับคลัสเตอร์ (เช่น โหมดขั้นสูง) ด้วยการเปลี่ยนแปลงบางพารามิเตอร์ (เช่น เหมาะ Tm (55 ° C) สำหรับยึดมติ GTR + รุ่น G และ amplicons 250-750) ไพรเมอร์ค้นหาที่ดีที่สุดและภูมิภาค PCR นอกจากนี้ การออกแบบชุดรองพื้น PCR มัลติเพล็กซ์ 4, MPprimer (Shen et al. 2010) ถูกจ้างค้นภูมิภาค PCR ที่เหมาะสมและชุดรองพื้นแต่ละเซ็กเมนต์ ผลลัพธ์ที่ได้จากโปรแกรมประยุกต์ทั้งสองถูกสอบสวนในส่วนเติมเต็มให้กันและกัน แล้วเลือกภูมิภาค PCR ที่ทับซ้อนกัน หรือคล้ายกันและชุดรองพื้น

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.3 EIV เฉพาะการออกแบบไพรเมอร์ใช้ primers4clades และ MPprimer จากเหตุผลดังกล่าวข้างต้น primers4clades (Contreras-อิ et al., 2009) ซึ่งจะขึ้นอยู่กับ CODEHOP (Consensus เลว HybridOligo-เบสรองพื้น) กลยุทธ์การออกแบบไพรเมอร์ (โรสปี 2005 และ โรส et al., 1998) ของการออกแบบไพรเมอร์ขึ้นอยู่กับ clades ถูกนำมาใช้ในการออกแบบไพรเมอร์ EIV เฉพาะกลุ่มเชื้อสายซับซ้อน แต่เนื่องจากจำนวนที่ จำกัด ของลำดับการป้อนข้อมูลสำหรับการวิเคราะห์ตัวแทนไข้หวัดใหญ่ลำดับของเชื้อไวรัสที่แยกได้ในปีที่แตกต่างกันในทวีปต่างๆและลำดับฉันทามติจากเชื้อสายแต่ละที่แตกต่างกันถูกนำมาใช้ในการสร้างชุดผู้สมัครไพรเมอร์ การใช้โปรแกรมที่ลำดับวิเคราะห์ภายใต้ลำดับคลัสเตอร์ (เช่นโหมดขั้นสูง) โดยมีการเปลี่ยนแปลงบางอย่างพารามิเตอร์ (เช่นที่เหมาะสม Tm (55 ° C) สำหรับยึดฉันทามติรุ่น GTR + G และ 250-750 amplicons) เพื่อ พบไพรเมอร์ที่ดีที่สุดและภูมิภาค PCR นอกจากนี้การออกแบบสี่ multiplex PCR ชุดไพรเมอร์ MPprimer (Shen et al., 2010) ถูกจ้างมาเพื่อค้นหาภูมิภาค PCR ที่เหมาะสมและชุดไพรเมอร์สำหรับแต่ละเซ็กเมนต์ ผลที่ได้รับจากการใช้งานทั้งสองถูกสอบสวนในการเติมเต็มให้กับแต่ละอื่น ๆ และที่ทับซ้อนกันหรือคล้ายภูมิภาค PCR และชุดไพรเมอร์ได้รับการคัดเลือก

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.3 eiv เฉพาะการออกแบบและใช้รองพื้น primers4clades mpprimerตามข้างต้นที่กล่าวถึงเหตุผล primers4clades ( Contreras โมไรร่า et al . , 2009 ) ซึ่งจะขึ้นอยู่กับ codehop ( เอกฉันท์ทราม hybridoligo เบสไพรเมอร์ ) กลยุทธ์การออกแบบไพรเมอร์ ( กุหลาบ , 2005 และกุหลาบ et al . , 1998 ) ออกแบบไพรเมอร์จาก clades ถูกใช้เพื่อออกแบบไพรเมอร์ที่เฉพาะเจาะจง eiv ในกลุ่มสายเลือด คอมเพล็กซ์ . อย่างไรก็ตาม เนื่องจากการจำกัดจำนวนลำดับข้อมูลสำหรับการวิเคราะห์ตัวแทนไข้หวัดใหญ่ไวรัสลำดับแยกปีต่าง ๆ ในทวีปต่าง ๆ และลำดับวงศ์ตระกูลเป็นฉันทามติจากแต่ละที่แตกต่างกันที่ใช้ในการสร้างผู้ใช้ชุด ใช้โปรแกรม ดังนี้ วิเคราะห์ภายใต้กลุ่มลำดับ ( เช่นโหมดขั้นสูง ) กับการเปลี่ยนแปลงพารามิเตอร์ ( เช่น เป็น TM เหมาะ ( 55 ° C ) สำหรับฉันทามติหนีบ GTR + G รุ่น 250 และ 750 amplicons ) เพื่อหาชนิดและ PCR ภูมิภาคที่ดีที่สุด นอกจากนี้ การออกแบบสี่ชุด PCR ไพรเมอร์ multiplex mpprimer ( Shen et al . , 2010 ) มาใช้ในการค้นหา ) และชุดไพรเมอร์สำหรับภูมิภาคที่เหมาะสมแต่ละปล้อง ผลลัพธ์ที่ได้จากทั้งสองโปรแกรมควรเติมเต็มให้กันและกัน และทับซ้อนกันหรือขอบเขต PCR และชุดไพรเมอร์ที่ถูกคัดเลือก