คุณแม่เทเรซา เกิดเมื่อวันที่ 27 สิงหาคม พ.ศ. 2453 (ค.ศ. 1910) ที่เมืองสโกเปีย จักรวรรดิออตโตมัน (ปัจจุบันคือเมืองหลวงของประเทศมาซิโดเนีย) เป็นบุตรคนสุดท้องของบิดานิโกลา (Nikola) กับมารดา ดราเน (Drane Bojaxhiu) ครอบครัวชนชั้นกลางเชื้อสายอัลเบเนีย เธอมีชื่อเดิมว่า "แอ็กเนส กอนจา โบยาจู" (Agnes Gonxha Bojaxhiu) มีบิดาเป็นชาวคริสต์ที่เคร่งครัดในหลักศาสนา ซึ่งทำให้ตั้งแต่วัยเด็กแอ็กเนสชอบไปโบสถ์ฟังบาทหลวงเทศน์มาโดยตลอด