2.4. Sequence analysesSequence data

2.4. Sequence analyses

Sequence data were compiled using Seqaid Version 3.6 (Rhoads and Roufa, 1985). Multiple sequence alignments were made using Clustal W (Thompson et al., 1994). Phylogenetic tree was constructed by Neighborhood Joining Bootstrap method (Bootstrap analysis with 1000 replicates) in Clustal X (1.81) and rooted tree was generated using TREEVIEW software (Win 32) (Page, 1996). The 16S rDNA nucleotide sequences of other phytoplasma isolates used for comparison (Table 1) were obtained from GenBank (Benson et al., 1999). The BLAST programme (Altschul et al., 1997) was used to identify related sequences available from the GenBank database.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.4 การลำดับวิเคราะห์ข้อมูลลำดับถูกคอมไพล์โดยใช้ Seqaid เวอร์ชัน 3.6 (Rhoads และ Roufa, 1985) จัดลำดับหลายแนวได้ทำการใช้ W Clustal (ทอมป์สันและ al., 1994) Phylogenetic tree ถูกสร้าง โดยวิธีพื้นที่ใกล้เคียงเข้าร่วม Bootstrap (เริ่มต้นระบบวิเคราะห์ ด้วยเหมือนกับ 1000) ใน Clustal X (1.81) และรากต้นไม้โดย TREEVIEW ซอฟต์แวร์ (ชนะ 32) (หน้า 1996) ลำดับ 16S rDNA การนิวคลีโอไทด์ของอื่น ๆ phytoplasma แยกใช้สำหรับการเปรียบเทียบ (ตาราง 1) ได้รับจาก GenBank (Benson et al., 1999) โปรแกรมระเบิด (Altschul และ al., 1997) ถูกใช้เพื่อระบุลำดับที่เกี่ยวข้องจากฐานข้อมูลของ GenBank

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.4 ลำดับวิเคราะห์ข้อมูลลำดับถูกรวบรวมโดยใช้ Seqaid เวอร์ชั่น 3.6 (โรดห์และ Roufa, 1985) การจัดแนวหลายลำดับที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ Clustal วัตต์ (ธ อมป์สัน et al., 1994) Phylogenetic ต้นไม้ถูกสร้างขึ้นจากพื้นที่ใกล้เคียงเข้าร่วมวิธีการบูต (วิเคราะห์ Bootstrap 1000 ซ้ำ) ใน Clustal X (1.81) และต้นไม้ที่หยั่งรากถูกสร้างขึ้นโดยใช้ซอฟต์แวร์ TREEVIEW (Win 32) (หน้า 1996) 16S rDNA ลำดับเบสของแยก phytoplasma อื่น ๆ ที่ใช้สำหรับการเปรียบเทียบ (ตารางที่ 1) ที่ได้รับจาก GenBank (เบนสัน et al., 1999) โปรแกรม BLAST (Altschul et al., 1997) ถูกนำมาใช้เพื่อระบุลำดับที่เกี่ยวข้องที่มีอยู่จากฐานข้อมูล GenBank

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.4 . การวิเคราะห์ลำดับข้อมูลเป็นลำดับ

รวบรวมโดยใช้ seqaid เวอร์ชั่น 3.6 ( โรดส์ และ roufa , 1985 ) การทำโดยใช้ลำดับหลาย clustal W ( Thompson et al . , 1994 ) phylogenetic ต้นไม้ถูกสร้างขึ้นโดยชุมชนร่วมกับวิธีบูตสแตรป ( บูการวิเคราะห์กับ 1000 ซ้ำ ) ใน clustal X ( เมีย ) และรากต้นไม้ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ซอฟต์แวร์เพลง ( ชนะ 32 ) ( หน้า , 1996 )การลำดับเบส 16S rDNA ของเชื้อไฟโตพลาสมาอื่น ๆสามารถใช้สำหรับการเปรียบเทียบ ( ตารางที่ 1 ) ได้จากขนาด ( เบนสัน et al . , 1999 ) ระเบิดรายการ ( แอลเชิล et al . , 1997 ) ถูกใช้เพื่อระบุลำดับของจากที่เกี่ยวข้องกับขนาดของฐานข้อมูล