ประโยชน์ที่ร่างกายจะได้รับจากดอกอัญชันมีหลายประการดังนี้
1. เป็นเครื่องดื่มดับกระหาย มีสารแอนโธไซยานิน มีฤทธิ์เป็นสารต้านอนุมูลอิสระ เสริมภูมิต้านทาน
2. ใช้เป็นสีผสมอาหาร โดยเฉพาะในขนมไทย เช่น ขนมชั้น ขนมน้ำดอกไม้
3. สารแอนโธไซยานิน มีอยู่มากในดอกอัญชัน มีประโยชน์ต่อสุขภาพ เช่น ช่วยเพิ่มความสามารถในการมองเห็น เนื่องจากสารตัวนี้จะไปเพิ่มการไหลเวียนในหลอดเลือดเล็ก ๆ เช่น หลอดเลือดส่วนปลาย ทำให้กลไกที่ทำงานเกี่ยวกับการมองเห็นแข็งแรงขึ้น เพราะมีเลือดไหลเวียนมาเลี้ยงมากขึ้น ในขณะนี้ก็มีการศึกษาวิจัยทางคลินิก เกี่ยวกับความสามารถของแอนโธไซยานิน ในการเพิ่มประสิทธิภาพของดวงตา เช่น ตาเสื่อมจากโรคเบาหวาน โรคต้อหิน โรคต้อกระจก เป็นต้น