heoryA new test for balancing selectionIn this section, we provide a b การแปล - heoryA new test for balancing selectionIn this section, we provide a b ไทย วิธีการพูด

heoryA new test for balancing selec

heory

A new test for balancing selection

In this section, we provide a basic overview of a new test for balancing selection, and we describe the method in greater detail in the sections entitled Kaplan-Darden-Hudson model, Solving the recursion relation, A composite likelihood ratio test based on polymorphism and substitution, and A composite likelihood ratio test based on frequency spectra and substitutions sections. We have developed a new statistical method for detecting balancing selection, which is based on the model of Kaplan, Darden, and Hudson [20], [21] (full details provided in the Kaplan-Darden-Hudson model section). Under this model, we calculate the expected distribution of allele frequencies using simulations, and approximate the probability of observing a fixed difference or polymorphism at a site as a function of its genomic distance to a putative site under balancing selection. Using these calculations, we construct composite likelihood tests that can be used to identify sites under balancing selection, similar to the approaches by Kim and Stephan [23] and Nielsen et al. [26] for detecting selective sweeps.

Basic framework

Consider a biallelic site An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e005.jpg that is under strong balancing selection and maintains an allele An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e006.jpg at frequency An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e007.jpg and an allele An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e008.jpg at frequency An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e009.jpg. Consider a neutral locus An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e010.jpg that is linked to the selected locus An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e011.jpg. Denote the scaled recombination rate between the selected locus and the neutral locus as An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e012.jpg, where An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e013.jpg is the diploid population size and An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e014.jpg is the per-generation recombination rate. Assume we have a sample of An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e015.jpg genomes from an ingroup species (e.g., humans) and a single genome from an outgroup species (e.g., chimpanzee). From these data, we can estimate the genome-wide expected coalescence time An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e016.jpg between the ingroup and outgroup species (see Materials and Methods for details). Also, under the Kaplan-Darden-Hudson model, we can obtain the expected tree length An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e017.jpg and height An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e018.jpg for a sample of An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e019.jpg lineages affected by balancing selection by solving a set of recursive equations using the numerical approach described in the Solving the recursion relation. The relationship among An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e020.jpg, An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e021.jpg, and An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e022.jpg is depicted in Figure 1A. Assuming a small mutation rate, the probability that a site is polymorphic under a model of balancing selection, given that it contains either a polymorphism or a substitution (fixed difference), is
equation image
0/5000
จาก: -
เป็น: -
ผลลัพธ์ (ไทย) 1: [สำเนา]
คัดลอก!
heoryA new test for balancing selectionIn this section, we provide a basic overview of a new test for balancing selection, and we describe the method in greater detail in the sections entitled Kaplan-Darden-Hudson model, Solving the recursion relation, A composite likelihood ratio test based on polymorphism and substitution, and A composite likelihood ratio test based on frequency spectra and substitutions sections. We have developed a new statistical method for detecting balancing selection, which is based on the model of Kaplan, Darden, and Hudson [20], [21] (full details provided in the Kaplan-Darden-Hudson model section). Under this model, we calculate the expected distribution of allele frequencies using simulations, and approximate the probability of observing a fixed difference or polymorphism at a site as a function of its genomic distance to a putative site under balancing selection. Using these calculations, we construct composite likelihood tests that can be used to identify sites under balancing selection, similar to the approaches by Kim and Stephan [23] and Nielsen et al. [26] for detecting selective sweeps.Basic frameworkConsider a biallelic site An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e005.jpg that is under strong balancing selection and maintains an allele An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e006.jpg at frequency An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e007.jpg and an allele An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e008.jpg at frequency An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e009.jpg. Consider a neutral locus An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e010.jpg that is linked to the selected locus An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e011.jpg. Denote the scaled recombination rate between the selected locus and the neutral locus as An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e012.jpg, where An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e013.jpg is the diploid population size and An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e014.jpg is the per-generation recombination rate. Assume we have a sample of An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e015.jpg genomes from an ingroup species (e.g., humans) and a single genome from an outgroup species (e.g., chimpanzee). From these data, we can estimate the genome-wide expected coalescence time An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e016.jpg between the ingroup and outgroup species (see Materials and Methods for details). Also, under the Kaplan-Darden-Hudson model, we can obtain the expected tree length An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e017.jpg and height An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e018.jpg for a sample of An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e019.jpg lineages affected by balancing selection by solving a set of recursive equations using the numerical approach described in the Solving the recursion relation. The relationship among An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e020.jpg, An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e021.jpg, and An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is pgen.1004561.e022.jpg is depicted in Figure 1A. Assuming a small mutation rate, the probability that a site is polymorphic under a model of balancing selection, given that it contains either a polymorphism or a substitution (fixed difference), isequation image
การแปล กรุณารอสักครู่..
ผลลัพธ์ (ไทย) 2:[สำเนา]
คัดลอก!
heory การทดสอบใหม่สำหรับการเลือกสมดุลในส่วนนี้เราให้ภาพรวมพื้นฐานของการทดสอบใหม่สำหรับการปรับสมดุลการเลือกและเราจะอธิบายวิธีการในรายละเอียดมากขึ้นในส่วนที่มีสิทธิ Kaplan-Darden ฮัดสันรุ่นแก้ความสัมพันธ์เรียกซ้ำตัวเอง, A คอมโพสิต ความน่าจะเป็นอัตราส่วนการทดสอบบนพื้นฐานของความแตกต่างและทดแทนและ A น่าจะเป็นคอมโพสิตอัตราส่วนการทดสอบขึ้นอยู่กับส่วนสเปกตรัมความถี่และการแทน เราได้มีการพัฒนาวิธีการทางสถิติใหม่สำหรับการตรวจสอบการเลือกสมดุลซึ่งจะขึ้นอยู่กับรูปแบบของแคปแลน Darden และฮัดสัน [20] [21] (รายละเอียดที่ระบุไว้ในส่วนรูปแบบ Kaplan-Darden ฮัดสัน) ภายใต้รูปแบบนี้เราคำนวณการกระจายที่คาดหวังของความถี่อัลลีลโดยใช้แบบจำลองและใกล้เคียงกับความน่าจะเป็นในการสังเกตความแตกต่างที่คงที่หรือความแตกต่างที่เว็บไซต์เป็นฟังก์ชั่นของระยะทางจีโนมของเว็บไซต์สมมุติภายใต้การเลือกสมดุล โดยใช้การคำนวณเหล่านี้เราสร้างโอกาสในการทดสอบคอมโพสิตที่สามารถนำมาใช้เพื่อระบุไซต์ภายใต้การเลือกสมดุลคล้ายกับวิธีการโดยคิมและสเตฟาน [23] และนีลเซ่น, et al [26] สำหรับการตรวจสอบเรตติ้งเลือก. กรอบพื้นฐานพิจารณาเว็บไซต์ biallelic ไฟล์ภายนอกที่ถือภาพภาพประกอบ ฯลฯ ชื่อวัตถุเป็น pgen.1004561.e005.jpg ที่อยู่ภายใต้การเลือกสมดุลที่แข็งแกร่งและรักษาอัลลีลไฟล์ภายนอกที่ ถือภาพภาพประกอบ ฯลฯ ชื่อวัตถุเป็น pgen.1004561.e006.jpg ที่ความถี่ไฟล์ภายนอกที่ถือภาพภาพประกอบ ฯลฯ ชื่อวัตถุเป็น pgen.1004561.e007.jpg และอัลลีลเป็นนักการแฟ้มภายนอกที่ถือ ภาพภาพประกอบ ฯลฯ ชื่อวัตถุเป็น pgen.1004561.e008.jpg ที่ความถี่ไฟล์ภายนอกที่ถือภาพภาพประกอบ ฯลฯ ชื่อวัตถุเป็น pgen.1004561.e009.jpg พิจารณาสถานที่ที่เป็นกลางไฟล์ภายนอกที่ถือภาพภาพประกอบ ฯลฯ ชื่อวัตถุเป็น pgen.1004561.e010.jpg ที่เชื่อมโยงกับสถานที่ที่เลือกไฟล์ภายนอกที่ถือภาพภาพประกอบ ฯลฯ ชื่อวัตถุเป็น pgen 1004561.e011.jpg แสดงว่าอัตราการปรับตัวกันอีกครั้งระหว่างสถานที่ที่เลือกและทีเป็นกลางเป็นไฟล์ภายนอกที่ถือภาพภาพประกอบ ฯลฯ ชื่อวัตถุเป็น pgen.1004561.e012.jpg ที่ไฟล์ภายนอกที่ถือภาพ, ภาพประกอบ ฯลฯ ชื่อวัตถุเป็น pgen.1004561.e013.jpg มีขนาดประชากรซ้ำไฟล์และภายนอกที่มีภาพภาพประกอบ ฯลฯ ชื่อวัตถุเป็น pgen.1004561.e014.jpg เป็นรุ่นต่ออัตราการรวมตัวกันอีก สมมติว่าเรามีตัวอย่างของไฟล์ภายนอกที่ถือภาพภาพประกอบ ฯลฯ ชื่อวัตถุเป็นจีโนมจาก pgen.1004561.e015.jpg ชนิด ingroup (เช่นมนุษย์) และจีโนมเดียวจากสายพันธุ์ outgroup (เช่นลิงชิมแปนซี ) จากข้อมูลเหล่านี้เราสามารถประมาณการที่คาดว่าทั้งจีโนมเวลาการเชื่อมต่อกันไฟล์ภายนอกที่ถือภาพ, ภาพประกอบ ฯลฯ ชื่อวัตถุเป็น pgen.1004561.e016.jpg ระหว่างกลุ่มภายในและพันธุ์ outgroup (ดูวัสดุและวิธีการสำหรับรายละเอียด) . นอกจากนี้ภายใต้รูปแบบ Kaplan-Darden ฮัดสันเราสามารถได้รับความยาวต้นคาดว่าไฟล์ภายนอกที่ถือภาพภาพประกอบ ฯลฯ วัตถุชื่อ pgen.1004561.e017.jpg และความสูงของไฟล์ภายนอกที่เก็บภาพ ภาพประกอบ ฯลฯ ชื่อวัตถุ pgen.1004561.e018.jpg เป็นตัวอย่างของไฟล์ภายนอกที่ถือภาพภาพประกอบ ฯลฯ ชื่อวัตถุ lineages pgen.1004561.e019.jpg รับผลกระทบจากการปรับสมดุลการเลือกโดยการแก้ชุดของ สม recursive ใช้วิธีการคำนวณที่ระบุไว้ในการแก้ความสัมพันธ์เรียกซ้ำตัวเอง ความสัมพันธ์ระหว่างไฟล์ภายนอกที่ถือภาพภาพประกอบ ฯลฯ ชื่อวัตถุเป็น pgen.1004561.e020.jpg, ไฟล์ภายนอกที่ถือภาพภาพประกอบ ฯลฯ ชื่อวัตถุเป็น pgen.1004561.e021.jpg และ แฟ้มภายนอกที่ถือภาพภาพประกอบ ฯลฯ ชื่อวัตถุ pgen.1004561.e022.jpg เป็นที่ปรากฎในรูปที่ 1A สมมติว่าอัตราการกลายพันธุ์ขนาดเล็กน่าจะเป็นที่เว็บไซต์เป็น polymorphic ภายใต้รูปแบบของการเลือกสมดุลให้ที่มันมีทั้งความแตกต่างหรือทดแทน (ความแตกต่างคงที่) เป็นภาพที่สม








การแปล กรุณารอสักครู่..
ผลลัพธ์ (ไทย) 3:[สำเนา]
คัดลอก!
heory

ใหม่ทดสอบสมดุลเลือก

ในส่วนนี้ , เราให้ภาพรวมพื้นฐานของการทดสอบใหม่สำหรับการเลือก และบรรยายถึงวิธีการในรายละเอียดมากขึ้นในส่วนสิทธิ Kaplan Darden ฮัดสันรูปแบบการแก้ปัญหาความสัมพันธ์การเรียกซ้ำ , คอมโพสิตและโอกาสทดสอบอัตราส่วนตามรูปแบบการและโอกาสทดสอบอัตราส่วนผสมตามสเปกตรัมความถี่และการแทนส่วน เราได้พัฒนาวิธีการใหม่สำหรับการตรวจหาความสมดุลทางเลือก ซึ่งขึ้นอยู่กับรูปแบบของ กาแพน , Darden , และฮัดสัน [ 20 ] , [ 21 ] ( รายละเอียดให้ในส่วนของ Kaplan Darden ฮัดสันรุ่น ) ในรุ่นนี้เราสามารถคาดหวังกระจายความถี่โดยใช้การจำลองและประมาณความน่าจะเป็นของการสังเกตความแตกต่างหรือคงที่ ) ที่เว็บไซต์เป็นฟังก์ชันของระยะทางไปยังเว็บไซต์ที่มีการแสดงออกในการเลือก โดยใช้การคำนวณเหล่านี้เราสร้างแบบทดสอบความน่าจะเป็นคอมโพสิตที่สามารถใช้เพื่อระบุเว็บไซต์ภายใต้ดุล การเลือกคล้ายกับวิธีโดยคิมและสตีเฟ่น [ 23 ] และ Nielsen et al . [ 26 ] สำหรับการเลือกพื้นฐานกรอบกวาด .



พิจารณา biallelic เว็บไซต์ภายนอกไฟล์ที่มีรูปภาพ , ภาพประกอบ ฯลฯ วัตถุชื่อ pgen.1004561.e005.jpg ที่อยู่ภายใต้การรักษาสมดุลและแข็งแรงในแฟ้มภายนอกนั้นยังคงภาพ , ภาพประกอบ ฯลฯ วัตถุชื่อ pgen.1004561 .e006.jpg ความถี่ภายนอกไฟล์ที่มีรูปภาพ , ภาพประกอบ ฯลฯ วัตถุชื่อ pgen.1004561.e007.jpg และปัจจัยเสี่ยงภายนอกไฟล์ที่มีรูปภาพ , ภาพประกอบ ฯลฯ วัตถุชื่อ pgen.1004561.e008.jpg ความถี่ภายนอกไฟล์ที่มีรูปภาพ , ภาพประกอบ ฯลฯ วัตถุชื่อ pgen.1004561.e009.jpg . พิจารณาตนเป็นกลางภายนอกไฟล์ที่เก็บรูปภาพประกอบ ฯลฯ วัตถุชื่อ pgen.1004561.e010.jpg ที่เชื่อมโยงกับความเชื่ออำนาจภายนอกที่เลือกไฟล์ที่มีรูปภาพ , ภาพประกอบ ฯลฯ วัตถุชื่อ pgen.1004561.e011.jpg . แสดงถึงการปรับอัตราระหว่างความเชื่อและความเชื่อที่เป็นกลางเป็นภายนอกไฟล์ที่มีรูปภาพ , ภาพ , ฯลฯ เป็นชื่อ pgen.1004561.e012.jpg วัตถุ ,
การแปล กรุณารอสักครู่..
 
ภาษาอื่น ๆ
การสนับสนุนเครื่องมือแปลภาษา: กรีก, กันนาดา, กาลิเชียน, คลิงออน, คอร์สิกา, คาซัค, คาตาลัน, คินยารวันดา, คีร์กิซ, คุชราต, จอร์เจีย, จีน, จีนดั้งเดิม, ชวา, ชิเชวา, ซามัว, ซีบัวโน, ซุนดา, ซูลู, ญี่ปุ่น, ดัตช์, ตรวจหาภาษา, ตุรกี, ทมิฬ, ทาจิก, ทาทาร์, นอร์เวย์, บอสเนีย, บัลแกเรีย, บาสก์, ปัญจาป, ฝรั่งเศส, พาชตู, ฟริเชียน, ฟินแลนด์, ฟิลิปปินส์, ภาษาอินโดนีเซี, มองโกเลีย, มัลทีส, มาซีโดเนีย, มาราฐี, มาลากาซี, มาลายาลัม, มาเลย์, ม้ง, ยิดดิช, ยูเครน, รัสเซีย, ละติน, ลักเซมเบิร์ก, ลัตเวีย, ลาว, ลิทัวเนีย, สวาฮิลี, สวีเดน, สิงหล, สินธี, สเปน, สโลวัก, สโลวีเนีย, อังกฤษ, อัมฮาริก, อาร์เซอร์ไบจัน, อาร์เมเนีย, อาหรับ, อิกโบ, อิตาลี, อุยกูร์, อุสเบกิสถาน, อูรดู, ฮังการี, ฮัวซา, ฮาวาย, ฮินดี, ฮีบรู, เกลิกสกอต, เกาหลี, เขมร, เคิร์ด, เช็ก, เซอร์เบียน, เซโซโท, เดนมาร์ก, เตลูกู, เติร์กเมน, เนปาล, เบงกอล, เบลารุส, เปอร์เซีย, เมารี, เมียนมา (พม่า), เยอรมัน, เวลส์, เวียดนาม, เอสเปอแรนโต, เอสโทเนีย, เฮติครีโอล, แอฟริกา, แอลเบเนีย, โคซา, โครเอเชีย, โชนา, โซมาลี, โปรตุเกส, โปแลนด์, โยรูบา, โรมาเนีย, โอเดีย (โอริยา), ไทย, ไอซ์แลนด์, ไอร์แลนด์, การแปลภาษา.

Copyright ©2025 I Love Translation. All reserved.

E-mail: