2.6. Bacterial community 16S rRNA s

2.6. Bacterial community 16S rRNA sequencing
For the August 2012 bulk soil samples, the ten soil cores from each
plot were homogenized together to produce a single plot sample. For
the May and July 2013 samples, three subsamples were used, each
consisting of three homogenized cores. DNA was extracted from homogenized
bulk soil samples and rhizosphere soil using MO BIO
PowerSoil kits (MO BIO Laboratories, Carlsbad, CA). Amplicons were
prepared using Nextera primers. Barcode indexing and sequencing of
16S rRNA (V5–V6 hypervariable region) were done by the University
of MN Genomics Center (St. Paul, MN). Amplicons were paired-end sequenced
on an Illumina MiSeq platform at a read length of 2 × 300 bp.
Sequencing and sequence data processing were similar to those described
previously (Staley et al., 2014).
Sequence data was processed and analyzed using mothur (Schloss
et al., 2012). Sequences were trimmed to 160 bp, paired-end joined,
and screened for quality. Singleton sequences and those identified as
chimeras by UCHIME (Edgar et al., 2011) were removed. Sequences
were aligned to the SILVA database (Quast et al., 2013). Sequence read
number was normalized by random subsampling to 35,724 reads per
Table 1
Soil physicochemical, functional, and bacterial community parameters measured in May
and July 2013 following cover crop and fertilizer incorporation.
Variable Determination
Physicochemical parameters
Moisture Gravimetric
Bray-P Bray 1-P extractant
K Water-soluble + exchangeable
NO3-N Nitrate and nitrite
SO4-S Extractable
Organic matter (OM) Loss on ignition method
Mg Exchangeable
Na Exchangeable
Ca Exchangeable
pH Water method
Functions
Net N mineralization (N-min) KCl extraction
Total respiration Gas chromatography
Corn yield Field sample
Β-glucosidase Fluorimetric assay
N-acetyl-β-D-glucosaminidase (NAGase) Fluorimetric assay
Phosphatase Fluorimetric assay
Bacterial community structure
Taxon abundances 16S V5-V6 rRNA sequencing
Diversity Inverse Simpson index
OTU richness Chao1 estimator
A.L. Fernandez et al. / Science of the Total Environment 566–567 (2016) 949–959 951
sample, and sequences corresponding to chloroplast lineages were removed.
Sequences were clustered into OTUs using the averageneighbor
algorithm at 97% similarity. The OTUs were classified to the
SILVA database. For May and July 2013 bulk samples, reads from all subsamples
were merged to create a single composite sample. The May and
July composite samples were rarefied by random subsampling to 97,124
reads and 91,684 reads, respectively

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.6. แบคทีเรียชุมชน 16S rRNA ลำดับสำหรับตัวอย่างดินจำนวนมาก 2555 สิงหาคม สิบดินจากแต่ละแกนพล็อตได้ homogenized ร่วมกันในการผลิตตัวอย่างพล็อตเดียว สำหรับพฤษภาคมและ 2013 กรกฎาคมตัวอย่าง subsamples สามถูกใช้ แต่ละประกอบด้วยแกน homogenized สาม ดีเอ็นเอที่ถูกแยกจาก homogenizedตัวอย่างดินจำนวนมากและใช้ชีวภาพหม้อดินไรโซสเฟียร์PowerSoil ชุด (ห้องปฏิบัติการชีวภาพ MO คาร์ลบาด แคลิฟอร์เนีย) Amplicons ได้เตรียมโดยใช้ไพรเมอร์ Nextera บาร์โค้ดจัดทำดัชนี และจัดลำดับของ16S rRNA (V5 – V6 hypervariable ภูมิภาค) ทำ โดยมหาวิทยาลัยของศูนย์ Genomics MN (St. Paul, MN) Amplicons ถูกจับส่วนที่เรียงลำดับบนแพลตฟอร์ม Illumina MiSeq ที่ทางยาวอ่าน 2 × 300 bpลำดับและลำดับการประมวลผลข้อมูลได้คล้ายกับที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ (Staley et al. 2014)ข้อมูลลำดับการประมวลผล และวิเคราะห์โดยใช้ mothur (Schlosset al. 2012) ลำดับถูกตัดเป็น 160 bp สิ้นสุดการจับคู่ร่วมและตรวจสอบคุณภาพ ลำดับเดี่ยวและผู้ที่ระบุว่าเป็นchimeras โดย UCHIME (เอ็ดการ์ et al. 2011) ถูกเอาออก ลำดับสอดคล้องกับฐานข้อมูล SILVA (Quast et al. 2013) ลำดับที่อ่านหมายเลขถูกตามปกติ โดยซับแซมพลิงสุ่มไป 35,724 อ่านต่อตารางที่ 1พารามิเตอร์ทางเคมีกายภาพ ทำงาน และแบคทีเรียชุมชนดินวัดในเดือนพฤษภาคมและ 2556 กรกฎาคมต่อพืชปกคลุมและจดทะเบียนปุ๋ยการกำหนดตัวแปรพารามิเตอร์ทางเคมีกายภาพความชื้นแบบกราวิเมตริกเหยียบ bray-P 1-P สกัดK ละลายน้ำ + ถอดเปลี่ยนได้ไนไตรท์และไนเตรท NO3-NExtractable SO4-Sเรื่องอินทรีย์ (OM) ขาดทุนจากวิธีการจุดระเบิดมก.สามารถแลกเปลี่ยนนาที่ถอดเปลี่ยนได้Ca สามารถแลกเปลี่ยนวิธีวัดค่า pH น้ำฟังก์ชันสุทธิ N mineralization สกัด KCl (N-นาที)รวมหายใจ chromatography ก๊าซผลผลิตข้าวโพดตัวอย่างเขตข้อมูลΒ-glucosidase Fluorimetric assayทดสอบ Fluorimetric ของ N-acetyl-β-D-glucosaminidase (ชุดพนักงาน)ทดสอบ Fluorimetric ฟอสฟาโครงสร้างชุมชนแบคทีเรียมันร้าน 16S rRNA V5 V6 ลำดับดัชนีความหลากหลายผกผันซิมป์สันประมาณ OTU ร่ำรวย Chao1เฟอร์นานเดซ A.L. ร้อยเอ็ด / วิทยาศาสตร์สิ่งแวดล้อมรวม 566-567 (2016) 949-959 951ตัวอย่าง และลำดับที่สอดคล้องกับเชื้อชาติคลอโรพลาสต์ถูกเอาออกลำดับคลัสเตอร์ใน OTUs averageneighbor การใช้อัลกอริทึมที่ 97% ความคล้ายคลึงกัน OTUs ถูกจัดประเภทเพื่อการฐานข้อมูล SILVA พฤษภาคมและ 2556 กรกฎาคมกลุ่มตัวอย่าง อ่านจาก subsamples ทั้งหมดผสานการสร้างตัวอย่างคอมโพสิตเดียว อาจ และตัวอย่างคอมโพสิตกรกฎาคมได้อย่าง โดยซับแซมพลิงสุ่มไป 97,124อ่านและ 91,684 อ่าน ตามลำดับ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.6 ชุมชนแบคทีเรีย 16S rRNA ลำดับ
สำหรับสิงหาคม 2012 ตัวอย่างดินจำนวนมากสิบแกนดินจากแต่ละ
ล็อตที่ถูกปั่นร่วมกันเพื่อสร้างตัวอย่างที่พล็อตเดียว สำหรับ
เดือนพฤษภาคมและกรกฎาคม 2013 ตัวอย่างสาม subsamples ถูกนำมาใช้ในแต่ละ
ประกอบด้วยสามแกนหดหาย ดีเอ็นเอที่สกัดจากหดหาย
ตัวอย่างดินจำนวนมากและดินบริเวณรากใช้ MO BIO
PowerSoil ชุด (MO BIO ห้องปฏิบัติการ, Carlsbad, CA) Amplicons ถูก
จัดทำขึ้นโดยใช้ไพรเมอร์ NextEra การจัดทำดัชนีบาร์โค้ดและลำดับของ
16S rRNA (V5-V6 ภูมิภาค hypervariable) ได้ทำโดยมหาวิทยาลัย
ของ MN ศูนย์ฟังก์ชั่น ( St. Paul, MN) Amplicons คู่สิ้นติดใจ
บนแพลตฟอร์ม Illumina MiSeq ที่มีความยาวอ่าน 2 × 300 bp.
ลำดับและข้อมูลลำดับการประมวลผลมีความคล้ายคลึงกับที่ระบุไว้
ก่อนหน้านี้ (สเตลีย์ et al., 2014).
ข้อมูลลำดับการประมวลผลและวิเคราะห์โดยใช้ mothur ( ปราสาท
et al., 2012) ลำดับที่ถูกตัดแต่ง 160 bp คู่ปลายเข้าร่วม
และการตรวจคัดกรองที่มีคุณภาพ ลำดับซิงเกิลและผู้ที่ระบุว่าเป็น
ไคมีร่าโดย UCHIME (เอ็ดการ์ et al. 2011) ถูกถอดออก ลำดับ
ถูกจัดชิดกับฐานข้อมูล Silva (Quast et al., 2013) ลำดับอ่าน
และจำนวนของคนปกติโดย subsampling สุ่ม 35,724 อ่านต่อ
ตารางที่ 1
ทางเคมีกายภาพของดิน, การทำงานและพารามิเตอร์ชุมชนแบคทีเรียวัดพฤษภาคม
และกรกฎาคม 2013 ดังต่อไปนี้พืชคลุมดินและการรวมปุ๋ย.
ตัวแปรการกำหนด
ค่าพารามิเตอร์ทางเคมีกายภาพ
ความชื้นกราวิเมตริก
Bray-P เบรย์ 1-P สกัด
K ที่ละลายในน้ำ + แลกเปลี่ยน
NO3-N ไนเตรตและไนไตรท์
SO4-S สกัด
สารอินทรีย์ (OM) ขาดทุนจากวิธีการจุดระเบิด
Mg แลกเปลี่ยน
ณ แลกเปลี่ยน
Ca แลกเปลี่ยน
วิธีการวัดค่า pH น้ำ
ฟังก์ชั่น
ธาตุไนโตรเจนสุทธิ (N-นาที) สกัด KCl
แก๊สหายใจรวมโค
ข้าวโพด อัตราผลตอบแทนตัวอย่างสนาม
β-glucosidase fluorimetric ทดสอบ
N-acetyl-β-D-glucosaminidase (Nagase) fluorimetric ทดสอบ
ฟอสฟา fluorimetric ทดสอบ
โครงสร้างชุมชนแบคทีเรีย
แท็กซอนอนุภาค 16S-V5 V6 rRNA ลำดับ
ดัชนีความหลากหลายผกผันซิมป์สัน
OTU ร่ำรวย Chao1 ประมาณการ
A.L. เฟอร์นันเด et al, / วิทยาศาสตร์สิ่งแวดล้อมรวม 566-567 (2016) 949-959 951
ตัวอย่างและลำดับสอดคล้องกับ chloroplast lineages ถูกถอดออก.
ลำดับถูกคลัสเตอร์เข้า Otus ใช้ averageneighbor
อัลกอริทึมที่คล้ายคลึงกัน 97% Otus ถูกจัดให้ไปยัง
ฐานข้อมูล SILVA สำหรับเดือนพฤษภาคมและกรกฎาคม 2013 กลุ่มตัวอย่างจำนวนมากอ่านจาก subsamples ทั้งหมด
ถูกรวมในการสร้างตัวอย่างคอมโพสิตเดียว เดือนพฤษภาคมและ
กรกฎาคมตัวอย่างคอมโพสิตถูกซึ่งได้ทำให้บริสุทธิ์โดยการสุ่มเพื่อ subsampling 97,124
อ่านและอ่าน 91,684 ตามลำดับ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.6 ลำดับเบส 16S rRNA จากชุมชนสำหรับเดือนสิงหาคม 2012 ที่เป็นกลุ่มตัวอย่างดิน , สิบดินแกนจากแต่ละพล็อตที่ถูกบดเข้าด้วยกันเพื่อผลิตแปลงตัวอย่างเดียว สำหรับพฤษภาคมและกรกฎาคม 2013 ตัวอย่าง สาม subsamples ใช้แต่ละประกอบด้วยสามโฮโมแกน ดีเอ็นเอจากโฮโมตัวอย่างดินขนาดใหญ่และดินรอบรากพืช โดยใช้โมไบโอpowersoil อิสระ ( โมไบห้องปฏิบัติการ , Carlsbad , CA ) amplicons คือเตรียมใช้ nextera รองพื้น การจัดลำดับและบาร์โค้ดของ16S rRNA ( V5 V6 ออก ( ภูมิภาค ) ทำโดยมหาวิทยาลัยศูนย์ Genomics MN ( St . Paul , MN ) amplicons เป็นคู่สุดท้าย นี้บนแพลตฟอร์ม miseq Illumina ที่อ่านความยาวของ 2 × 300 BP .การเรียงลำดับข้อมูลและการประมวลผลที่คล้ายกับที่อธิบายก่อนหน้านี้ ( Staley et al . , 2010 )ลำดับข้อมูลที่ได้มาประมวลผลและวิเคราะห์ข้อมูลโดยใช้ mothur ( ชลet al . , 2012 ) ลำดับถูกตัดออก 160 BP คู่สุดท้ายเข้าร่วมและการเพิ่มคุณภาพ ลำดับ Singleton และระบุว่าคิเมร่า โดย uchime ( Edgar et al . , 2011 ) ออก ลําดับชิดกับฐานข้อมูล ซิลวา ( ซี น ควาส et al . , 2013 ) ลำดับการอ่านจำนวนรูปโดยการสุ่มค่าเพื่อ 35724 อ่านต่อตารางที่ 1ดินและหน้าที่ และชุมชนวัดจากพารามิเตอร์ในเดือนพฤษภาคมและเดือนกรกฎาคม 2013 ตามพืชที่ครอบคลุมและการใส่ปุ๋ยการกำหนดตัวแปรและพารามิเตอร์ด้วยความชื้นbray-p เบรย์ 1-p สารสกัดK ละลายน้ำ + ที่แลกเปลี่ยนno3-n ไนเตรตและไนไตรท์so4-s สกัดอินทรีย์วัตถุ ( OM ) ขาดทุนวิธีจุดระเบิดมิลลิกรัมที่แลกเปลี่ยนนา ที่แลกเปลี่ยนแคลเซียมที่แลกเปลี่ยนpH น้ำวิธีฟังก์ชันสุทธิสารอินทรีย์ไนโตรเจน ( n-min ) สกัด .แก๊สโครมาโตกราฟีการหายใจรวมด้านผลผลิตข้าวโพดตัวอย่างΒ fluorimetric ในการทดสอบn-acetyl - บีตา - d-glucosaminidase ( นากา ) fluorimetric การทดสอบใบ fluorimetric การทดสอบโครงสร้างชุมชนแบคทีเรียหมวดหมู่ v5-v6 abundances 16S rRNA ลำดับดัชนีความหลากหลายผกผัน ซิมป์สันประมาณการ chao1 otu ความอุดมสมบูรณ์a.l. Fernandez et al . วิทยาศาสตร์สิ่งแวดล้อม ( จากทั้งหมด 566 567 ( 2016 ) 949 - 959 951ตัวอย่าง และลำดับสอดคล้องกับคลอเมื่อออกมีแบบเป็นลำดับในการใช้ averageneighborขั้นตอนวิธีที่ 97 % ความเหมือน ในการจัดการฐานข้อมูล ซิลวา เพื่อพฤษภาคมและกรกฎาคม 2013 เป็นกลุ่มตัวอย่าง อ่านจาก subsamples ทั้งหมดยังผสานเพื่อสร้างเดียวคอมโพสิตตัวอย่าง พฤษภาคมและกรกฎาคม รวมจำนวน rarefied โดยการสุ่มค่าเพื่อ 97124อ่านและ 91684 อ่านตามลำดับ