The sequences of the proteins with

The sequences of the proteins with unknown immunogenic potential
(UP) and the sequences of known vaccine targets (KP) were
analyzed using bioinformatics tools to determine their cellular
localization, to identify the presence of a signal peptide and to predict
their transmembrane helixes.
The Psort II (http://psort.hgc.jp/form2.html) program was used
to predict the cellular localization of the proteins in the parasite. To
predict the signal peptides, the Signal PServer 3.0 (http://
www.cbs.dtu.dk/services/SignalP) program was used, which also
predicts putative cleavage sites in the signal peptides of the sequences
analyzed.
Three different programs: TMpred (http://www.ch.embnet.org/
software/TMPRED_form.html), SOSUI 1.11 (http://bp.nuap.nagoyau.
ac.jp/sosui/sosui_submit.html), and TMHMM 2.0 (http://
www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM), were used to predict the
transmembrane helices and exposed regions of the proteins. Based
on the previous analyses, the signal peptide sequences of the
proteins were removed prior to analysis of the proteins with the
transmembrane helix prediction programs. The results generated
by these prediction programs were then compared to select the
common exposed regions. In the case of membrane proteins, only
regions for which the results of all three programs were in
agreement were used to select the epitopes.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ลำดับของโปรตีนที่มีศักยภาพไม่รู้จัก immunogenic(สูงสุด) และลำดับที่ของเป้าหมายรู้จักวัคซีน (KP)วิเคราะห์โดยใช้เครื่องมือ bioinformatics กำหนดมือถือของพวกเขาแปล การระบุสถานะของเพปไทด์ส่งสัญญาณ และ การทำนายhelixes ของ transmembraneใช้โปรแกรม Psort II (http://psort.hgc.jp/form2.html)เพื่อทำนายแปลโทรศัพท์มือถือของโปรตีนในเชื้อมาลาเรีย ถึงทำนายสัญญาณเปปไทด์ 3.0 PServer ของสัญญาณ (http://โปรแกรม www.cbs.dtu.dk/services/SignalP) ใช้ ซึ่งยังทำนายสถานปริ putative เปปสัญญาณลำดับวิเคราะห์โปรแกรมที่ต่างกัน 3: TMpred (http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html), SOSUI 1.11 (http://bp.nuap.nagoyauac.jp/sosui/sosui_submit.html), และ TMHMM 2.0 (http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM), ใช้ในการทำนายการtransmembrane helices และพื้นที่สัมผัสของโปรตีน ตามในการวิเคราะห์ก่อนหน้า ลำดับเพปไทด์สัญญาณของการออกก่อนวิเคราะห์โปรตีนกับโปรตีนโปรแกรม transmembrane เกลียวคาดเดา ผลลัพธ์ที่สร้างขึ้นโดยการคาดเดาเหล่านี้ โปรแกรมได้แล้วเปรียบเทียบเพื่อเลือกการร่วมสัมผัสภูมิภาค ในกรณีของเมมเบรนโปรตีน เท่านั้นซึ่งผลลัพธ์ของโปรแกรมทั้งหมดสามอยู่ในภูมิภาคข้อตกลงที่ใช้ในการเลือก epitopes

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ลำดับของโปรตีนที่มีศักยภาพภูมิคุ้มกันที่ไม่รู้จัก
(UP) และลำดับของเป้าหมายวัคซีนที่รู้จักกัน (KP) ได้รับการ
วิเคราะห์โดยใช้เครื่องมือชีวสารสนเทศในการตรวจสอบโทรศัพท์มือถือของพวกเขา
การแปลเพื่อระบุการปรากฏตัวของเปปไทด์สัญญาณและการคาดการณ์
ของพวกเขา helixes รน.
Psort ครั้งที่สอง (http://psort.hgc.jp/form2.html) โปรแกรมที่ถูกนำมาใช้
ในการทำนายการแปลโทรศัพท์มือถือของโปรตีนในปรสิต เพื่อ
คาดการณ์เปปไทด์สัญญาณสัญญาณ PServer 3.0 (http: //
www.cbs.dtu.dk/services/SignalP) โปรแกรมที่ถูกนำมาใช้ซึ่งยัง
คาดการณ์เว็บไซต์แตกแยกสมมุติในเปปไทด์สัญญาณของลำดับ
การวิเคราะห์.
สามโปรแกรมที่แตกต่างกัน TMpred (http://www.ch.embnet.org/
ซอฟแวร์ / TMPRED_form.html) SOSUI 1.11 (http:. //bp.nuap.nagoyau
ac.jp/sosui/sosui_submit.html) และ TMHMM 2.0 (ที่ http : //
www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM) ถูกนำมาใช้ในการทำนาย
รนเอนริเก้และภูมิภาคสัมผัสของโปรตีน จาก
การวิเคราะห์ก่อนหน้านี้สัญญาณลำดับเปปไทด์ของ
โปรตีนที่ถูกถอดออกก่อนที่จะมีการวิเคราะห์ของโปรตีนที่มี
โปรแกรมการทำนายเกลียวรน ผลการสร้าง
โดยโปรแกรมทำนายเหล่านี้มาเปรียบเทียบเพื่อเลือก
ภูมิภาคสัมผัสที่พบบ่อย ในกรณีที่มีโปรตีนเพียง
ภูมิภาคซึ่งผลของทั้งสามโปรแกรมอยู่ใน
ข้อตกลงที่ถูกนำมาใช้เพื่อเลือก epitopes

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ลำดับของโปรตีนที่รู้จักกับ immunogenic ศักยภาพ
( ขึ้น ) และลำดับของเป้าหมาย ( KP ) รู้จักวัคซีนโดยใช้เครื่องมือรสน

การตรวจสอบของพวกเขาโทรศัพท์มือถือเพื่อระบุสถานะของสัญญาณเปปไทด์และทำนาย

helixes ยาวของพวกเขา psort II ( http://psort.hgc.jp/form2.html ) ใช้โปรแกรม
พยากรณ์จำกัดโทรศัพท์มือถือของโปรตีนในพยาธิ

ทำนายสัญญาณเปป สัญญาณ pserver 3.0 ( http : / /
www.cbs . dtu . DK / บริการ / signalp ) ใช้โปรแกรม ซึ่งยังคาดการณ์ ซึ่งความแตกแยก
เว็บไซต์ในสัญญาณเปปไทด์ของลำดับ

3 : วิเคราะห์ โปรแกรมต่าง ๆ tmpred ( http : / / www.ch.embnet . org /
ซอฟต์แวร์ / tmpred_form . html ) , sosui 1.11 ( http://bp.nuap .nagoyau .
ac.jp / sosui / sosui_submit . html ) และ tmhmm 2.0 ( http : / /
www.cbs . dtu . DK / บริการ / tmhmm ) , ถูกใช้เพื่อทำนาย
ยาว helices และสัมผัสภูมิภาคของโปรตีน โดย
ในการวิเคราะห์ก่อนหน้านี้สัญญาณลำดับเปปไทด์ของโปรตีนออกก่อน

การวิเคราะห์โปรตีนกับหัวเกลียวใช้โปรแกรม
ผลที่สร้างขึ้นโดยโปรแกรมพยากรณ์เหล่านี้แล้วเมื่อเทียบกับเลือก
ทั่วไปสัมผัสภูมิภาค ในกรณีของเมมเบรนโปรตีนเพียง
เขต ซึ่งผลของทั้งสามโปรแกรมใน
ข้อตกลงใช้เลือกจาก .