The coordinates of the X-ray crysta

The coordinates of the X-ray crystal structure of the aromatase/ androstenedione complex (PDB code 3EQM) were downloaded from the Protein Databank (http://www.rcsb.org) and imported into the modeling program SYBYL (version 8.0; Tripos, St. Louis, MO). All non-protein components were deleted and hydrogen atoms were added to the protein structure. Partial charges were assigned according to the Amber library and the positions of the added hydrogen atoms were optimized by molecular mechanics minimization that kept the positions of the heavy atoms static.42 Energy minimization was performed with the Powell method in combination with the Amber7 FF99 force field, a distance-dependent dielectric constant of 4, and a convergence criterion of 0.05 kcal/(mol Å). The molecular structures of inhibitors were also prepared in SYBYL and the conformational energy of each structure was minimized by molecular mechanics (MMFF94s force field, MMFF94 charges, and distance-dependent dielectric constant of 4) using the conjugate gradient method and a termination criterion of 0.01 kcal/(mol Å).
Inhibitor structures were computationally docked into the enzyme’s binding site using the program GOLD (version 5.0.1.; CCDC, Cambridge, UK). GOLD operates with a genetic search algorithm and allows for complete ligand and partial binding site flexibility.43 All four scoring functions (GoldScore, ChemScore, ASP, and ChemPLP) were tested and various sizes and centers of the docking sphere were evaluated. The settings for the genetic algorithm runs were kept at their default values (population size: 100, selection pressure: 1.1; number of operations: 100,000, the number of is- lands: 5, niche size: 2, probability for migration, mutation, and crossover: 10%, 95%, and 95%, respectively). For each ligand, 30 runs were performed under identical conditions.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

พิกัดของโครงสร้างผลึกเอกซเรย์ของ aromatase / ดาวน์โหลดจาก Databank โปรตีน (http://www.rcsb.org) และเข้าโปรแกรมสร้างโมเดล SYBYL (เวอร์ชัน 8.0; androstenedione ซับซ้อน (PDB รหัส 3EQM) Tripos, St. Louis, MO) ส่วนประกอบของโปรตีนไม่ใช่ทั้งหมดถูกลบออก และเพิ่มไฮโดรเจนอะตอมในโครงสร้างของโปรตีน มีกำหนดค่าธรรมเนียมบางส่วนตามรีแอมเบอร์ และตำแหน่งของอะตอมไฮโดรเจนที่เพิ่มถูกปรับ โดยการลดกลไกระดับโมเลกุลที่เก็บตำแหน่งของอะตอมหนักทำกับวิธีพาวเวลร่วมกับฟิลด์บังคับ Amber7 FF99 static.42 การลดพลังงาน ค่าคงขึ้นอยู่กับระยะทาง dielectric 4 และเงื่อนไขการลู่เข้าของ 0.05 /(mol Å) กิโลแคลอรี โครงสร้างโมเลกุลของ inhibitors มีพร้อมใน SYBYL และพลังงาน conformational ของแต่ละโครงสร้างถูกย่อให้เล็กสุด โดยกลศาสตร์โมเลกุล (ฟิลด์บังคับ MMFF94s, MMFF94 ค่าธรรมเนียม และระยะขึ้นอยู่กับค่าคงของ dielectric 4) ใช้วิธีการไล่โทนสีการ conjugate และเงื่อนไขการจ้างของ 0.01 /(mol Å) กิโลแคลอรี่โครงสร้างสารยับยั้ง computationally ถูกย้ายเข้าไปในไซต์รวมของเอนไซม์ที่ใช้โปรแกรมทอง (รุ่น 5.0.1.; CCDC เคมบริดจ์ สหราชอาณาจักร) ทองดำเนินงาน ด้วยอัลกอริทึมค้นหาพันธุกรรม และทำให้ลิแกนด์ที่สมบูรณ์ และประเมิน flexibility.43 ไซต์รวมบางส่วนที่ทดสอบทั้งหมด 4 คะแนนฟังก์ชัน (GoldScore, ChemScore, ASP และ ChemPLP) และการต่าง ๆ ขนาด และศูนย์กลางของทรงกลมต่อ การตั้งค่าสำหรับการทำงานขั้นตอนวิธีพันธุกรรมที่ถูกเก็บไว้ที่ค่าเริ่มต้น (ขนาดประชากร: ความดันเลือก 100 : 1.1 หมายเลขของการดำเนินงาน: 100000 จำนวนที่ดินเป็น: 5 โพรงขนาด: ความน่าเป็น 2 การย้าย การกลายพันธุ์ ไขว้: 10%, 95% และ 95% ตามลำดับ) สำหรับแต่ละลิแกนด์ 30 ทำได้ดำเนินการภายใต้เงื่อนไขเหมือนกัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

พิกัดของเรย์โครงสร้างผลึกของ aromatase / ถอยเชิงซ้อน ( รหัส PDB 3eqm ) ดาวน์โหลดได้จากโปรตีน databank ( http://www.rcsb.org ) และนำเข้าสู่การ sybyl โปรแกรม ( เวอร์ชั่น 8.0 ; tripos เซนต์หลุยส์ โม ) ทั้งหมดส่วนประกอบที่ไม่ใช่โปรตีนเป็นลบ และไฮโดรเจนอะตอมถูกเพิ่มไปยังโครงสร้างโปรตีนค่าใช้จ่ายบางส่วนที่ได้รับมอบหมายตามเด็ก ห้องสมุด และ ตำแหน่งของการเพิ่มไฮโดรเจนอะตอมโมเลกุลกลศาสตร์ที่เหมาะสมโดยการรักษาตำแหน่งของอะตอมหนัก static.42 พลังงานการกระทำกับพาวเวลล์วิธีในการรวมกันกับ amber7 ff99 สนามพลัง ระยะทางขึ้นอยู่กับค่าคงที่ไดอิเล็กทริกของ 4 และบรรจบกันจำนวน 005 ( เป็น̊ kcal / mol ) โครงสร้างโมเลกุลของโปรตีนถูกจัดเตรียมไว้ใน sybyl และพลังงานในแต่ละโครงสร้างก็ลดโดยกลศาสตร์โมเลกุล ( mmff94s บังคับสนาม mmff94 ค่าใช้จ่ายและระยะทางขึ้นอยู่กับฉนวนคงที่ 4 ) การผันลาดวิธีและเกณฑ์ของการเลิกจ้าง ( โมลเป็น 0.01 กิโลแคลอรี่ /
̊ )โครงสร้าง ซึ่งเป็น computationally จอดลงของเอนไซม์รวมเว็บไซต์โดยใช้โปรแกรมทอง ( เวอร์ชั่น 5.0.1 . ; ccdc , เคมบริดจ์ , UK ) ทองประกอบกับการค้นหาขั้นตอนวิธีทางพันธุกรรมและช่วยให้ระบบที่สมบูรณ์และ flexibility.43 มัดเว็บไซต์บางส่วนทั้งหมดสี่คะแนนฟังก์ชัน ( goldscore chemscore , ASP ,chemplp ) และทำการทดสอบ และขนาดต่าง ๆและศูนย์ของ Docking ทรงกลมถูกประเมิน การตั้งค่าสำหรับวิ่งขั้นตอนวิธีพันธุกรรมไว้ที่ค่าเริ่มต้นของพวกเขา ( ประชากรขนาด : 100 , การเลือกแรงดัน 1.1 ; งาน : 100000 จํานวน - ที่ดิน : 5 ขนาด : โพรง 2 ความน่าจะเป็นสำหรับการโยกย้าย การกลายพันธุ์ และครอสโอเวอร์ : 10% , 95% และ 95 ตามลำดับ ) สำหรับแต่ละแกนด์ ,30 วิ่งได้ภายใต้เงื่อนไขที่เหมือนกัน
.