Nowadays, MS is the method of choic

Nowadays, MS is the method of choice for the characterization and
identification of proteins. The general approach consists of the comparison
of the MS experimental data with calculated mass values
obtained from the entries in a sequence database. A search engine,
such as Sequest (Eng, McCormack, & Yates, 1994) or Mascot
(Perkins et al., 1999), performs the comparison making a probabilistic
calculation to find out if the protein assignation is due to chance. In
some approaches, the MS experimental data are the masses of the
peptides obtained from the enzymatic digestion of the protein,
known as Peptide Mass Fingerprinting (PMF) (Pappin, Hojrup, &
Bleasby, 1993). Another approach, usually known as Peptide
Fragmentation Fingerprint (PFF), uses MS/MS fragmentation spectra
from one or more peptides instead of the masses of the complete
set of peptides from the protein, allowing the sequencing of the peptide,
and thus yielding the unambiguous identification of the protein
(Eng, McCormack, & Yates, 1994). For all this approaches, the availability
of the corresponding protein sequence in the database is of
capital importance. If the unknown protein is not present in the database,
but highly homologous ones are, the best match is aimed to be
the entry with the closest homology, usually proteins from related
species. If sequence similarity with database proteins is too low, peptides
must be sequenced de novo, interpreting MS/MS spectrum either
manually or by computer-assisted tools (Shevchenko, Wilm, &
Mann, 1997).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ปัจจุบัน MS เป็นวิธีการที่เลือกสำหรับการจำแนก และรหัสของโปรตีน วิธีทั่วไปประกอบด้วยการเปรียบเทียบข้อมูล MS ทดลองกับค่าจากการคำนวณโดยรวมได้จากรายการในฐานข้อมูลลำดับ โปรแกรมค้นหาเช่น Sequest (Eng รีแมคคอร์แมค & Yates, 1994) หรือแมสคอท(ระบุวัน et al., 1999), ดำเนินการเปรียบเทียบการทำแบบ probabilisticคำนวณเพื่อค้นหาว่า assignation โปรตีนเนื่องจากมีโอกาสได้ ในบางวิธี ข้อมูลทดลอง MS คือ มวลของการเปปไทด์ที่ได้จากเอนไซม์ในระบบย่อยอาหารโปรตีนเรียกว่าเป็นเพปไทด์โดยรวมลายพิมพ์ (PMF) (Pappin, Hojrup, &Bleasby, 1993) วิธีอื่น มักจะเรียกว่าเพปไทด์การกระจายตัวของลายนิ้วมือ (PFF), ใช้ MS/MS การกระจายตัวของแรมสเป็คตราจากเปปไทด์ หนึ่งแทนมวลของสมบูรณ์ชุดของเปปไทด์จากโปรตีน ช่วยให้ลำดับของเพปไทด์และผลผลิตโปรตีนรหัสชัดเจนดังนั้น(ภาษาอังกฤษ รีแมคคอร์แมค และ Yates, 1994) ทั้งหมดนี้แจ้ง พร้อมใช้งานโปรตีนที่เกี่ยวข้อง ลำดับในฐานข้อมูลเป็นความสำคัญของเงินทุน ถ้าโปรตีนไม่ทราบไม่มีในฐานข้อมูลแต่คนสูง homologous การจับคู่ที่ดีที่สุดมีวัตถุประสงค์เพื่อให้รายการที่ มี homology ใกล้เคียงที่สุด ปกติโปรตีนจากที่เกี่ยวข้องสายพันธ์ ถ้าต่ำเกินไป ลำดับคล้ายกับฐานข้อมูลโปรตีนเปปไทด์ต้องตามลำดับ de novo ทำนายสเปกตรัม MS/MS อย่างใดอย่างหนึ่งด้วยตนเอง หรือ โดยเครื่องมือคอมพิวเตอร์ช่วย (เชฟเชนโค Wilm, &มานน์ 1997)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ปัจจุบัน MS เป็นวิธีการของทางเลือกสำหรับลักษณะและ
บัตรประจำตัวของโปรตีน วิธีการทั่วไปประกอบด้วยการเปรียบเทียบ
ของข้อมูลการทดลอง MS ที่มีค่ามวลคำนวณ
ที่ได้จากรายการในฐานข้อมูลลำดับ เครื่องมือค้นหา,
เช่น Sequest (Eng, McCormack, & เยตส์ 1994) หรือมิ่งขวัญ
(Perkins et al., 1999) ดำเนินการเปรียบเทียบทำให้ความน่าจะเป็น
ในการคำนวณเพื่อหาว่านัดโปรตีนเป็นเพราะจะมีโอกาส ใน
วิธีการบางข้อมูลการทดลอง MS มีมวลของ
เปปไทด์ที่ได้จากการย่อยของเอนไซม์โปรตีน
เปปไทด์ที่รู้จักกันเป็นจำนวนมากพิมพ์ลายนิ้วมือ (PMF) (Pappin, Højrupและ
Bleasby, 1993) อีกวิธีหนึ่งที่รู้จักกันมักจะเป็นเปปไทด์
การกระจายตัวของลายนิ้วมือ (PFF) ใช้ MS / MS สเปกตรัมการกระจายตัว
จากหนึ่งหรือเปปไทด์มากขึ้นแทนของมวลชนที่สมบูรณ์แบบ
ชุดของเปปไทด์จากโปรตีนที่ช่วยให้การจัดลำดับของเปปไทด์,
และทำให้ผลผลิตที่ชัดเจน บัตรประจำตัวของโปรตีน
(อังกฤษ, McCormack, & เยตส์ 1994) สำหรับวิธีการทั้งหมดนี้ความพร้อม
ของลำดับโปรตีนที่สอดคล้องกันในฐานข้อมูลเป็นของ
สำคัญของเงินทุน ถ้าโปรตีนที่ไม่รู้จักไม่อยู่ในฐานข้อมูล
แต่คนที่คล้ายคลึงกันอย่างมากมีการแข่งขันที่ดีที่สุดที่มีวัตถุประสงค์เพื่อที่จะเป็น
รายการที่มีความคล้ายคลึงกันที่ใกล้เคียงที่สุดโปรตีนที่เกี่ยวข้องมักจะมาจาก
สปีชีส์ หากมีความคล้ายคลึงกันกับโปรตีนลำดับฐานข้อมูลอยู่ในระดับต่ำเกินไปเปปไทด์
จะต้องติดใจเดอโนโวแปลสเปกตรัม MS / MS ทั้ง
ด้วยตนเองหรือโดยเครื่องมือที่ใช้คอมพิวเตอร์ช่วย (Shevchenko, Wilm และ
แมนน์, 1997)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ปัจจุบัน MS เป็นวิธีการของทางเลือกสำหรับการศึกษาและ
การจำแนกชนิดของโปรตีน โดยทั่วไปประกอบด้วยการเปรียบเทียบ
ของ MS เปรียบเทียบกับมวลคำนวณค่า
ที่ได้จากรายการในลำดับฐานข้อมูล เครื่องมือค้นหา ,
เช่น sequest ( ม. McCormack &เยตส์ , 1994 ) หรือมิ่งขวัญ
( Perkins et al . , 1999 ) การเปรียบเทียบทำ probabilistic
การคำนวณเพื่อหาโปรตีนกำหนดเนื่องจากโอกาส ใน
แนว , MS ข้อมูลเป็นมวลชนของเปปไทด์ที่ได้จากการย่อยด้วยเอนไซม์

ของโปรตีนที่เรียกว่ามวลเปปไทด์พิมพ์ลายนิ้วมือ ( PMF ) ( pappin hojrup & , ,
bleasby , 1993 ) อีกวิธีหนึ่งที่มักจะเรียกว่าเปปไทด์
ของลายนิ้วมือ ( PFF ) , ใช้ MS / MS spectra
กระจายตัวจากหนึ่งหรือมากกว่าหนึ่งเปปแทนมวลของสมบูรณ์
ชุดของเปปไทด์จากโปรตีน ให้ลำดับของเปปไทด์
จึงให้ผลผลิตบัตรประจำตัวที่ชัดเจนของโปรตีน
( ม. McCormack &เยตส์ , 2537 ) ทั้งหมดนี้เป็นวิธีการความพร้อม
ของลำดับของโปรตีนที่สอดคล้องกันในฐานข้อมูลของ
ทุนที่สําคัญถ้าโปรตีนจักไม่มีอยู่ในฐานข้อมูล
แต่ขอโฮโมโลกัส คนมีคู่ที่ดีที่สุด มีวัตถุประสงค์เพื่อให้รายการที่มีลำดับใกล้
โดยปกติโปรตีนจาก
ชนิด ถ้าลำดับฐานข้อมูล ความเหมือนกับโปรตีนต่ำเกินไป เปปไทด์
ต้องทำการอีกครั้ง การตีความ MS / MS สเปกตรัมเหมือนกัน
ด้วยตนเองหรือโดยเครื่องมือคอมพิวเตอร์ช่วย ( เชฟเชนโก้วิล์& , ,

มาน , 1997 )