อ่าวฮาลอง มีเกาะหินปูนจำนวน 1,969 เกาะโผล่พ้นขึ้นมาจากผิวทะเล บนยอดของแต่ละเกาะมีต้นไม้ขึ้นอยู่อย่างหนาแน่น หลายเกาะมีถ้ำขนาดใหญ่อยู่ภายใน ถ้ำที่ใหญ่ที่สุดในบริเวณอ่าวคือ ถ้ำเสาไม้ หรือชื่อเดิมว่า Grotte des Merveilles ซึ่ง ตั้งชื่อโดยนักท่องเที่ยวชาวฝรั่งเศสที่มาเยี่ยมชมอ่าวเมื่อปลายคริสต์ ศตวรรษที่ 19 ภายในถ้ำประกอบไปด้วยโพรงกว้าง 3 โพรง มีหินงอกและหินย้อยขนาดใหญ่อยู่จำนวนมาก เกาะที่มีขนาดใหญ่ที่สุดในบริเวณอ่าว 2 เกาะ คือ เกาะกัดบา และเกาะ Tuan Chau ทั้งสองเกาะนี้มีคนตั้งถิ่นฐานอยู่อย่างถาวร บนเกาะมีโรงแรมและชายหาดจำนวนมากคอยให้บริการนักท่องเที่ยว ส่วนเกาะขนาดเล็กอื่นๆ บางเกาะก็มีชายหาดที่สวยงามที่นักท่องเที่ยวนิยมไปเยี่ยมชม บางเกาะเป็นที่ตั้งของหมู่บ้านชาวประมงและบางเกาะยังเป็นถิ่นอาศัยของสัตว์หลายชนิด เช่น ไก่ป่า ละมั่ง ลิง และกิ้งก่าหลายชนิด เกาะเหล่านีมักจะได้รับการตั้งชื่อจากรูปร่างลักษณะที่แปลกตาเช่น เกาะช้าง เกาะไก่ชน เกาะหลังคา เป็นต้น