The selection of sites for histidin

The selection of sites for histidine introduction was guided by
inspection of the CtrHb and GlbN structures (Fig. 2). A significant
proportion of CtrHb molecules contain the heme group in a “flipped”
orientation that interchanges pyrroles A and B with pyrroles D and C,
respectively [31]. These two forms of the protein are referred to as
“major” and “minor” hemerotational isomers according to their relative
population at equilibrium. The X-ray structure (PDB ID: 1DLY [31]) is
that of the major isomer. The two heme conformations effectively
double the number of vinyl geometries available for histidine addition.
Minimal modeling (amino acid replacement in 1DLY and optimization
with UCSF Chimera [47]) suggests that a histidine at position 111, the
closest equivalent to H117 in WT GlbN, can reach the heme 2-vinyl
group as positioned in the major heme rotational isomer. The favored
rotameric state of H111 points the ring away fromthe hemetoward solvent
and generates few clashes. Another potentially reactive site, facing
the 4-vinyl group of the major heme rotational isomer,was identified at
position 75 as the equivalent of H79 in L79H GlbN. At this position,
clashes are predicted regardless of histidine rotameric state. Sites 75
and 111 were chosen despite their suboptimal geometric properties
for lack of better candidates.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เลือกไซต์แนะนำ histidine ถูกแนะนำโดยตรวจสอบ CtrHb และ GlbN โครงสร้าง (Fig. 2) สำคัญสัดส่วนของโมเลกุล CtrHb ประกอบด้วยกลุ่ม heme ในการ "พลิก"แนวที่ interchanges pyrroles A และ B ด้วย pyrroles D และ Cตามลำดับ [31] แบบฟอร์มเหล่านี้สองของโปรตีนที่เรียกว่าisomers hemerotational "รอง" และ "สำคัญ" ตามญาติของพวกเขาประชากรที่สมดุล โครงสร้างการเอ็กซ์เรย์ (PDB ID: 1DLY [31]) เป็นที่หลังใหญ่ Conformations heme สองได้อย่างมีประสิทธิภาพคู่หมายเลขของรูปทรงเรขาคณิตไวนิลสำหรับนี้ histidineสร้างโมเดลน้อย (แทนกรดอะมิโนใน 1DLY และเพิ่มประสิทธิภาพกับ UCSF ชิเมร่า [47]) แนะนำที่เป็น histidine ที่ 111 ตำแหน่งเทียบเท่าใกล้เคียงกับ H117 ใน WT GlbN สามารถเข้าถึง heme 2-ไวนิลกลุ่มตามตำแหน่งในไอโซเมอร์ในการหมุนของ heme ที่สำคัญ ที่ชื่นชอบrotameric รัฐ H111 จุดวงแหวนจากตัวทำละลาย hemetowardและสร้างการปะทะกันเพียงเล็กน้อย ไซต์อาจปฏิกิริยาอื่น หันกลุ่มไวนิล 4 ไอโซเมอร์ในการหมุนของ heme ที่สำคัญ มีการระบุไว้ในตำแหน่ง 75 เป็นเทียบเท่ากับ H79 ใน L79H GlbN ที่ตำแหน่งนี้ปะทะกันคาดการณ์ว่า สถานะ rotameric histidine เว็บไซต์ 75และ 111 ถูกเลือกแม้ มีคุณสมบัติทางเรขาคณิตของสภาพขาดผู้สมัครดีกว่า

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การเลือกสถานที่สำหรับการเปิดตัวฮิสติดีนได้รับการแนะนำโดย
การตรวจสอบของ CtrHb และโครงสร้าง GlbN (รูปที่ 2). อย่างมีนัยสำคัญ
สัดส่วนของโมเลกุล CtrHb มีกลุ่ม heme ใน "พลิก"
การวางแนวทางที่แลกเปลี่ยน pyrroles A และ B กับ pyrroles D และ C
ตามลำดับ [31] ทั้งสองรูปแบบของโปรตีนที่เรียกว่า
"ใหญ่" และ "มาตรฐาน" ไอโซเมอ hemerotational ตามญาติของพวกเขา
ประชากรที่สมดุล โครงสร้าง X-ray (PDB ID: 1DLY [31]) เป็น
ที่ isomer ที่สำคัญ สอง conformations ฮีมได้อย่างมีประสิทธิภาพ
เพิ่มจำนวนของรูปทรงเรขาคณิตไวนิลที่มีอยู่สำหรับการเพิ่มฮิสติดีน.
การสร้างแบบจำลองที่น้อยที่สุด (เปลี่ยนกรดอะมิโนใน 1DLY และการเพิ่มประสิทธิภาพ
ด้วย UCSF ฝัน [47]) แสดงให้เห็นว่าฮิสติดีนที่ 111 ตำแหน่งที่
เทียบเท่าใกล้เคียงกับ H117 ใน WT GlbN, สามารถเข้าถึง heme 2 ไวนิล
กลุ่มตำแหน่งใน isomer หมุนสำคัญ heme ได้รับการสนับสนุน
ของรัฐ rotameric H111 จุดแหวนออกไป fromthe hemetoward ตัวทำละลาย
และสร้างการปะทะกันไม่กี่ เว็บไซต์อื่นที่มีปฏิกิริยาอาจหันหน้าไปทาง
กลุ่ม 4 ไวนิลของ isomer หมุนสำคัญ heme ถูกระบุที่
ตำแหน่ง 75 เท่ากับ H79 ใน L79H GlbN ในตำแหน่งนี้
การปะทะกันมีการคาดการณ์ไว้โดยไม่คำนึงถึงฮิสติดีนรัฐ rotameric ไซต์ 75
และ 111 ได้รับการแต่งตั้งแม้จะมีคุณสมบัติทางเรขาคณิตของพวกเขาก่อให้เกิดผลลัพธ์
สำหรับการขาดของผู้สมัครที่ดีกว่า

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การเลือกเว็บไซต์สำหรับการตรวจสอบเมื่อนำ
ของ ctrhb glbn และโครงสร้าง ( รูปที่ 2 ) ที่สําคัญ
สัดส่วนของ ctrhb โมเลกุลประกอบด้วยฮีมกลุ่มใน " พลิก "
การปฐมนิเทศที่ pyrroles A และ B กับ pyrroles D และ C ,
) [ 31 ] เหล่านี้สองรูปแบบของโปรตีนเรียกว่า
" หลัก " และ " รอง " hemerotational ไอโซเมอร์ตามประชากรญาติ
ที่สมดุล โครงสร้างของรังสีเอกซ์ ( PDB ID : 1dly [ 31 ] )
ของไอโซเมอร์สำคัญ สองท่านโครงสร้างอย่างมีประสิทธิภาพ
สองเท่างไวนิลสามารถใช้ได้สำหรับนอกจากอกแตก .
แบบน้อยที่สุด ( กรดอะมิโนทดแทนและการเพิ่มประสิทธิภาพใน 1dly
กับ UCSF ความเพ้อฝัน [ 47 ] ) แสดงให้เห็นว่าเป็นฮิสติดีนที่ตำแหน่ง 111
เทียบเท่าใกล้ h117 ใน WT glbn สามารถเข้าถึงมากกว่า 2-vinyl
กลุ่มวางหลักในการหมุนมากกว่าเซ็นเตอร์ . ที่ชื่นชอบ
rotameric สภาพ h111 จุดแหวนห่างจาก hemetoward ตัวทำละลาย
และสร้างองค์กรน้อย ปฏิกิริยาอื่นอาจเผชิญ
เว็บไซต์การ 4-vinyl กลุ่มของสาขานี่หมุนเซ็นเตอร์ , ถูกระบุที่
ตำแหน่ง 75 เป็นเทียบเท่าของ h79 ใน l79h glbn . ในตำแหน่งนี้ แต่คาดว่าเมื่อ
ไม่ว่ารัฐ rotameric . เว็บไซต์ของคุณและเลือก

111 แม้คุณสมบัติทางเรขาคณิตของ suboptimal ขาดของผู้สมัครที่ดีกว่า