One or two isolates of each genotyp

One or two isolates of each genotype were identified by
sequencing V1eV3 regions of 16S rRNA. Enterococcus, Lactobacillus,
and Weissella that could not be identified at species level, were
identified by cpn60 and/or pheS sequencing. Streptococcus species
were identified by sodA sequencing. Each 50 ml PCR reaction contained
5 ml of 10 PCR buffer,1.5 mmol l1 of MgCl2, 0.4 mmol l1 of
each dNTP, 0.5 mmol l1 of each primer (Table 1), 2 U of TAQ polymerase
(Invitrogen) and 5 ml of Chelex-100 purified DNA.
Amplicons were purified with the Qiacube device using the QIAquick
PCR purification kit (QIAGEN) and 5 ng were amplified with
the BigDye Terminator 3.1 cycle sequencing kit (Applied Biosystems,
Foster City, CA, USA). Sequencing was performed in an ABI
PRISM 310 Genetic Analyzer (Applied Biosystems). Sequences were
analysed with on line BLAST-W2 and ClustalW from the European
Bioinformatics Institute.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

หนึ่ง หรือสองแยกของแต่ละลักษณะทางพันธุกรรมได้ระบุลำดับเบส V1eV3 ภูมิภาคของ 16S rRNA Enterococcus แลคโตบาซิลลัสและ Weissella ที่ไม่สามารถระบุได้ในระดับสปีชีส์ระบุ โดย cpn60 และ/หรือลำดับ pheS สายพันธุ์อุณหภูมิถูกกำหนด โดยลำดับโซดา ปฏิกิริยา PCR แต่ละ 50 ml ที่อยู่5 ml 10 PCR บัฟเฟอร์ 0.4 mmol l 1, 1.5 mmol l 1 ของ MgCl2แต่ละ dNTP, 0.5 mmol l 1 แต่ละพื้น (ตาราง 1), พอลิเมอเรส 2 U TAQ(Invitrogen) และดีเอ็นเอบริสุทธิ์ 5 ml ของ Chelex -100Amplicons ที่บริสุทธิ์ที่ มีอุปกรณ์ Qiacube ที่ใช้ใน QIAquickชุดฟอก PCR (QIAGEN) และ ng ถูกขยายด้วยBigDye เทอร์มิเนเตอร์ 3.1 วงจรลำดับชุด (Biosystems ใช้ฟอสเตอร์ City, CA, USA) ทำการจัดลำดับในการลักชัวรี่ปริซึม 310 วิเคราะห์ทางพันธุกรรม (Biosystems ใช้) ลำดับanalysed กับบรรทัดระเบิด-W2 และ ClustalW จากยุโรปที่Bioinformatics สถาบันการ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

หนึ่งหรือสองสายพันธุ์ของแต่ละสายพันธุ์ที่ถูกระบุโดย
ลำดับภูมิภาค V1eV3 ของ 16S rRNA Enterococcus, แลคโตบาซิลลัส
และ Weissella ที่ไม่สามารถระบุในระดับสปีชีส์ที่ถูก
ระบุ cpn60 และ / หรือ pheS ลำดับ สายพันธุ์ Streptococcus
ถูกระบุโดยลำดับโซดา แต่ละ 50 มลปฏิกิริยา PCR ที่มี
ขนาด 5 ml 10? บัฟเฟอร์ PCR 1.5 มิลลิโมลต่อลิตร 1 ของ MgCl2, 0.4 มิลลิโมลต่อลิตร 1 ของ
dNTP แต่ละ 0.5 มิลลิโมลต่อลิตร 1 ของแต่ละไพร (ตารางที่ 1) 2 U ของโพลิเมอร์ TAQ
(Invitrogen) และ 5 มิลลิลิตร Chelex? -100 บริสุทธิ์ ดีเอ็นเอ.
Amplicons ถูกบริสุทธิ์กับอุปกรณ์ Qiacube ใช้ QIAquick
ชุดฟอก PCR (QIAGEN) และ 5 เส้นทางถูกขยายด้วย
Terminator BigDye 3.1 ชุดลำดับวงจร (Applied Biosystems,
ฟอสเตอร์ซิตี้, CA, USA) ลำดับที่ได้ดำเนินการใน ABI
PRISM 310 พันธุกรรมวิเคราะห์ (Applied Biosystems) ลำดับถูก
วิเคราะห์ด้วยในบรรทัดระเบิด-W2 และ ClustalW จากยุโรป
รสสถาบัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

หนึ่งหรือสองสายพันธุ์ของแต่ละไทป์ระบุได้ด้วย
v1ev3 ภูมิภาคของลำดับเบส 16S rRNA . เอ็นเทโรค็อกคัส , Lactobacillus
weissella , และที่ไม่สามารถระบุชนิดได้ในระดับที่ระบุ cpn60
และ / หรือเยื่อของ เชื้อแบคทีเรียสายพันธุ์
ถูกระบุโดยลำดับ โซดา แต่ละปริมาตร 50 มิลลิลิตรปฏิกิริยา PCR
5 มิลลิลิตร บรรจุ 10  PCR buffer , 1.5 mmol l  1 ไอโซโทป , 0.4 mmol l  1 ของแต่ละ dntp
,0.5 มิลลิโมล /  1 ของแต่ละหลัก ( ตารางที่ 1 ) 2 U ของแท็กการ
( Invitrogen ) และ 5 มิลลิลิตร chelex  - 100 บริสุทธิ์ดีเอ็นเอ .
amplicons เป็นบริสุทธิ์กับอุปกรณ์ qiacube ใช้ qiaquick
PCR ฟอก Kit ( เพิ่ม ) และ 5 ng ถูกขยายด้วย
bigdye Terminator 3.1 วงจรลำดับชุด ( Applied Biosystems
, Foster City , CA , USA ) การกระทำใน ABI
ปริซึมและวิเคราะห์ทางพันธุกรรม ( Applied Biosystems ) ลำดับถูกวิเคราะห์ด้วย blast-w2 บรรทัดบน

รสนสถาบัน และ clustalw จากยุโรป