The MDock docking program was used

The MDock docking program was used to identify feasible
binding sites of ATP and genistein on the modeled CFTR’s NBD1–
NBD2 dimer. MDock integrates the efficient ITScore scoring
functions and fast ensemble docking algorithm we recently
developed[33–36]. The accuracy of MDock has been extensively
tested in terms of ligand binding mode identification, apparent
affinityprediction, aswell asvirtual database screeningwithdiverse
test sets[33,34]. The source codes and executables of MDock are
available free of charge for academic users (http://zoulab.dalton.-missouri.edu/). During the docking calculations, the NBD1–NBD2
heterodimer was treated as a rigid body while the ligand was
allowed tobe flexible. Ligandflexibility was representedbydocking
multiple conformers of a ligand generated by OMEGA (OpenEye
Scientific Software, Santa Fe, NM). The bound ATP molecules were
removed from the constructed ATP-bound NBD1–NBD2 complex.
The protein and ligand were saved in SYBYL-style mol2 format
(Tripos Inc., St. Louis, MO) using UCSF Chimera [37]. The DOCK
sphere points, representing all possible binding sites on the protein,
were generated using the SPHGEN program[38] in the DOCK
software package[39].

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

MDock ใช้โปรแกรมเทียบเพื่อระบุความเป็นไปได้
ผูกไซต์ของ ATP และ genistein ใน CFTR การสร้างแบบจำลอง NBD1-
NBD2 ผลิตของ dimer MDock รวมคะแนน ITScore มีประสิทธิภาพ
ฟังก์ชันและวงดนตรีที่รวดเร็วเทียบอัลกอริทึมเราเพิ่ง
พัฒนา [33 – 36] ความถูกต้องของ MDock ได้รับการอย่างกว้างขวาง
ทดสอบในลิแกนด์รวมโหมดรหัส ชัด
affinityprediction screeningwithdiverse ฐานข้อมูล asvirtual aswell
ทดสอบชุด [33,34] รหัสแหล่งที่มาและ executables MDock
ว่างฟรีสำหรับผู้ใช้ทางวิชาการ (http://zoulab.dalton.-missouri.edu/) ในระหว่างการคำนวณเทียบ NBD1 – NBD2
heterodimer ถูกถือว่าเป็นเนื้อแข็งในขณะลิแกนด์
อนุญาต tobe ยืดหยุ่น Ligandflexibility เป็น representedbydocking
หลาย conformers ของลิแกนด์ที่สร้างขึ้น โดยโอเมก้า (OpenEye
ซอฟต์แวร์วิทยาศาสตร์ ซานตาเฟ่ NM) โมเลกุล ATP ผูกถูก
เอาจากที่สร้าง ATP ผูก NBD1 – NBD2 คอมเพล็กซ์
โปรตีนและลิแกนด์ถูกบันทึกไว้ในรูปแบบสไตล์ SYBYL mol2
(Tripos Inc., St. Louis, MO) ใช้ชิเมร่า UCSF [37] ท่าเรือ
ทรงกลมจุด แทนไซต์รวมได้ทั้งหมดในโปรตีน,
สร้างขึ้นโดยใช้โปรแกรม SPHGEN [38] ในท่า
ชุดซอฟต์แวร์ [39]

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โปรแกรม MDock เชื่อมต่อถูกใช้ในการระบุความเป็นไปได้
ที่เว็บไซต์ของเอทีพีผูกพันและ genistein ใน CFTR รูปแบบของ NBD1-
NBD2 dimer MDock รวมที่มีประสิทธิภาพ ITScore การให้คะแนน
การทำงานและขั้นตอนวิธีเชื่อมต่อชุดอย่างรวดเร็วเราเพิ่ง
พัฒนา [33-36] ความถูกต้องของ MDock ได้รับอย่างกว้างขวาง
ผ่านการทดสอบในแง่ของลิแกนด์ที่มีผลผูกพันการระบุโหมดชัดเจน
affinityprediction, เช่นกัน screeningwithdiverse ฐานข้อมูล asvirtual
ชุดทดสอบ [33,34] รหัสแหล่งที่มาและ executables ของ MDock เป็น
บริการฟรีสำหรับผู้ใช้ทางวิชาการ (http://zoulab.dalton. -missouri.edu/) ในระหว่างการคำนวณต่อ, NBD1-NBD2
heterodimer ได้รับการรักษาเป็นวัตถุแข็งเกร็งในขณะที่แกนด์ที่ได้รับ
อนุญาตให้มีความยืดหยุ่นฮู Ligandflexibility ถูก representedbydocking
หลายคอนฟลิแกนด์ที่สร้างขึ้นโดยโอเมก้า (Openeye
วิทยาศาสตร์ซอฟแวร์, Santa Fe, NM) โมเลกุลเอทีพีผูกพันถูก
ลบออกจากการสร้างเอทีพีผูกพันซับซ้อน NBD1-NBD2
โปรตีนและลิแกนด์ได้รับการบันทึกในรูปแบบ mol2 SYBYL สไตล์
(Tripos อิงค์เซนต์หลุยส์) โดยใช้ UCSF ฝัน [37] DOCK
จุดทรงกลมที่เป็นตัวแทนของเว็บไซต์ที่มีผลผูกพันเป็นไปได้ทั้งหมดในโปรตีนที่
ถูกสร้างขึ้นโดยใช้โปรแกรม SPHGEN [38] ใน DOCK
แพคเกจซอฟต์แวร์ [39]

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การ mdock docking โปรแกรมถูกใช้เพื่อระบุเป็นไปได้
ผูกพันเว็บไซต์ ATP และ genistein ในแบบของ cftr nbd1 –
nbd2 เมอร์ . mdock รวมมีประสิทธิภาพและรวดเร็วขึ้น itscore ฟังก์ชันสำหรับขั้นตอนวิธีนี้
พัฒนา [ 33 ] – 36 คะแนน

ความถูกต้องของ mdock ได้รับอย่างกว้างขวางในแง่ของลิแกนด์ผูกพัน
ทดสอบโหมดตัว affinityprediction แจ่มแจ้ง
,และฐานข้อมูล asvirtual screeningwithdiverse
ทดสอบชุด [ 33,34 ] แหล่งที่มาของรหัสและ executables mdock
เป็นบริการฟรีสำหรับผู้ใช้วิชาการ ( http : / / zoulab . ดอลตัน - มิสซูรี . edu / ) ในระหว่างการเชื่อมต่อ , nbd1 – nbd2
heterodimer ก็เหมือนร่างกายแข็งในขณะที่ลิแกนด์คือ
อนุญาตให้เป็นแบบยืดหยุ่น ligandflexibility คือ representedbydocking
หลายโครงสร้างของระบบที่สร้างขึ้นโดย โอเมก้า ( openeye
ทางวิทยาศาสตร์ซอฟแวร์ , Santa Fe , nm ) ผูกเอทีพีโมเลกุลถูก
ลบออกจากสร้าง ATP ผูกพัน nbd1 – nbd2 ซับซ้อน โปรตีนและลิแกนด์
ถูกบันทึกไว้ในรูปแบบ sybyl สไตล์ mol2
( tripos Inc . , St . Louis , MO ) โดยใช้ UCSF ความเพ้อฝัน [ 37 ] ท่าเรือ
ทรงกลมจุด ซึ่งเป็นไปได้ทั้งหมดบนเว็บไซต์
ผูกพันโปรตีนถูกสร้างขึ้นโดยใช้โปรแกรม sphgen [ 38 ] ในท่าเรือ
แพคเกจซอฟต์แวร์ [ 39 ]