Water molecules were represented us

Water molecules were represented using the SPC model.59
The particle-mesh Ewald summation (PME) method60 was
used for the electrostatic interactions with a real space cutoff of
1.0 nm and a reciprocal grid of 60 × 60 × 60 cells with a fourthorder
B-spline interpolation. For van der Waals interactions, we
used a cutoff distance of 1.0 nm. All MD simulations were
performed by using the GROMACS package (version 4.0.5).61
Prior to actual simulations, the systems were energy
minimized and equilibrated by short 20 ns MD runs. The
production simulations were performed over a period of 200 ns
for each AuNP. For comparison, previous simulation studies of
related systems covered time scales of the order of 1 ns.29 The
time step was set to 1 fs, and the neighbor list (cutoff 1.0 nm)
was updated for every frame. The simulations were performed
both in the NVT and NPT ensembles for 200 ns, respectively.
For the NVT ensemble, the temperature was set to 310 K using
the Berendsen thermostat62 with a time constant of 0.1 ps. In
addition, for the NPT ensemble, the Berendsen algorithm62
with a compressibility of 4.5 × 10−5 bar−1, time constant of 5
ps, and reference pressure of 1 bar was used for isotropic
pressure coupling. The variable cell size in NPT resulted in
0.02−0.03 nm changes in the simulation box dimensions (7.06
nm). However, most of the analysis was performed using the

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

โมเลกุลของน้ำได้แทนการใช้ SPC model.59ถูกตาข่ายอนุภาค Ewald รวม (PME) method60ใช้สำหรับการโต้ตอบที่สถิตกับตัดพื้นที่จริงของ1.0 nm และตารางอัตราแลกเปลี่ยนของ 60 × 60 × 60 เซลล์ ด้วยการ fourthorderแทรกข้อความ B เหมือนกัน สำหรับการโต้ตอบของ van der Waals เราใช้ตัดยอดระยะทาง 1.0 nm ได้จำลอง MD ทั้งหมดดำเนินการ โดยใช้แพคเกจ GROMACS (รุ่น 4.0.5).61ก่อนจริงจำลอง ระบบมีพลังงานย่อเล็กสุด และ equilibrated โดยย่อ 20 ns MD ทำงาน ที่จำลองการผลิตดำเนินระยะ 200 nsสำหรับแต่ละ AuNP สำหรับการเปรียบเทียบ การจำลองการศึกษาก่อนหน้านี้ของระบบที่เกี่ยวข้องครอบคลุมสมดุลเวลาลำดับ 1 ns.29ขั้นตอนเวลาถูกตั้งค่าไป 1 fs เพื่อนบ้าน (ตัดยอด 1.0 nm)ถูกปรับปรุงสำหรับทุกเฟรม มีดำเนินการแบบจำลองทั้งในวง NVT และ NPT สำหรับ 200 ns ตามลำดับสำหรับวงดนตรี NVT อุณหภูมิถูกตั้งค่าให้ใช้ K 310thermostat62 Berendsen กับค่าคงเวลาของ ps. 0.1 ในนอกจากนี้ สำหรับวงดนตรี NPT, Berendsen algorithm62มี compressibility ของ 4.5 × 10−5 bar−1 เวลาคงที่ 5ps และความดันอ้างอิงของแถบที่ 1 ใช้สำหรับ isotropicคลัปความดัน ส่งผลให้เซลล์ตัวแปรขนาด NPTNm 0.02−0.03 การเปลี่ยนแปลงในการจำลองกล่องขนาด (7.06นิวตันเมตร) อย่างไรก็ตาม ส่วนใหญ่ของการวิเคราะห์ทำโดยใช้การ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โมเลกุลของน้ำเป็นตัวแทนโดยใช้ SPC model.59
อนุภาคตาข่ายบวกวาลด์ (PME) method60 ถูก
ใช้สำหรับการปฏิสัมพันธ์กับตัดพื้นที่ที่แท้จริงของ
1.0 นาโนเมตรและตารางซึ่งกันและกัน 60 × 60 × 60 เซลล์ที่มี fourthorder
B- การแก้ไขเส้นโค้ง สำหรับแวนเดอร์ Waals ปฏิสัมพันธ์เรา
ใช้ระยะตัด 1.0 นาโนเมตร MD จำลองทั้งหมดถูก
ดำเนินการโดยใช้แพคเกจ GROMACS (เวอร์ชั่น 4.0.5) 0.61
ก่อนที่จะมีการจำลองสถานการณ์ที่เกิดขึ้นจริงถูกระบบพลังงาน
ลดลงและ equilibrated โดย 20 ns การทำงาน MD
การจำลองการผลิตได้ดำเนินการในช่วง 200 ns การ
สำหรับแต่ละ AuNP สำหรับการเปรียบเทียบการศึกษาแบบจำลองก่อนหน้าของ
ระบบที่เกี่ยวข้องครอบคลุมเครื่องชั่งน้ำหนักเวลาของคำสั่งของ 1 ns.29
ขั้นตอนเวลาที่ถูกกำหนดให้ 1 FS และรายการเพื่อนบ้าน (ตัด 1.0 นาโนเมตร)
ได้รับการปรับปรุงทุกเฟรม จำลองได้ดำเนินการ
ทั้งในและตระการตา NVT NPT 200 ns การตามลำดับ.
สำหรับวงดนตรี NVT อุณหภูมิถูกกำหนดให้ใช้ 310 K
thermostat62 Berendsen มีเวลาคงที่ 0.1 PS ใน
นอกจากนี้สำหรับวงดนตรี NPT, Berendsen algorithm62
กับการอัด 4.5 × 10-5 บาร์-1 เวลาคงที่ 5
PS, และความดันอ้างอิง 1 บาร์ที่ใช้สำหรับ isotropic
ดันการมีเพศสัมพันธ์ ขนาดของเซลล์ตัวแปรใน NPT ส่งผลให้เกิด
การเปลี่ยนแปลง 0.02-0.03 นาโนเมตรขนาดของกล่องจำลอง (7.06
นาโนเมตร) แต่ส่วนใหญ่ของการวิเคราะห์ที่ถูกดำเนินการโดยใช้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

โมเลกุลของน้ำแทนการใช้ SPC รุ่น 59
อนุภาคตาข่ายยูเอิลด์การบวก ( PME ) method60 คือ
ใช้ปฏิสัมพันธ์ไฟฟ้าสถิตกับพื้นที่จริงนี้
1.0 nm และส่วนกลับของ 60 × 60 × 60 ตารางเซลล์ที่มีการ b-spline fourthorder

สำหรับแวนเดอวาลส์ปฏิสัมพันธ์ที่เราใช้ตัดระยะทาง
1.0 nm . จำลอง MD ทุกคน
โดยการใช้ gromacs แพคเกจ ( รุ่น 4.0.5 ) 61
ก่อนใช้จริง ระบบพลังงาน
ลดลงและ equilibrated โดยสั้น 20 ns ) วิ่ง
ผลการผลิตได้ตลอดระยะเวลา 200 NS
สำหรับแต่ละ aunp . สำหรับการเปรียบเทียบ , ก่อนหน้านี้ผลการจำลองแบบของระบบที่เกี่ยวข้องครอบคลุมเวลาชั่ง
ลำดับที่ 1 ns.29
เวลาขั้นตอนที่ถูกตั้งค่าเป็น 1 FS ,และเพื่อนบ้าน ( รายการทางลัด 1.0 nm )
ได้รับการปรับปรุงทุกเฟรม จำลองการ
ทั้งในและ nvt ปชส. ตระการตา 200 NS ตามลำดับ .
สำหรับ nvt ensemble , อุณหภูมิถูกกำหนดให้ใช้ thermostat62 310 k
berendsen ด้วยเวลาคงที่ของ 0.1 PS ใน
นอกจากนี้สำหรับ NPT ensemble , algorithm62
berendsen กับตัว 4.5 × 10 − 5 บาร์− 1เวลาคงที่ของ 5
ป.ล. อ้างอิงและความดัน 1 บาร์ใช้ข้อต่อแรงดันตัว

ตัวแปรขนาดเซลล์ใน NPT ส่งผลให้เกิด
0.02 − 0.03 nm การเปลี่ยนแปลงในการจำลองแบบกล่องขนาด ( 7.06
nm ) อย่างไรก็ตาม , ส่วนใหญ่ของการวิเคราะห์โดยใช้