To identify genes that are regulate

To identify genes that are regulated by drought in different
stages of rice florets, a t-test was conducted for each
gene at each stage separately, then the FDR was calculated
by recruiting the R package ‘fdrtool’ using the t-statistic values
(Strimmer, 2008). Threshold of drought-responsive genes
was set as FDR

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การระบุยีนที่ควบคุม โดยภัยแล้งในแตกต่างกันขั้นตอนของ florets ข้าว ทำ t-การทดสอบแต่ละยีนแต่ละขั้นตอนแยกต่างหาก แล้วคำนวณด้วยการสมัครแพคเกจ R 'fdrtool' โดยใช้ค่าสถิติ(Strimmer, 2008) ขีดจำกัดของยีนที่ตอบสนองต่อภัยแล้งการตั้งค่าเป็นด้วย < 0.05 คะแนน z เครื่องสำหรับเปลี่ยน log2อัตราส่วนแสดงยีนระหว่างภัยแล้งและการทดลองควบคุมสำหรับแต่ละขั้นตอนของ florets ถูกคำนวณโดยใช้การเครื่องมือเว็บ SNOMAD (Colantuoni et al. 2002), เริ่มต้นตั้งค่าพารามิเตอร์ สมมติฐานสำหรับวิธีคะแนน zมีสัดส่วนเท่ามีขนาดเล็กของยีนถูก differentiallyแสดงและการกระจายของ log2-เปลี่ยนอัตราส่วนการแสดงออกของยีนเป็นการปกติประมาณการกระจายงาน , Z-คะแนนทำแจกและผู้ที่ มีค่าสัมบูรณ์มากกว่า 1.96 สอดคล้องชนิดฉันผิดพลาด 0.05

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เพื่อระบุยีนที่มีการควบคุมจากภัยแล้งในที่แตกต่างกัน
ขั้นตอนของดอกข้าว t-test ได้ดำเนินการสำหรับแต่ละ
ยีนในแต่ละขั้นตอนแยกกันแล้ว FDR ที่คำนวณได้
โดยการสรรหาแพคเกจ R 'fdrtool' โดยใช้ค่า T-สถิติ
(Strimmer 2008) เกณฑ์ของยีนที่ตอบสนองต่อภัยแล้ง
ได้รับการตั้งค่าให้เป็น FDR <0.05 Z-คะแนนในท้องถิ่นสำหรับ log2-เปลี่ยน
อัตราส่วนการแสดงออกของยีนระหว่างภัยแล้งและการควบคุมการทดลอง
สำหรับขั้นตอนของแต่ละดอกจะถูกคำนวณโดยใช้
SNOMAD เครื่องมือบนเว็บ (Colantuoni et al., 2002) โดยมีค่าเริ่มต้น
การตั้งค่าพารามิเตอร์ สมมติฐานสำหรับวิธี Z-คะแนน
เป็นว่ามีเพียงส่วนเล็ก ๆ ของยีนที่ถูกแตกต่างกัน
แสดงและการกระจายตัวของ log2-เปลี่ยน
อัตราส่วนการแสดงออกของยีนเป็นปกติประมาณ
กระจาย ดังนั้น Z-คะแนนตามการแจกแจงแบบปกติ
และผู้ที่มีค่าแน่นอนมีขนาดใหญ่กว่า 1.96 สอดคล้อง
กับความผิดพลาดแบบ 0.05

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การระบุยีนที่ควบคุมโดยภัยแล้งในต่างขั้นตอนของดอกข้าว , ค่าดำเนินการสำหรับแต่ละยีนที่แยกต่างหากในแต่ละขั้นตอน แล้วทำการคำนวณอึงอลโดยการใช้แพคเกจ " " R fdrtool ค่า t-statistic( strimmer , 2008 ) ภัยแล้งที่ตอบสนองเกณฑ์ของยีนถูกตั้งค่าเป็น FDR < 0.05 การ z-scores ท้องถิ่น LOG แปลงต่อการแสดงออกของยีนและการควบคุมการทดลองระหว่างแล้งสำหรับขั้นตอนของแต่ละดอก คำนวณโดยใช้เว็บเครื่องมือ snomad ( colantuoni et al . , 2002 ) โดยปริยายการตั้งค่าพารามิเตอร์ สมมติฐานที่ให้คะแนนวิธีมีเพียงส่วนน้อยของยีนต่างกันแสดงและการกระจายของ LOG แปลงต่อการแสดงออกของยีนเป็นปกติประมาณการกระจายสินค้า ดังนั้น z-scores ตามการแจกแจงปกติและแน่นอนกับค่าขนาดใหญ่กว่า 3% สอดคล้องให้ความคลาดเคลื่อนประเภทที่แตกต่างกัน