polymerase (Takara Bio), 0.1 mM of

polymerase (Takara Bio), 0.1 mM of each primer and 10 ng
template DNA. The thermocycler was set to give an initial
denaturation step of 2 min at 94 uC, followed by 30 cycles,
each of 20 s at 94 uC, 30 s at 55 uC and 20 s at 72 uC, and
then a final extension of 3 min at 72 uC. The amplicons
were purified, using a Montage PCR filter unit (Millipore)
according to the manufacturer’s instructions, before being
sequenced by using version 3.1 of the ABI PRISM BigDye
Terminator cycle sequencing kit (Applied Biosystems)
and an ABI PRISM 3130xl genetic analyser (Applied
Biosystems). The sequences were assembled using version
2.1 of the Autoassembler package (Applied Biosystems)
and version 15.0 of the GENETYX-MAC package (Software
Development). The closest known relatives of the novel
strains were identified using FASTA (Pearson & Lipman,
1988), before the relevant sequences of the closely related
species were retrieved from the GenBank/EMBL/DDBJ
databases. Multiple alignment of the sequences was carried
out with version 2.0.12 of the program CLUSTAL_X
(Thompson et al., 1997). The almost-complete 16S rRNA
gene sequences of the novel strains and strains of related
species were used in the construction of a neighbourjoining
phylogenetic tree (Saitou & Nei, 1987). The topology
of the tree was evaluated by bootstrap analysis with
1000 replicates (Felsenstein, 1985). The MEGA4 package
(Tamura et al., 2007) was used to construct minimumevolution
(Rzhetsky & Nei, 1992) and maximum-parsimony
(Fitch, 1971) trees, using the same sequences and
the Kimura two-parameter model (Kimura, 1980). The
novel strain YIT 11221T appeared to be closely related to
the type strains of all four recognized subspecies of L.
delbrueckii (i.e. L. delbrueckii subsp. bulgaricus YIT 0181T
,
L. delbrueckii subsp. delbrueckii YIT 0080T
, L. delbrueckii
subsp. indicus YIT 11751T and L. delbrueckii subsp. lactis
YIT 0086T
), with 16S rRNA gene sequence similarities of at
least 98.8 %. In the neighbour-joining phylogenetic tree
based on 16S rRNA gene sequences, the four novel strains
were placed in a cluster formed of members of the species
L. delbrueckii (Fig. S1). Similar topologies were seen in the
corresponding minimum-evolution and maximum-parsimony
trees (data not shown)

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

พอลิเมอเรส (Takara Bio), 0.1 มม.แต่ละพื้นและ 10 ngแม่แบบดีเอ็นเอ Thermocycler จะถูกตั้งค่าให้เป็นต้นขั้นตอน denaturation 2 นาทีที่ 94 uC ตามรอบ 30ละ 20 s ที่ 94 uC, 30 s ที่ 55 uC และ 20 s ที่ 72 uC และแล้วตัวสุดท้ายเบอร์ต่อภายใน 3 นาทีที่ 72 uC Ampliconsไม่บริสุทธิ์ ใช้หน่วยกรอง PCR ภาพที่มีอยู่ (มาก)ตามคำแนะนำของผู้ผลิต การเรียงลำดับ โดยใช้รุ่น 3.1 BigDye ปริซึม ABIเทอร์มิเนเตอร์วงจรลำดับชุด (Biosystems ใช้)มีปริซึม ABI 3130xl พันธุ analyser (ประยุกต์และBiosystems) ลำดับที่ถูกรวบรวมโดยใช้รุ่น2.1 ของ Autoassembler (Biosystems ใช้)และรุ่น 15.0 (ซอฟต์แวร์แพคเกจ GENETYX MACการพัฒนา) ญาติที่รู้จักใกล้เคียงที่สุดของนวนิยายสายพันธุ์ระบุใช้ FASTA (Pearson และ Lipman1988), ก่อนลำดับที่เกี่ยวข้องของที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดสายพันธุ์ได้ถูกเรียกจาก GenBank/EMBL/DDBJฐานข้อมูล ทำหลายตำแหน่งลำดับออกรุ่น 2.0.12 ของโปรแกรม CLUSTAL_X(ทอมป์สันและ al., 1997) เกือบสมบูรณ์ 16S rRNAลำดับยีนของนวนิยายสายพันธุ์และสายพันธุ์ของที่เกี่ยวข้องชนิดใช้ในการก่อสร้าง neighbourjoiningต้นไม้ phylogenetic (Saitou และ Nei, 1987) โทโพโลยีต้นถูกประเมิน โดยมีการเริ่มต้นระบบวิเคราะห์1000 เหมือนกับ (Felsenstein, 1985) แพคเกจ MEGA4(Tamura et al., 2007) ถูกใช้เพื่อสร้าง minimumevolution(Rzhetsky & Nei, 1992) and maximum-parsimony(Fitch, 1971) trees, using the same sequences andthe Kimura two-parameter model (Kimura, 1980). Thenovel strain YIT 11221T appeared to be closely related tothe type strains of all four recognized subspecies of L.delbrueckii (i.e. L. delbrueckii subsp. bulgaricus YIT 0181T,L. delbrueckii subsp. delbrueckii YIT 0080T, L. delbrueckiisubsp. indicus YIT 11751T and L. delbrueckii subsp. lactisYIT 0086T), with 16S rRNA gene sequence similarities of atleast 98.8 %. In the neighbour-joining phylogenetic treebased on 16S rRNA gene sequences, the four novel strainswere placed in a cluster formed of members of the speciesL. delbrueckii (Fig. S1). Similar topologies were seen in thecorresponding minimum-evolution and maximum-parsimonytrees (data not shown)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โพลิเมอร์ (Takara Bio) 0.1 มิลลิของแต่ละไพรเมอร์และ 10
นาโนกรัมดีเอ็นเอแม่แบบ thermocycler
ถูกกำหนดให้เริ่มต้นขั้นตอนdenaturation 2 นาทีที่ 94 UC ตามด้วย 30
รอบแต่ละ20 วินาทีที่ 94 UC, 30 วินาทีที่ 55 UC และ 20 วินาทีที่ 72 UC
และจากนั้นขยายสุดท้ายของ3 นาที ที่ 72 UC amplicons
ถูกทำให้บริสุทธิ์โดยใช้หน่วยกรอง PCR ตัดต่อ (ค)
ตามคำแนะนำของผู้ผลิตก่อนที่จะถูกจัดลำดับโดยใช้เวอร์ชัน 3.1 ของ ABI PRISM BigDye ชุดลำดับวงจร Terminator (Applied Biosystems) และการวิเคราะห์ทางพันธุกรรม ABI PRISM 3130xl (Applied Biosystems ) ลำดับถูกประกอบโดยใช้รุ่น2.1 ของแพคเกจ Autoassembler (Applied Biosystems) และรุ่น 15.0 ของแพคเกจ GENETYX-MAC (ซอฟแวร์การพัฒนา) ญาติที่รู้จักกันใกล้เคียงที่สุดของนวนิยายเรื่องสายพันธุ์ที่ได้รับการระบุการใช้ FASTA (เพียร์สันและลิปแมน, 1988) ก่อนที่จะลำดับที่เกี่ยวข้องของที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดชนิดที่ดึงมาจากGenBank / EMBL / DDBJ ฐานข้อมูล การจัดตำแหน่งหลายลำดับได้ดำเนินการออกมาพร้อมกับรุ่น 2.0.12 ของ CLUSTAL_X โปรแกรม (ธ อมป์สัน et al., 1997) เกือบสมบูรณ์ 16S rRNA ลำดับยีนของสายพันธุ์ที่แปลกใหม่และสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องกับสายพันธุ์ที่ถูกนำมาใช้ในการก่อสร้าง neighbourjoining ต้นไม้สายวิวัฒนาการ (Saitou และ Nei, 1987) โครงสร้างของต้นไม้ที่ถูกประเมินโดยการวิเคราะห์บูตกับ1000 ซ้ำ (Felsenstein, 1985) แพคเกจ MEGA4 (ทามูระ et al., 2007) ถูกนำมาใช้ในการสร้าง minimumevolution (Rzhetsky และ Nei, 1992) และสูงสุดประหยัด(Fitch, 1971) ต้นไม้โดยใช้ลำดับเดียวกันและคิมูระสองพารามิเตอร์รูปแบบ(คิมูระ, 1980) . ความเครียดนวนิยาย YIT 11221T ดูเหมือนจะเกี่ยวข้องกับสายพันธุ์ชนิดของทั้งสี่ชนิดย่อยได้รับการยอมรับของแอลdelbrueckii (เช่นแอล delbrueckii subsp. bulgaricus YIT 0181T, L. subsp delbrueckii. delbrueckii YIT 0080T ลิตร delbrueckii subsp. indicus YIT 11751T ลิตรและ delbrueckii subsp. lactis YIT 0086T) กับ 16S rRNA ลำดับความคล้ายคลึงกันของยีนอย่างน้อย98.8% ในเพื่อนบ้านเข้า phylogenetic ต้นไม้ขึ้นอยู่กับ16S rRNA ลำดับยีนทั้งสี่สายพันธุ์นวนิยายถูกวางไว้ในกลุ่มที่เกิดขึ้นในสมาชิกของสปีชีส์ลิตร delbrueckii (รูป. S1) โครงสร้างที่คล้ายกันเห็นได้ในขั้นต่ำวิวัฒนาการที่สอดคล้องกันและสูงสุดประหยัดต้นไม้(ไม่ได้แสดงข้อมูล)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เมอเรส ( ทาคาระไบโอ ) , 0.1 มิลลิเมตรของแต่ละสีและ 10 ng
แม่แบบดีเอ็นเอ การตั้งค่าเพื่อให้ขั้นตอนเทอร์มอไซเคล ์เป็นครั้งแรก (
2 นาทีที่ 94 UC ตามด้วย 30 รอบ
แต่ละ 20 S ที่ 94 UC 30 S 55 UC และ 20 s 72 UC และ
แล้วสุดท้ายขยาย 3 นาทีที่ 72 เป็นต้น . การ amplicons
มีความบริสุทธิ์ ใช้เทคนิคการตัดต่อหน่วยกรอง ( มิลลิ )
ตามคำแนะนำของผู้ผลิตก่อนที่จะถูก
ลำดับโดยใช้รุ่น 3.1 ของ ABI ปริซึม bigdye
Terminator รอบชุดจัดลำดับ ( Applied Biosystems )
และ ABI ปริซึม 3130xl พันธุกรรมวิเคราะห์ประยุกต์
Biosystems ) ลำดับถูกประกอบใช้เวอร์ชั่น 2.1 ของแพคเกจ (

autoassembler Applied Biosystems ) และเป็นรุ่นของ genetyx-mac แพคเกจ ( การพัฒนาซอฟต์แวร์
) ใกล้ญาติของนวนิยาย
สายพันธุ์ ระบุใช้ fasta ( เพียร์สัน& Lipman
, 1988 ) ก่อนลำดับของชนิดที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด
ถูกดึงมาจากฐานข้อมูล / ขนาด / ddbj
สัตว . หลายตำแหน่งของลำดับการ 2.0.12
ออกมากับรุ่นของโปรแกรม clustal_x
( Thompson et al . , 1997 ) เกือบสมบูรณ์ลำดับเบส 16S rRNA ยีนของสายพันธุ์ใหม่

และสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องชนิด ที่ใช้ในการก่อสร้างของ neighbourjoining
phylogenetic ต้นไม้ ( ไซโตะ&เนย , 1987 ) โครงสร้าง
ของต้นไม้ที่ประเมินโดยการวิเคราะห์ด้วยบูท
1000 ซ้ำ ( felsenstein , 1985 ) การ mega4 แพคเกจ
( ทามูระ et al . , 2007 ) ถูกใช้ในการสร้าง minimumevolution
( rzhetsky &เนย , 1992 ) และ
ตระหนี่สูงสุด ( Fitch , 1971 ) ต้นไม้ที่ใช้ลำดับเดียวกันและ
พวกคิมูระสองพารามิเตอร์โมเดล ( คิมูระ , 1980 )
นวนิยายเมื่อย yit 11221t ปรากฏจะเกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับ
ชนิดสายพันธุ์ของทั้งหมดสี่ชนิดย่อยได้รับการยอมรับของ L .
delbrueckii ( เช่น . delbrueckii subsp . yit bulgaricus 0181t
,
. delbrueckii subsp . delbrueckii yit 0080t
L
delbrueckii subsp . นดิคัส yit 11751t และ delbrueckii subsp . 0086t

yit lactis )มีความคล้ายคลึงกันของลำดับเบส 16S rRNA ยีนที่
อย่างน้อย 98.8 % ในเพื่อนบ้านร่วม
phylogenetic ต้นไม้ตามลำดับเบส 16S rRNA ยีน สี่นวนิยายสายพันธุ์
อยู่ในกลุ่มก่อตั้งสมาชิกของสายพันธุ์
L delbrueckii ( ภาพที่ S1 ) โครงสร้างที่คล้ายกันอยู่ในขั้นต่ำและวิวัฒนาการของต้นไม้
ที่ตระหนี่
สูงสุด ( ข้อมูลไม่แสดง )