The European Nucleotide Archive (EN

The European Nucleotide Archive (ENA) captures and presents information relating to experimental workflows that are based around nucleotide sequencing. A typical workflow includes the isolation and preparation of material for sequencing, a run of a sequencing machine in which sequencing data are produced and a subsequent bioinformatic analysis pipeline. ENA records this information in a data model that covers input information (sample, experimental setup, machine configuration), output machine data (sequence traces, reads and quality scores) and interpreted information (assembly, mapping, functional annotation).

Data arrive at ENA from a variety of sources. These include submissions of raw data, assembled sequences and annotation from small-scale sequencing efforts, data provision from the major European sequencing centres and routine and comprehensive exchange with our partners in the International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC).

Provision of nucleotide sequence data to ENA or its INSDC partners has become a central and mandatory step in the dissemination of research findings to the scientific community. ENA works with publishers of scientific literature and funding bodies to ensure compliance with these principles and to provide optimal submission systems and data access tools that work seamlessly with the published literature.

ENA is made up of a number of distinct classes of data organised into three tiers. Each class has its own data formats and standards. ENA data classes and formats are described here.

Although the ENA has almost 30 years of history, the data and services are constantly changing to reflect growing volumes of data, ever improving sequencing technology and the broadening of applications to which sequencing is now put. Latest developments and changes to services are announced here and users are encourage to join the ENA mailing list (see here).

As part of the global effort to improve access to and usability of nucleotide sequencing data, we collaborate extensively in the development of our services and technologies and in standards activities.

The ENA is developed and maintained at the EMBL-EBI under the guidance of the INSDC International Advisory Committee and a Scientific Advisory Board.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ยุโรปเบส Archive (ENA) จับและนำเสนอข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับขั้นตอนการทำงานการทดลองที่มีพื้นฐานมาจากการหาลำดับเบส เวิร์กโฟลว์ทั่วไปรวมถึงการแยกและการจัดเตรียมวัสดุสำหรับการจัดลำดับการทำงานของเครื่องลำดับที่ข้อมูลลำดับที่มีการผลิตและท่อวิเคราะห์ชีววิทยาตามมา ENA บันทึกข้อมูลนี้ในรูปแบบข้อมูลที่ครอบคลุมข้อมูลอินพุท (ตัวอย่างการติดตั้งการทดลองการกำหนดค่าเครื่อง) ข้อมูลตัวเครื่องเอาท์พุท (ร่องรอยลำดับอ่านและคะแนนคุณภาพ) และตีความข้อมูล (การชุมนุม, แผนที่, บันทึกย่อทำงาน). ข้อมูลมาถึงที่ ENA จากความหลากหลายของแหล่งที่มา เหล่านี้รวมถึงการส่งข้อมูลดิบลำดับประกอบและบันทึกย่อจากความพยายามลำดับขนาดเล็กการให้ข้อมูลจากศูนย์ลำดับยุโรปที่สำคัญและการแลกเปลี่ยนประจำและครอบคลุมกับพันธมิตรของเราในระหว่างเบสลำดับการทำงานร่วมกันฐานข้อมูล (INSDC). การให้ข้อมูลลำดับเบส เพื่อ ENA หรือคู่ค้า INSDC ของมันได้กลายเป็นขั้นตอนกลางและบังคับใช้ในการเผยแพร่ผลงานวิจัยเพื่อชุมชนวิทยาศาสตร์ ENA ทำงานร่วมกับสำนักพิมพ์วรรณกรรมทางวิทยาศาสตร์และหน่วยงานระดมทุนเพื่อให้สอดคล้องกับหลักการเหล่านี้และเพื่อให้ระบบการส่งที่ดีที่สุดและเครื่องมือการเข้าถึงข้อมูลที่ทำงานต่อเนื่องกับเอกสารตีพิมพ์. ENA ถูกสร้างขึ้นจากจำนวนของชั้นเรียนที่แตกต่างของข้อมูลที่จัดเป็นสามชั้น . แต่ละชั้นมีรูปแบบข้อมูลของตัวเองและมาตรฐาน ENA เรียนข้อมูลและรูปแบบจะมีการอธิบายที่นี่. แม้ว่า ENA มีเกือบ 30 ปีของประวัติศาสตร์ข้อมูลและการบริการที่มีการเปลี่ยนแปลงตลอดเวลาเพื่อให้สอดคล้องกับปริมาณการเติบโตของข้อมูลที่เคยปรับปรุงเทคโนโลยีและการขยายการเรียงลำดับของการใช้งานที่จะใส่ลำดับในขณะนี้ การพัฒนาล่าสุดและการเปลี่ยนแปลงของการบริการที่จะมีการประกาศที่นี่และผู้ใช้จะส่งเสริมให้ผู้ที่จะเข้าร่วมรายการจดหมาย ENA (ดูที่นี่). ในฐานะที่เป็นส่วนหนึ่งของความพยายามของโลกเพื่อปรับปรุงการเข้าถึงและการใช้งานของข้อมูลลำดับเบสที่เราทำงานร่วมกันอย่างกว้างขวางในการพัฒนาบริการของเรา และเทคโนโลยีและในกิจกรรมมาตรฐาน. ENA ได้รับการพัฒนาและการบำรุงรักษาที่ EMBL-EBI ภายใต้การแนะนำของ INSDC ระหว่างประเทศคณะกรรมการที่ปรึกษาและคณะกรรมการที่ปรึกษาทางวิทยาศาสตร์

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การเก็บเบสยุโรป ( ENA ) รวบรวมและนำเสนอข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับเวิร์กโฟลว์ที่ทดลองนั้นจะขึ้นอยู่รอบ ๆลำดับนิวคลีโอไทด์ . เวิร์กโฟลว์ทั่วไปรวมถึงการแยกและการเตรียมสารสำหรับ sequencing , วิ่งของลำดับเครื่องที่ข้อมูลการผลิตและท่อการวิเคราะห์ไบโอ นฟ ์เมติกที่ตามมาเอน่าบันทึกข้อมูลนี้ในรูปแบบข้อมูลที่ครอบคลุมข้อมูลการป้อนข้อมูล ( ตัวอย่าง การตั้งค่าเครื่องทดลองการติดตั้ง ) , ข้อมูลเครื่องออก ( ร่องรอยลำดับอ่านและคะแนนคุณภาพ ) และตีความข้อมูล ( ประกอบหมายเหตุฟังก์ชันการทำแผนที่ )

ข้อมูลมาถึง ENA จากความหลากหลายของแหล่งที่มา เหล่านี้รวมถึงการส่งข้อมูลดิบลำดับและหมายเหตุประกอบจากกระบวนการจัดลำดับความพยายาม การให้ข้อมูลจากยุโรปหลักและศูนย์ตามปกติ และครอบคลุมการแลกเปลี่ยนกับคู่ค้าของเราในฐานข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์ความร่วมมือระหว่างประเทศ (

insdc )การให้ข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์ ENA หรือคู่ค้าของ insdc กลายเป็นกลาง และ ข้อบังคับ ขั้นตอนในการเผยแพร่ผลงานวิจัยสู่ชุมชนทางวิทยาศาสตร์เอน่าทำงานกับสำนักพิมพ์วรรณกรรมทางวิทยาศาสตร์ และการระดมทุนเพื่อให้สอดคล้องกับหลักการเหล่านี้เพื่อให้เหมาะสมและส่งระบบและเครื่องมือในการเข้าถึงข้อมูลที่งานต่อเนื่องกับการตีพิมพ์วรรณกรรม

เอน่าถูกสร้างขึ้นจากจำนวนของชั้นเรียนที่แตกต่างกันของข้อมูลที่จัดเป็น 3 ชั้น . แต่ละชั้นมีรูปแบบและมาตรฐานข้อมูลเองของมันเอน่าเรียนและรูปแบบข้อมูลที่อธิบายไว้ที่นี่

ถึงแม้ว่า ENA มีเกือบ 30 ปีของประวัติศาสตร์ , ข้อมูลและบริการมีการเปลี่ยนแปลงตลอดเวลา เพื่อสะท้อนให้เห็นถึงปริมาณการเติบโตของข้อมูลที่เคยปรับปรุงเทคโนโลยีและการขยายของโปรแกรมประยุกต์ที่ติดตามตอนนี้ใส่การพัฒนาและการเปลี่ยนแปลงบริการ ล่าสุดประกาศที่นี่ และผู้ใช้จะส่งเสริมให้เข้าร่วม ENA รายชื่อผู้รับจดหมาย ( ดูที่นี่ ) .

เป็นส่วนหนึ่งของความพยายามทั่วโลกเพื่อปรับปรุงการเข้าถึงและการใช้งานข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์ เราร่วมมืออย่างกว้างขวางในการพัฒนาเทคโนโลยีและบริการของเราและกิจกรรมมาตรฐาน

ส่วน ENA คือการพัฒนาและรักษาที่ embl-ebi ภายใต้คำแนะนำของ insdc ระหว่างประเทศคณะกรรมการที่ปรึกษาและคณะกรรมการที่ปรึกษาทางวิทยาศาสตร์ .