Recently, there has been a trend of

Recently, there has been a trend of animating 3D
structures in short movies, as exhibited by the creation
of PDB2MultiGIF [6], MovieMaker [7], ‘Morph Server’ [8],CCP4mg [9], iSee [10], the animation features of PyMOL
(http://pymol.sourceforge.net), and VMD [11]. Molecular
movies, as shown dramatically by Jones, Kleywegt and
Olson [12,13] (http://alpha2.bmc.uu.se/usf/mol_morph.
html), lend a degree of three-dimensionality – which is
impossible in a 2D picture – to the displayed molecules
through movements of the viewing angle. Movies are also
much more demonstrative than pictures, especially in
illustrating transitions between multiple states of a molecule.
In addition, they can be used to highlight structural
features, model chemical reactions, compare structures
and show docking events. Such movies can function as
’guided tours’ of a molecule, engaging the audience through
motion and dynamic change, and appealing to scientists
and non-scientists alike.
Some of the current tools enable the creation of simple
molecular animations, such as rotating a PDB structure
(e.g. PDB2MultiGIF and MovieMaker). CCP4mg and
MorphServer are used to focus on transitions between
conformations, and iSee provides a library of prepared
molecular structures that can be browsed interactively.
VMD can be used to create animated molecules resulting
from a molecular dynamics trajectory. These tools are
fairly intuitive and easy to use, but their functionality is
limited.
Here, we present ‘eMovie’ – a tool for making the process
of molecular movie creation more fluid and natural. It is
more similar to traditional movie-editing programs
and can be used to create extended, complex animations.
eMovie introduces a storyboard to the world of molecular
animation in addition to modular, insertable actions. Thus,
the user can focus on the scientific story rather than the
technicalities of animation.
eMovie has been created as a plug-in for the molecular
display program PyMOL. PyMOL combines superior picture
quality with a highly advanced scripting interface,
including versatile animation commands that can create
long, complex movies; however, accessing the animation
commands through the command line is difficult and errorprone.
A new user is faced with a steep learning curve given
the complicated animation commands and the necessity
for writing external scripts. eMovie resolves these issues
by providing a simple graphical interface through which
the user can interact with the powerful movie-making
capabilities of PyMOL without needing familiarity with
commands, syntax or external scripts.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เมื่อเร็ว ๆ นี้ มีแนวโน้มของการเคลื่อนไหว 3 มิติโครงสร้างในระยะสั้นหนัง ที่ exhibited โดยการสร้างของ PDB2MultiGIF [6], [7] MovieMaker, CCP4mg 'มอร์ฟเซิร์ฟเวอร์' [8] [9], คุณลักษณะการเคลื่อนไหวของ PyMOL iSee [10],(http://pymol.sourceforge.net), และ VMD [11] โมเลกุลหนัง ดังที่แสดงอย่างโจนส์ Kleywegt และ[12,13] โอลสัน (http://alpha2.bmc.uu.se/usf/mol_morphhtml), ยืมในระดับของแห่งดวง – ซึ่งเป็นเป็นไปไม่ได้ในภาพ 2D – การแสดงโมเลกุลผ่านการเคลื่อนไหวของมุมมอง ภาพยนตร์ยังมีนิยมมากขึ้นกว่าภาพ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในแสดงการเปลี่ยนแปลงระหว่างโมเลกุลหลายรัฐนอกจากนี้ พวกเขาสามารถใช้เพื่อเน้นโครงสร้างเปรียบเทียบคุณสมบัติ รูปแบบปฏิกิริยาเคมี โครงสร้างและแสดงกิจกรรมที่เชื่อมต่อ ภาพยนตร์ดังกล่าวสามารถใช้งานเป็น'แนะนำ' ของโมเลกุล ร่วมกลุ่มเป้าหมายผ่านเคลื่อนไหว และการเปลี่ยนแปลง และนักวิทยาศาสตร์ที่น่าสนใจและไม่ใช่นักวิทยาศาสตร์เหมือนกันบางเครื่องมือปัจจุบันเปิดใช้งานการสร้างง่ายภาพเคลื่อนไหวระดับโมเลกุล เช่นหมุนโครงสร้าง PDB(เช่น PDB2MultiGIF และ MovieMaker) CCP4mg และMorphServer จะใช้ในการเน้นการเปลี่ยนแปลงระหว่างconformations, iSee ให้ไลบรารีของเตรียมโครงสร้างโมเลกุลที่สามารถเรียกดูมีการโต้ตอบVMD สามารถใช้เพื่อสร้างโมเลกุลเคลื่อนไหวเป็นผลจากวิถีการ dynamics โมเลกุล เครื่องมือเหล่านี้ใช้งานง่าย และง่ายต่อการใช้ แต่งานค่อนข้างเป็นจำกัดที่นี่ เรานำเสนอ 'eMovie' – เครื่องมือสำหรับการทำกระบวนการสร้างภาพยนตร์ที่โมเลกุลของเหลวมากขึ้น และเป็นธรรมชาติ มันเป็นโปรแกรมตัดต่อภาพยนตร์มากขึ้นคล้ายกับแบบดั้งเดิมและสามารถใช้เพื่อสร้างภาพเคลื่อนไหวแบบขยาย ซับซ้อนeMovie แนะนำกระดานเรื่องราวในโลกของโมเลกุลแอนิเมชั่นนอกเหนือจากการดำเนินการแบบแยกส่วน insertable ดังนั้นผู้ใช้สามารถมุ่งเน้นเรื่องราวทางวิทยาศาสตร์ มากกว่าการข้อมูลทางเทคนิคของการเคลื่อนไหวeMovie ได้ถูกสร้างเป็นปลั๊กอินสำหรับที่โมเลกุลแสดงโปรแกรม PyMOL PyMOL รวมเหนือกว่าคุณภาพ ด้วยอินเตอร์เฟซที่สคริปต์ขั้นสูงรวมทั้งคำสั่งภาพเคลื่อนไหวที่หลากหลายที่สามารถสร้างหนังยาว ซับซ้อน การเข้าถึงอย่างไรก็ตาม การเคลื่อนไหวคำสั่งผ่านคำสั่งบรรทัดเป็นเรื่องยากและ errorproneผู้ใช้ใหม่จะต้องเผชิญกับการเรียนรู้สูงชันที่ได้รับคำสั่งการเคลื่อนไหวที่ซับซ้อนและความจำเป็นสำหรับการเขียนสคริปต์ภายนอก eMovie ช่วยแก้ปัญหาเหล่านี้โดยการให้อินเตอร์เฟซแบบกราฟิกง่ายซึ่งผู้ใช้สามารถโต้ตอบกับการสร้างภาพยนตร์ที่มีประสิทธิภาพความสามารถของ PyMOL นเครือคุ้นเคยคำสั่ง ไวยากรณ์ หรือสคริปต์ภายนอก

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เมื่อเร็ว ๆ นี้ได้มีการแนวโน้มของการเคลื่อนไหว 3 มิติ
โครงสร้างในหนังสั้นตามที่แสดงโดยการสร้าง
ของ PDB2MultiGIF [6], MovieMaker [7] 'Morph เซิร์ฟเวอร์' [8], CCP4mg [9] สัมภาษณ์เก็บ [10] ที่ คุณสมบัติของแอนิเมชั่ PyMOL
(http://pymol.sourceforge.net) และ VMD [11] โมเลกุล
ภาพยนตร์ที่แสดงอย่างมากโดยโจนส์ Kleywegt และ
โอลสัน [12,13] (http://alpha2.bmc.uu.se/usf/mol_morph.
HTML) ให้ยืมระดับของสามมิติ - ที่เป็น
ไปไม่ได้ใน ภาพ 2D - โมเลกุลที่แสดง
ผ่านการเคลื่อนไหวของมุมมอง ภาพยนตร์นอกจากนี้ยังมี
อื่น ๆ อีกมากมายกว่าชี้ภาพโดยเฉพาะอย่างยิ่งในการ
แสดงให้เห็นถึงการเปลี่ยนระหว่างหลายรัฐของโมเลกุล.
นอกจากนี้พวกเขาสามารถนำมาใช้เพื่อเน้นโครงสร้าง
คุณสมบัติปฏิกิริยาเคมีรุ่นเปรียบเทียบโครงสร้าง
และแสดงเหตุการณ์ที่เชื่อมต่อ ภาพยนตร์ดังกล่าวสามารถทำงานเป็น
'ทัวร์' ของโมเลกุลที่มีส่วนร่วมของผู้ชมผ่าน
การเคลื่อนไหวและการเปลี่ยนแปลงแบบไดนามิกและน่าสนใจให้กับนักวิทยาศาสตร์
และนักวิทยาศาสตร์ที่ไม่เหมือนกัน.
บางส่วนของเครื่องมือในปัจจุบันทำให้สามารถสร้างง่าย
ภาพเคลื่อนไหวในระดับโมเลกุลเช่นหมุน PDB โครงสร้าง
(เช่น PDB2MultiGIF และ MovieMaker) CCP4mg และ
MorphServer จะใช้ในการมุ่งเน้นไปที่การเปลี่ยนระหว่าง
conformations และสัมภาษณ์เก็บให้ห้องสมุดจัดทำ
โครงสร้างโมเลกุลที่สามารถเรียกดูการโต้ตอบ.
VMD สามารถนำมาใช้ในการสร้างโมเลกุลเคลื่อนไหวที่เกิด
จากการเปลี่ยนแปลงวิถีโมเลกุล เครื่องมือเหล่านี้จะ
ค่อนข้างง่ายและใช้งานง่าย แต่การทำงานของพวกเขาคือ
จำกัด .
นี่เรานำเสนอ 'eMovie' - เครื่องมือสำหรับการทำกระบวนการ
ของการสร้างภาพยนตร์โมเลกุลของเหลวมากขึ้นและเป็นธรรมชาติ มันเป็น
มากขึ้นคล้ายกับโปรแกรมภาพยนตร์แก้ไขแบบดั้งเดิม
และสามารถนำมาใช้ในการสร้างขยายภาพเคลื่อนไหวที่ซับซ้อน.
eMovie แนะนำกระดานสู่โลกของโมเลกุลเป็น
ภาพเคลื่อนไหวที่นอกเหนือไปจากแบบแยกส่วนการกระทำ insertable ดังนั้น
ผู้ใช้สามารถมุ่งเน้นไปที่เรื่องราวทางวิทยาศาสตร์มากกว่า
ศัพท์ของการเคลื่อนไหว.
eMovie ได้รับการสร้างเป็น plug-in สำหรับโมเลกุล
PyMOL โปรแกรมการแสดงผล PyMOL รวมภาพที่เหนือกว่า
ที่มีคุณภาพด้วยอินเตอร์เฟซการเขียนสคริปต์ขั้นสูง
รวมถึงคำสั่งนิเมชั่นที่หลากหลายที่สามารถสร้าง
ยาว, ภาพยนตร์ที่ซับซ้อน แต่การเข้าถึงการเคลื่อนไหว
คำสั่งผ่านบรรทัดคำสั่งเป็นเรื่องยากและ errorprone.
ผู้ใช้ใหม่จะต้องเผชิญกับการเรียนรู้โค้งสูงชันได้รับ
คำสั่งนิเมชั่นที่ซับซ้อนและมีความจำเป็น
สำหรับการเขียนสคริปต์ภายนอก eMovie ช่วยแก้ปัญหาเหล่านี้
โดยการให้อินเตอร์เฟซแบบกราฟิกผ่านที่
ผู้ใช้สามารถโต้ตอบกับผู้ที่มีอำนาจการสร้างภาพยนตร์
ความสามารถของ PyMOL โดยไม่จำเป็นต้องมีความคุ้นเคยกับ
คำสั่งไวยากรณ์หรือสคริปต์ภายนอก

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เมื่อเร็วๆ นี้ มี แนวโน้ม ของภาพเคลื่อนไหว 3 มิติโครงสร้างในภาพยนตร์สั้นที่แสดงโดยการสร้างของผู้สร้างภาพยนตร์ pdb2multigif [ 6 ] [ 7 ] " Morph Server " [ 8 ] , ccp4mg [ 9 ] , ไอซี [ 10 ] pymol คุณสมบัติของภาพเคลื่อนไหว( http : / / pymol . sourceforge . net ) และ vmd [ 11 ] โมเลกุลภาพยนตร์ที่แสดงอย่างมาก โดย โจนส์ kleywegt และโอลเซ่น [ 12 , 13 ‘ ] ( http://alpha2.bmc.uu.se/usf/mol_morph .HTML ) ให้ยืม dimensionality –ซึ่งเป็นระดับสามเป็นไปไม่ได้ใน 2D และแสดงภาพโมเลกุลผ่านการเคลื่อนไหวของมุมดู หนังยังมีสาธิตมากกว่าภาพ , โดยเฉพาะอย่างยิ่งในแสดงการเปลี่ยนระหว่างหลายรัฐของโมเลกุลนอกจากนี้ พวกเขาสามารถใช้เพื่อเน้นโครงสร้างมีปฏิกิริยาทางเคมีเปรียบเทียบโครงสร้างแบบและแสดงสำหรับเหตุการณ์ ภาพยนตร์ดังกล่าวสามารถทำงานเป็น" ทัวร์ " ของโมเลกุล เป็นเสน่ห์ผู้ชมผ่านเคลื่อนไหวและพลวัตการเปลี่ยนแปลงและน่าสนใจให้กับนักวิทยาศาสตร์และนักวิทยาศาสตร์ที่ไม่เหมือนกันบางส่วนของเครื่องมือที่ปัจจุบันสามารถสร้างสร้างง่ายภาพเคลื่อนไหวระดับโมเลกุล เช่นหมุนโครงสร้าง PDB( เช่น pdb2multigif และผู้สร้างภาพยนตร์ ) ccp4mg และmorphserver ใช้เพื่อมุ่งเน้นการเปลี่ยนระหว่างโครงสร้างและไอซีให้ห้องสมุดของเตรียมโครงสร้างโมเลกุลที่สามารถเรียกดูแบบโต้ตอบvmd สามารถใช้ในการสร้างโมเลกุลซึ่งเคลื่อนไหวจากการเคลื่อนที่ของโมเลกุล เครื่องมือเหล่านี้ค่อนข้างง่ายและใช้งานง่าย แต่การทำงานของพวกเขาคือจำกัดที่นี่ เรา emovie ปัจจุบัน " " –เครื่องมือสร้างกระบวนการภาพยนตร์การสร้างโมเลกุลของของเหลว และเป็นธรรมชาติมากขึ้น มันคือเหมือนกับโปรแกรมตัดต่อภาพยนตร์ดั้งเดิมและสามารถใช้ในการสร้าง ขยาย ภาพเคลื่อนไหวที่ซับซ้อนemovie แนะนำเรื่องราวในโลกของโมเลกุลเคลื่อนไหวนอกจากโมดูล , การกระทำ Insertable . ดังนั้นผู้ใช้สามารถมุ่งเน้นในเรื่องวิทยาศาสตร์มากกว่าtechnicalities ของภาพเคลื่อนไหวemovie ได้ถูกสร้างขึ้นในฐานะที่เป็นปลั๊กอินสำหรับโมเลกุลpymol โปรแกรมแสดง pymol รวมภาพที่เหนือกว่าที่มีคุณภาพสูงอินเตอร์เฟซการเขียนสคริปต์ขั้นสูง ,รวมถึงคำสั่งภาพเคลื่อนไหวอเนกประสงค์ที่สามารถสร้างภาพยนตร์ที่ซับซ้อนยาวนาน อย่างไรก็ตาม การใช้ภาพเคลื่อนไหวสั่งผ่านบรรทัดคำสั่งเป็นสิ่งที่ยากและได้ .ผู้ใช้ใหม่จะเผชิญกับเส้นโค้งการเรียนรู้ที่สูงชันได้รับภาพเคลื่อนไหวที่ซับซ้อนคำสั่งและความจำเป็นสำหรับการเขียนสคริปต์ภายนอก emovie แก้ไขปัญหาเหล่านี้โดยการให้อินเตอร์เฟซแบบกราฟิกที่เรียบง่ายผู้ใช้สามารถโต้ตอบกับภาพยนตร์ทำที่มีประสิทธิภาพความสามารถของ pymol โดยไม่ต้องมีความคุ้นเคยกับไวยากรณ์คำสั่งหรือสคริปต์ภายนอก