DGGE is simplified for a given fragm

DGGE is simpli
fied for a given fragment when the
region of interest lies in a single domain. However,
functional genes such as the nirS, nirK and nosZ genes
have great sequence variation, and melting profiles obtained in WinMelt showed that all three denitrification
genes had multiple melting domains. Some of the nirS
fragments that were analysed had up to six different
domains. To minimise the effects of these domains and
avoid complete denaturing of the PCR-amplified fragments, a 33-bp GC-clamp was added to the three reverse
primers, R3cd, R3Cu and nosZ1622R. The introduction
of the GC-clamp did not affect the amplification efficiency of either the denitrifying strains or the environmental samples. After amplification, the three different
DGGE methods in our study were optimised regarding
gradient concentration and running time using ampli cons from the denitrifying strains as controls. We initially experienced problems with multiple bands, but
once the DGGE methods were optimised, only one band
appeared on the gel from each of the pure cultures
without any smear. After the DGGE optimisations,
partial nirK and nosZ genes from denitrifying pure cultures were clearly separated from each other and covered the whole gradient, but the nirS-gene separation
was not as good (e.g., Fig. 2).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

DGGE เป็น simpliใครสำหรับส่วนกำหนดเมื่อการน่าสนใจที่อยู่ในโดเมนเดียว อย่างไรก็ตามทำงานยีนเช่นยีนผลิตภัณฑ์ nirK และ nosZมีการเปลี่ยนแปลงของลำดับดี และละลายได้ใน WinMelt profiles แสดงให้เห็นว่าทั้งสาม denitrificationยีนมีหลายโดเมนละลาย บางส่วนของผลิตภัณฑ์ชิ้นส่วนที่ถูกนำมาวิเคราะห์ได้ถึงหกจึงแตกต่างกันโดเมน เพื่อลด effects ของโดเมนเหล่านี้ และหลีกเลี่ยงสมบูรณ์ denaturing เล็ก ๆ PCR amplified, GC 33 bp-แคลมป์ถูกย้อนกลับสามไพรเมอร์ R3cd, R3Cu และ nosZ1622R การแนะนำของ GC-หนีบได้ไม่ส่งผลต่อ efficiency amplification สายพันธุ์ denitrifying หรือตัวอย่างสิ่งแวดล้อม หลังจาก amplification จึงแตกต่างกันสามตัวDGGE วิธีในการศึกษาของเราเหมาะสมเกี่ยวกับไล่ระดับความเข้มข้นและเวลาทำงานที่ใช้ข้อเสีย ampli จากสายพันธุ์ denitrifying เป็นตัวควบคุม เราเริ่มพบปัญหาเกี่ยวกับวงหลาย แต่เมื่อได้ปรับวิธีการ DGGE เพียงหนึ่งวงปรากฏบนเจจากแต่ละวัฒนธรรมบริสุทธิ์โดยไม่เลอะเปื้อนใด ๆ หลังจากปรับ DGGEยีน nirK และ nosZ บางส่วนจาก denitrifying วัฒนธรรมบริสุทธิ์ถูกแยกออกจากกันอย่างชัดเจน และครอบคลุมทั้งไล่ระดับสี แต่การแยกยีนเช่นเดียวไม่ดี (เช่น รูป 2)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

DGGE เป็น Simpli
เอ็ด Fi สำหรับชิ้นส่วนที่กำหนดเมื่อ
ภูมิภาคที่น่าสนใจอยู่ในโดเมนเดียว อย่างไรก็ตาม
ยีนทำงานเช่น nirS, nirK และ nosZ ยีน
มีการเปลี่ยนแปลงลำดับที่ดีและละลายโปร Fi les ได้รับใน WinMelt แสดงให้เห็นว่าทั้งสาม denitri Fi ไอออนบวก
ยีนมีโดเมนละลายหลาย บางส่วนของ nirS
ชิ้นส่วนที่ถูกนำมาวิเคราะห์ได้ถึงหก di FF ต่างกัน
โดเมน เพื่อลด E ECTS FF โดเมนเหล่านี้และ
หลีกเลี่ยงขั้นเปลี่ยนที่สมบูรณ์ของ PCR-Fi ampli เศษเอ็ด 33 bp GC-ยึดถูกบันทึกอยู่ในสามกลับ
ไพรเมอร์, R3cd, R3Cu และ nosZ1622R การแนะนำ
ของ GC-ยึดไม่ได้เป็น FF ect ampli Fi ไอออนบวก E FFI ciency ของทั้งสายพันธุ์ Denitrifying หรือตัวอย่างจากสิ่งแวดล้อม หลังจากไอออนบวก Fi ampli สาม di FF ต่างกัน
วิธีการ DGGE ในการศึกษาของเราได้ที่ดีที่สุดเกี่ยวกับ
ความเข้มข้นของการไล่ระดับสีและทำงานโดยใช้เวลาข้อเสีย ampli จากสายพันธุ์ Denitrifying เป็นตัวควบคุม เราเริ่มประสบปัญหากับวงดนตรีหลาย แต่
ครั้งเดียววิธี DGGE ที่ถูกที่ดีที่สุดเพียงหนึ่งวง
ที่ปรากฏบนเจลจากแต่ละวัฒนธรรมบริสุทธิ์
โดยไม่ต้องละเลงใด ๆ หลังจาก optimisations DGGE ที่
บางส่วน nirK และ nosZ ยีนจาก Denitrifying เชื้อบริสุทธิ์ถูกแยกออกอย่างชัดเจนจากแต่ละอื่น ๆ และปกคลุมลาดทั้งหมด แต่การแยกยีน nirS
ไม่ดี (เช่นรูปที่. 2)