About 100 sphere points were then s

About 100 sphere points were then selected
around the NBD1–NBD2 interface, representing the putative ligand
binding sites, tobeusedbyMDock for orientational searches forATP
and genistein molecules. The default docking parameters in MDock
were used except for ‘‘maximum orientations’’ which was set to
2000 in the present study. Namely, the ligand orientations were
generatedbyautomaticallymatching the ligandatoms to the sphere
points in the binding site. Atom clash check was performed for each
generated ligand orientation. Only those orientationswith less than
four atom clashes between protein and ligand were valid. The
orientation search continued until 2000 valid orientations were
generated or the matching process was exhausted. The obtained
valid ligand orientations were then scored by the ITScore scoring
function and ranked from low to high according to their binding
scores. The top 100 ligand orientations were retained for each
conformer of the ligand. Finally, all the ligand binding orientations
for different conformers of the ligand were reranked according their
scores. The top 500 binding orientations were kept for further
analysis

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แล้วเลือกจุดทรงกลม 100
รอบอินเตอร์เฟซ NBD1 – NBD2 แทนลิแกนด์ putative
รวมไซต์ tobeusedbyMDock สำหรับค้นหา orientational forATP
และ genistein โมเลกุล เริ่มต้นที่เทียบพารามิเตอร์ใน MDock
ใช้ยกเว้น ''สูงสุดแนว '' ซึ่งถูกตั้งค่าให้
2000 ในการศึกษาปัจจุบัน ได้แก่ แนวลิแกนด์ได้
generatedbyautomaticallymatching ligandatoms กับทรงกลม
จุดในไซต์รวม ได้ดำเนินการตรวจสอบการปะทะอะตอมแต่ละ
สร้างแนวลิแกนด์ ผู้ orientationswith น้อยกว่า
สี่อะตอมปะทะกันระหว่างโปรตีนและลิแกนด์ได้ถูกต้อง ใน
แนวค้นหาต่อเนื่องจนถึง 2000 ต้องได้แนว
สร้าง หรือกระบวนการจับคู่ไม่หมด การได้รับ
แนวลิแกนด์ที่ถูกต้องได้คะแนนแล้ว ด้วยคะแนน ITScore
ทำงาน และการจัดอันดับจากน้อยไปมากตามการผูก
คะแนน แนวลิแกนด์ 100 อันดับแรกถูกเก็บไว้สำหรับแต่ละ
conformer ของลิแกนด์ ในที่สุด ทั้งหมดที่ลิแกนด์ผูกแนว
สำหรับ conformers แตกต่างกันของลิแกนด์มี reranked ตามของ
คะแนน แนวเชื่อมด้านบน 500 ถูกเก็บไว้สำหรับเพิ่มเติม
การวิเคราะห์

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ประมาณ 100 จุดทรงกลมได้รับการคัดเลือกแล้ว
รอบอินเตอร์เฟซ NBD1-NBD2 คิดเป็นแกนด์สมมุติ
ผูกพันเว็บไซต์ tobeusedbyMDock สำหรับการค้นหา orientational forATP
และโมเลกุล genistein พารามิเตอร์เชื่อมต่อเริ่มต้นใน MDock
ถูกนำมาใช้ยกเว้น '' การหมุนสูงสุด '' ซึ่งได้รับการกำหนดให้
ปี 2000 ในการศึกษาครั้งนี้ คือการหมุนแกนด์ถูก
generatedbyautomaticallymatching ligandatoms เพื่อทรงกลม
คะแนนในเว็บไซต์ที่มีผลผูกพัน ตรวจสอบอะตอมปะทะถูกดำเนินการสำหรับแต่ละ
แนวแกนด์ที่สร้าง เฉพาะผู้ orientationswith น้อยกว่า
สี่อะตอมปะทะกันระหว่างโปรตีนและลิแกนด์ถูกต้อง
การค้นหาแนวต่อเนื่องไปจนถึง 2000 ทิศทางที่ถูกต้องได้รับการ
สร้างขึ้นหรือกระบวนการจับคู่ได้หมด ที่ได้รับ
การหมุนแกนด์ที่ถูกต้องนั้นให้คะแนนโดยให้คะแนน ITScore
ฟังก์ชั่นและการจัดอันดับจากต่ำไปสูงตามผลผูกพันของพวกเขา
คะแนน 100 อันดับแรกของการหมุนแกนด์ถูกเก็บไว้สำหรับแต่ละ
โครงของลิแกนด์ สุดท้ายทุกแกนด์ผูกพันทิศทาง
สำหรับคอนแตกต่างกันของแกนด์ถูก reranked ตามของพวกเขา
คะแนน 500 อันดับสูงสุดของการหมุนที่มีผลผูกพันที่ถูกเก็บรักษาไว้ต่อไป
การวิเคราะห์

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เกี่ยวกับ 100 ทรงกลมจุดแล้วเลือก
รอบ nbd1 – nbd2 อินเตอร์เฟซแทนซึ่งลิแกนด์
ผูกพันเว็บไซต์ tobeusedbymdock ค้นหา orientational foratp
และ genistein โมเลกุล เริ่มต้นสำหรับพารามิเตอร์ใน mdock
ใช้ยกเว้น ' ' ' ซึ่งได้กำหนดทิศทาง 'maximum

2000 ในปัจจุบันการศึกษา คือ ระบบการอบรมเป็น
generatedbyautomaticallymatching ที่ ligandatoms เพื่อทรงกลม
คะแนนในเว็บไซต์ที่เข้าเล่ม ตรวจสอบอะตอมปะทะแสดงสำหรับแต่ละ
สร้างวางระบบ . เฉพาะผู้ orientationswith น้อยกว่า
4 อะตอม การปะทะกันระหว่างโปรตีนและระบบได้ถูกต้อง
ค้นหาปฐมนิเทศอย่างต่อเนื่องจนถึง 2000 ใช้ได้ ประเภทถูกสร้างขึ้นหรือกระบวนการ
ตรงกันหมด โดย
ถูกต้องแล้วเกิดการหมุนของคะแนน โดยให้คะแนน
itscore ฟังก์ชัน และเรียงจากสูงไปต่ำตามคะแนนรวม
. ด้านบน 100 ลิแกนด์อื่นถูกเก็บไว้สำหรับแต่ละ
สอดคล้องของระบบ . ในที่สุดทั้งลิแกนด์ผูกพันอื่น
สำหรับโครงสร้างที่แตกต่างกันของลิแกนด์เป็น reranked ตามคะแนน

ด้านบน 500 รวมการอบรมเก็บต่อไป
การวิเคราะห์