Each soil sample was tested in dupl

Each soil sample was tested in duplicates for amplifiable DNA
and for PCR inhibition by analyzing 2 ml of the 101 dilution of the
same Powersoil DNA template as used for the double assays. The
qualitative 16S TaqMan PCR assay was performed as described
previously (Woegerbauer et al., 2014). The cut-off threshold for a
positive 16S rRNA TaqMan assay was set at Cp 27. Samples with a
negative 16S TaqMan assay (Cp > 27) were excluded from statistical
analysis if the nptII and/or nptIII PCR results were negative to avoid
false negative results. Absolute quantification was performed using
an external standard which was prepared by a semi-logarithmic
dilution of a plasmid with an E. coli 16S gene insert (Ingenetix).
Except for using 2 ml of a 102 dilution of the original PowerSoil
total DNA eluate and testing the samples in quadruples the same
procedure as described abovewas followed for the quantitative 16S
rRNA TaqMan assay.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ทดสอบตัวอย่างดินแต่ละในสำเนาดีเอ็นเอ amplifiableและการ PCR โดยวิเคราะห์ 2 มิลลิลิตรเจือจาง 1 ใน 10 ของการแม่ Powersoil ดีเอ็นเอเดียวกันใช้สำหรับ assays คู่ การดำเนินการทดสอบ TaqMan PCR ตามที่อธิบายเชิงคุณภาพ 16Sก่อนหน้านี้ (Woegerbauer et al. 2014) เกณฑ์ตัดสำหรับการบวก 16S rRNA TaqMan ทดสอบการตั้งค่าที่ Cp 27 ตัวอย่างด้วยการทดสอบ TaqMan 16S ลบ (Cp > 27) ถูกแยกออกจากสถิติวิเคราะห์ผล PCR nptII หรือ nptIII ได้ค่าลบเพื่อหลีกเลี่ยงผลลบเท็จ แน่นอนด้านดำเนินการโดยใช้มีมาตรฐานภายนอกซึ่งโดยลอการิทึมกึ่งผสมของ plasmid ด้วยการแทรกยีน 16S โคไล (Ingenetix)ยกเว้นใช้เจือจาง 10 2 ของ PowerSoil เดิม 2 มล.รวม eluate ดีเอ็นเอและทดสอบตัวอย่างใน quadruples เดียวกันกระบวนงานเป็น abovewas อธิบายไว้ตามสำหรับ 16S เชิงปริมาณrRNA TaqMan วิเคราะห์

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ตัวอย่างดินแต่ละได้รับการทดสอบในสำเนาดีเอ็นเอ amplifiable
และการยับยั้ง PCR โดยการวิเคราะห์ 2 มิลลิลิตร 10? 1 เจือจางของ
เดียวกัน Powersoil ดีเอ็นเอแม่แบบที่ใช้สำหรับการวิเคราะห์คู่
คุณภาพ 16S TaqMan PCR ทดสอบได้ดำเนินการตามที่อธิบายไว้
ก่อนหน้านี้ (Woegerbauer et al., 2014) เกณฑ์การตัดสำหรับ
บวก 16S rRNA TaqMan การทดสอบเป็นที่ตั้ง Cp 27 ตัวอย่างที่มี
เชิงลบ 16S TaqMan ทดสอบ (CP> 27) ได้รับการยกเว้นจากสถิติ
การวิเคราะห์ถ้า nptII และ / หรือ nptIII PCR ผลเป็นลบเพื่อหลีกเลี่ยงการ
ลบเท็จ ผล. ปริมาณแอบโซลูทได้รับการดำเนินการโดยใช้
มาตรฐานภายนอกที่ได้รับการจัดทำขึ้นโดยกึ่งลอการิทึม
ลดสัดส่วนของพลาสมิดที่มีเชื้อ E. coli 16S ยีนแทรก (Ingenetix) ได้.
ยกเว้นสำหรับการใช้ 2 มิลลิลิตร 10? 2 เจือจางของ PowerSoil เดิม
eluate ดีเอ็นเอทั้งหมด และการทดสอบตัวอย่างใน quadruples เดียวกัน
วิธีการที่อธิบายตาม abovewas สำหรับปริมาณ 16S
rRNA TaqMan ทดสอบ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ดินแต่ละตัวอย่างการทดสอบซ้ำเพื่อ amplifiable ดีเอ็นเอและสามารถยับยั้งโดยการวิเคราะห์ 2 ml ของ 101 การเจือจางของเดียวกัน powersoil ดีเอ็นเอแม่แบบที่ใช้สำหรับใช้คู่ ที่เชิงคุณภาพใช้ taqman PCR assay ได้ดำเนินการตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ ( woegerbauer et al . , 2010 ) เกณฑ์ตัดสำหรับบวก taqman เบส 16S rRNA ) ไว้ที่ CP 27 ตัวอย่างด้วยลบ taqman assay ( CP ( 27 ) ถูกแยกออกจากสถิติการวิเคราะห์หาก nptii และ / หรือ nptiii ผล PCR เป็นลบเพื่อหลีกเลี่ยงผลเชิงลบเท็จ ปริมาณการใช้ที่แน่นอนภายนอกมาตรฐานซึ่งเตรียมโดยกึ่งลอการิทึมการเจือจางของพลาสมิดที่มียีน ( ingenetix Escherichia coli ( แทรก )ยกเว้นการใช้ 2 ml ของ 102 การเจือจางของ powersoil ต้นฉบับรวมดีเอ็นเอของสารละลาย ( eluate ) และการทดสอบตัวอย่างสี่ครั้งเหมือนกันขั้นตอนที่อธิบายไว้ abovewas ตามสำหรับใช้เชิงปริมาณtaqman แบคทีเรียแบคทีเรีย