ในต้นทศวรรษที่ 1960 (ประมาณ พ.ศ. 2503-2508) สตีเฟน ฮอว์คิงก็มีอาการที่เรียกว่า amyotrophic lateral sclerosis อันเป็นอาการผิดปกติของระบบประสาทโดยไม่ทราบสาเหตุ โดยมีผลกับประสาทสั่งการ นั่นคือ เส้นประสาทที่ควบคุมการเคลื่อนไหวของ กล้ามเนื้อ กล้ามเนื้อส่วนนั้นจะอ่อนแอลงจนเกือบเป็นอัมพาต แต่เขายังคงทำงานวิชาการต่อไป