3. Results3.1. PhylogenyThe phyloge

3. Results
3.1. Phylogeny
The phylogenetic tree featured three major clades, Cry1, Cry2 and
Cry4 (Fig. 2). Cry4 genes are phylogenetically related to (6–4) PHR and
evolutionary older than Cry1 and Cry2. The Cry1 clade includes three
subfamilies, 1A, 1B and 1C. The homologs from the 1A and 1B subfamilies
are phylogenetically related to cryptochromes of tetrapods. Several
fish species (e.g., Gasterosteus aculeatus, Oryzias latipes, and Xiphophorus
maculatus) possess representatives of all three Cry1 subfamilies. An evolutionarily
ancient lamprey (P. marinus) has only one homolog of Cry,
and coelacanth (L. chalumnae) has three, while evolutionarily younger
teleosts possess multiple (three or more) copies of cryptochromes.
Closely related species may possess different members of Cry paralogs.
For example, among the Tetraodontidae, T. nigroviridis has two copies
of Cry2 and two of Cry1, while T. rubripes possess only one copy of
Cry2 but three homologs of Cry1.
As compared to tetrapods, the genomes of teleosts possess the larger
number of the Cry homologs. For example, five was observed in zebrafish
D. rerio. Four of them (NP_001070765, NP_571865, NP_571866 and
NP_571867; annotated as CRY1a, 1b, 2a and 2b, respectively) are very
similar and appear in the same clade with vertebrate CRY; one
(NP_571861) annotated as CRY3 falls in the clade with vertebrate
CRY2 (Fig. 2, Table S1). The number of cryptochrome gene copies in
tetrapods is usually 2 or 3.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3. ผลลัพธ์3.1. phylogenyต้นไม้ผลที่โดดเด่นสามหลัก clades, Cry1, Cry2 และCry4 (2 รูป) Cry4 ยีน phylogenetically เกี่ยวข้องกับ PHR (6 – 4) และวิวัฒนาการมากกว่า Cry1 และ Cry2 Cry1 เคลดสามวงศ์ย่อย 1A, 1B และ 1 c Homologs จากวงศ์ย่อยที่ 1A และ 1Bphylogenetically เกี่ยวข้องกับ cryptochromes สะท้อน หลายปลา (เช่น และ Gasterosteus, latipes ฐานด้านบน และปลาสอดหางดาบmaculatus) มีตัวแทนของทั้งหมด 3 วงศ์ย่อย Cry1 การ evolutionarilyปลาแลมป์เพรย์โบราณ (มารินุสที่ P.) มี homolog เดียวของร้องไห้ปลาซีลาแคนท์ (L. chalumnae) มีสาม ในขณะที่อายุน้อยกว่า evolutionarilyteleosts มีหลาย (สาม หรือมากกว่า) สำเนา cryptochromesสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดอาจมีสมาชิกอื่นของร้องไห้ paralogsเช่น ในหมู่ Tetraodontidae, T. จุดดำมี 2 ชุดCry2 และสอง Cry1 ขณะที rubripes มีสำเนาเดียวเท่านั้นCry2 แต่ homologs สามของ Cry1เมื่อเทียบกับสะท้อน genomes ของ teleosts มีขนาดใหญ่จำนวน Cry homologs ตัวอย่างเช่น ห้าพบว่า ในปลาม้าลายD. ซิวใบไผ่ มีสี่ (NP_001070765, NP_571865, NP_571866 และNP_571867 แบบอ CRY1a, 1b, 2a และ 2b ตามลำดับ) มีมากคล้ายกัน และปรากฏใน clade ของเดียวกันกับเสียงร้องของสัตว์มีกระดูกสันหลัง หนึ่ง(NP_571861) คำอธิบายประกอบเป็น CRY3 อยู่ใน clade กับสัตว์มีกระดูกสันหลังCRY2 (รูป 2 ตาราง S1) หมายเลข cryptochrome ย่อย ๆ ในสะท้อนมักจะเป็น 2 หรือ 3

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3. ผลการทดลอง
3.1 เชื้อชาติ
phylogenetic ต้นไม้สำคัญสาม clades ที่สำคัญในกลุ่ม cry1, Cry2 และ
Cry4 (รูปที่. 2) ยีน Cry4 ที่เกี่ยวข้อง phylogenetically ไป (6-4) PHR และ
วิวัฒนาการเก่ากว่ากลุ่ม cry1 และ Cry2 กลุ่ม cry1 clade รวมถึงสาม
ครอบครัว, 1A, 1B และ 1C homologs จาก 1A และ 1B ครอบครัว
ที่เกี่ยวข้อง phylogenetically เพื่อ cryptochromes ของ tetrapods หลาย
สายพันธุ์ปลา (เช่น Gasterosteus aculeatus, latipes Oryzias และ Xiphophorus
maculatus) มีตัวแทนของทั้งสามครอบครัวในกลุ่ม cry1 วิวัฒนาการ
ปลาทูนาโบราณ ( P. Marinus) มีเพียงหนึ่ง homolog ของร้องไห้
และ Coelacanth ( L. chalumnae) มีสามในขณะที่วิวัฒนาการที่อายุน้อยกว่า
teleosts มีหลาย (สามหรือมากกว่า) สำเนาของ cryptochromes.
สายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดอาจมีความแตกต่างกันของสมาชิกร้องไห้ paralogs.
ยกตัวอย่างเช่นในหมู่วงศ์ปลาปักเป้าฟันสี่ซี่ตัน nigroviridis มีสองชุด
ของ Cry2 และสองของกลุ่ม cry1 ขณะ rubripes ตันมีเพียงหนึ่งสำเนาของ
Cry2 แต่สาม homologs ของกลุ่ม cry1.
เมื่อเทียบกับ tetrapods, จีโนมของ teleosts ครอบครองที่มีขนาดใหญ่
จำนวน homologs ร้องไห้ ยกตัวอย่างเช่นห้าพบว่าใน zebrafish
ดี rerio สี่ของพวกเขา (NP_001070765, NP_571865, NP_571866 และ
NP_571867; ข้อเขียนเป็น CRY1a, 1B, 2A และ 2B ตามลำดับ) มีความ
คล้ายกันและปรากฏใน clade เดียวกันกับการเลี้ยงลูกด้วยนม CRY; หนึ่ง
(NP_571861) ข้อเขียนเป็น CRY3 ตกอยู่ใน clade กับกระดูกสันหลัง
Cry2 (รูป. 2 ตาราง S1) จำนวนสำเนายีน cryptochrome ใน
tetrapods โดยปกติจะเป็น 2 หรือ 3