ศัตรูหลักของนกโมอาคือนกอินทรีฮาสท์จนกระทั่งมนุษย์ได้เข้ามาบนเกาะนิวซีแลนด์ ชาวมาวรีได้เริ่มเข้ามาในช่วง ค.ศ. 1300 และได้เริ่มการล่านกโมอาจนเริ่มสูญพันธุ์ ประมาณ ค.ศ. 1400 นกโมอาได้สูญพันธุ์ไปหมดแล้วรวมไปถึงนกอินทรีฮาสท์ซึ่งสูญพันธุ์ไปด้วยเนื่องจากไม่มีนกโมอาให้กิน
การสูญพันธุ์ของนกโมอานั้นเกิดขึ้นภายในไม่ถึง 100 ปี ซึ่งผิดไปจากการสันนิษฐานของนักวิทยาศาสตร์ในช่วงแรกที่บอกว่านกโมอาใช้เวลาหลายร้อยปีในการค่อย ๆ สูญพันธุ์