Set RPKM to be the expression of un

Set RPKM to be the expression of unigene A, and C to be number of reads that uniquely
aligned to unigene A, N to be total number of reads that uniquely aligned to all unigenes, and
L to be the base number in the CDS of unigene A. The RPKM method is able to eliminate the
influence of different gene length and sequencing level on the calculation of gene expression.
Therefore the calculated gene expression can be directly used for comparing the difference of
gene expression between samples (Mortazavi et al., 2008).
We can identify DEGs between two samples referring to "The significance of digital
gene expression profiles" which has been cited hundreds of times (Audic and Claverie, 1997).
Gene Ontology analysis, and pathway enrichment analysis were performed to investigate
functional enrichment among up- or down-regulated genes using the DFCI Honey Bee Gene
Index database(http://compbio.dfci.harvard.edu/cgi-bin/tgi/gimain.pl?gudb=honeybee),
Cluster (http://bonsai.hgc.jp/~mdehoon/software/cluster/), AmiGO (http://amigo.
geneontology.org/amigo), and the KEGG database (http://www.genome.jp/kegg/).
5 Validation of RNA-seq Data by qRT-PCR
To verify the data obtained by RNA-seq, qRT-PCR was performed in triplicate and
GAPDH was selected as the reference gene to correct for sample variation in qRT-PCR
efficiency and errors in sample quantification. The qRT-PCR data were expressed relative to
the expression of GAPDH using the 2-ΔΔCt method, an independent-sample t-test available in
SPSS software. The primers were designed with Prime Premer5.0 software and synthesized by
Generay Biotech (Generay, PRC) based on the mRNA sequences obtained from the GenBank

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

RPKM ชุดเป็น การแสดงออกของ unigene A และ C เป็น จำนวนอ่านที่ไม่ซ้ำกันชิด unigene A, N จะเป็นจำนวนรวมของการอ่านที่ไม่ซ้ำกันทั้งหมด unigenes และL เป็น ฐานจำนวนในสภาพ unigene ก. วิธี RPKM คือสามารถขจัดการอิทธิพลของความยาวแตกต่างกันยีนและระดับลำดับในการคำนวณของยีนดังนั้น ยีนที่คำนวณโดยตรงใช้สำหรับเปรียบเทียบความแตกต่างของแสดงออกของยีนระหว่างตัวอย่าง (Mortazavi et al. 2008)เราสามารถระบุ DEGs ระหว่างตัวอย่างที่สองหมายถึง "ความสำคัญของดิจิตอลโพรไฟล์นิพจน์ยีน"ซึ่งได้รับการอ้างถึงหลายร้อยเท่า (Audic และ Claverie, 1997)วิเคราะห์ยีนภววิทยา ทางเดินตกแต่งวิเคราะห์และดำเนินการตรวจสอบงานตกแต่งในหมู่ยีนควบคุมขึ้น หรือลงใช้ DFCI น้ำผึ้งผึ้งยีนฐานข้อมูลดัชนี (http://compbio.dfci.harvard.edu/cgi-bin/tgi/gimain.pl?gudb=honeybee),คลัสเตอร์ (http://bonsai.hgc.jp/~mdehoon/software/cluster/), AmiGO (http://amigogeneontology.org/amigo), และฐานข้อมูล KEGG (http://www.genome.jp/kegg/)5 ตรวจสอบข้อมูล RNA seq qRT PCRการตรวจสอบข้อมูลได้รับ โดย RNA seq ทำ qRT PCR ลข้อ และGAPDH รับเลือกเป็นยีนอ้างอิงเพื่อแก้ไขตัวอย่างการเปลี่ยนแปลงใน qRT PCRประสิทธิภาพและข้อผิดพลาดในการนับตัวอย่าง ข้อมูล qRT PCR ถูกแสดงสัมพันธ์กับการแสดงออกของ GAPDH โดยใช้วิธี 2 ΔΔCt เป็นอิสระ-ตัวทดสอบ t มีโปรแกรม SPSS ไพรเมอร์ที่ออกแบบ ด้วยซอฟแวร์ Premer5.0 นายก และสังเคราะห์โดยGeneray เทคโนโลยีชีวภาพ (Generay, PRC) ตามลำดับ mRNA ที่ได้จากใน GenBank

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ตั้ง RPKM ที่จะแสดงออกของ Unigene ที่ A และ C จะเป็นจำนวนคนอ่านที่ไม่ซ้ำกัน
สอดคล้องกับ Unigene A, N เพื่อเป็นจำนวนรวมของการอ่านที่สอดคล้องไม่ซ้ำกันเพื่อ unigenes ทั้งหมดและ
L เพื่อเป็นฐานในซีดี Unigene A. วิธี RPKM จะสามารถขจัด
อิทธิพลของความยาวของยีนที่แตกต่างกันและระดับลำดับการคำนวณในการแสดงออกของยีน.
ดังนั้นการแสดงออกของยีนที่คำนวณได้สามารถนำมาใช้โดยตรงสำหรับการเปรียบเทียบความแตกต่างของ
การแสดงออกของยีนระหว่างตัวอย่าง (Mortazavi et al., 2008 ).
เราสามารถระบุ degs ระหว่างสองตัวอย่างหมายถึง "ความสำคัญของดิจิตอล
โปรไฟล์การแสดงออกของยีน" ซึ่งได้รับการอ้างหลายร้อยครั้ง (Audic และ Claverie, 1997).
ยีนวิเคราะห์อภิปรัชญาและการวิเคราะห์ทางเดินเพิ่มปริมาณได้ดำเนินการในการตรวจสอบ
การเพิ่มปริมาณการทำงานในหมู่ ขึ้นหรือลงควบคุมยีนโดยใช้ DFCI Honey Bee ยีน
ฐานข้อมูลดัชนี (http://compbio.dfci.harvard.edu/cgi-bin/tgi/gimain.pl?gudb=honeybee)
คลัสเตอร์ (http: // บอนไซ .hgc.jp / ~ mdehoon / Software / คลัสเตอร์ /) Amigo (http: //. Amigo
geneontology.org/amigo) และฐานข้อมูล KEGG (http://www.genome.jp/kegg/).
5 การตรวจสอบ ข้อมูล RNA-seq โดย qRT-PCR
ในการตรวจสอบข้อมูลที่ได้จาก RNA-seq, qRT-PCR ที่ได้ดำเนินการในการเพิ่มขึ้นสามเท่าและ
GAPDH ได้รับเลือกเป็นยีนอ้างอิงที่ถูกต้องสำหรับรูปแบบตัวอย่างใน qRT-PCR
ประสิทธิภาพและความผิดพลาดในปริมาณตัวอย่าง ข้อมูล qRT-PCR มีการแสดงออกที่สัมพันธ์กับ
การแสดงออกของ GAPDH โดยใช้วิธี 2-ΔΔCtเป็นอิสระตัวอย่าง t-test ที่มีอยู่ใน
ซอฟแวร์โปรแกรม SPSS ไพรเมอร์ได้รับการออกแบบซอฟแวร์ที่มีนายกรัฐมนตรี Premer5.0 และสังเคราะห์โดย
Generay ไบโอเทค (Generay, PRC) ตามลำดับ mRNA ที่ได้จาก GenBank

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ชุด rpkm เพื่อเป็นการแสดงออกของ unigene A และ C มีจำนวนคนอ่านว่า โดยเฉพาะสอดคล้องกับ unigene , n เป็นจํานวนเฉพาะอ่านที่สอดคล้องกับทุก unigenes , และผมเป็น ฐานเลขในซีดี unigene ก. rpkm เป็นวิธีที่สามารถกำจัดอิทธิพลของความยาวแตกต่างกันและลำดับยีนในการคำนวณระดับของการแสดงออกของยีนดังนั้น หากการแสดงออกของยีนที่สามารถใช้โดยตรงเพื่อเปรียบเทียบความแตกต่างของการแสดงออกของยีนระหว่างตัวอย่าง ( mortazavi et al . , 2008 )เราสามารถระบุ degs ระหว่างสองตัวอย่างหมายถึง " ความสำคัญของดิจิตอลการแสดงออกของยีนในรูปแบบ " ซึ่งถูกอ้างถึงหลายร้อยเท่า ( audic และ claverie , 1997 )วิเคราะห์อภิปรัชญาจีน และการวิเคราะห์เพื่อการศึกษา .งานเสริม - ระหว่างขึ้นหรือลงควบคุมยีนโดยใช้ dfci ผึ้งจีนฐานข้อมูลดัชนี ( http://compbio.dfci.harvard.edu/cgi-bin/tgi/gimain.pl ? gudb = ผึ้ง )กลุ่ม ( http : / / บอนไซ HGC . JP / ~ mdehoon / ซอฟต์แวร์ / กลุ่ม / ) , อามีโก้ ( Amigo http / / : .ยีน . org / เพื่อน ) , และฐานข้อมูล KEGG เป็นต้น ( http : / / www.genome . JP / KEGG เป็นต้น / )5 การตรวจสอบความถูกต้องของข้อมูล โดยข้าพเจ้า seq RNA PCRเพื่อตรวจสอบข้อมูลโดย RNA PCR seq ข้าพเจ้าได้ดำเนินการทั้งสามใบ , และgapdh ได้รับเลือกเป็นข้อมูลอ้างอิงเพื่อแก้ไขรูปแบบในตัวอย่างของข้าพเจ้า )ประสิทธิภาพและข้อผิดพลาดในตัวอย่างปริมาณ . ที่ข้าพเจ้ามีความสัมพันธ์กับข้อมูลดีเอ็นเอการแสดงออกของ gapdh ใช้ 2 - ΔΔ CT แบบอิสระ ) ที่มีอยู่ในตัวอย่างโปรแกรม SPSS ไพรเมอร์ที่ออกแบบกับนายกรัฐมนตรี premer5.0 ซอฟต์แวร์สังเคราะห์โดยgeneray BIOTECH ( generay , PRC ) ตามลําดับ ได้จากขนาดของ